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- PDB-6u1p: Crystal structure of VpsU (VC0916) from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u1p
タイトルCrystal structure of VpsU (VC0916) from Vibrio cholerae
要素Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
キーワードHYDROLASE / Phosphatase / VC0916 / dimer
機能・相同性Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / Protein-tyrosine-phosphatase / Protein-tyrosine-phosphatase
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Tripathi, S.M. / Schwechheimer, C. / Herbert, K. / Osorio, J. / Yildiz, F.H. / Rubin, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: A tyrosine phosphoregulatory system controls exopolysaccharide biosynthesis and biofilm formation in Vibrio cholerae.
著者: Schwechheimer, C. / Hebert, K. / Tripathi, S. / Singh, P.K. / Floyd, K.A. / Brown, E.R. / Porcella, M.E. / Osorio, J. / Kiblen, J.T.M. / Pagliai, F.A. / Drescher, K. / Rubin, S.M. / Yildiz, F.H.
履歴
登録2019年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
B: Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8434
ポリマ－37,6592
非ポリマー1842
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area15010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.323, 80.323, 105.053
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 120 or (resid 121...
21(chain B and (resid 5 through 33 or (resid 34...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLUGLU(chain A and (resid 5 through 120 or (resid 121...AA5 - 1205 - 120
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 5 through 120 or (resid 121...AA121121
13GLYGLYGLNGLN(chain A and (resid 5 through 120 or (resid 121...AA5 - 1535 - 153
14GLYGLYGLNGLN(chain A and (resid 5 through 120 or (resid 121...AA5 - 1535 - 153
15GLYGLYGLNGLN(chain A and (resid 5 through 120 or (resid 121...AA5 - 1535 - 153
16GLYGLYGLNGLN(chain A and (resid 5 through 120 or (resid 121...AA5 - 1535 - 153
21GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 5 through 33 or (resid 34...BB5 - 335 - 33
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 5 through 33 or (resid 34...BB3434
23GLYGLYGLUGLU(chain B and (resid 5 through 33 or (resid 34...BB5 - 1545 - 154
24GLYGLYGLUGLU(chain B and (resid 5 through 33 or (resid 34...BB5 - 1545 - 154
25GLYGLYGLUGLU(chain B and (resid 5 through 33 or (resid 34...BB5 - 1545 - 154
26GLYGLYGLUGLU(chain B and (resid 5 through 33 or (resid 34...BB5 - 1545 - 154
27GLYGLYGLUGLU(chain B and (resid 5 through 33 or (resid 34...BB5 - 1545 - 154

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要素

#1: タンパク質 Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Phosphotyrosine protein phosphatase


分子量: 18829.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: etp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H5WT43, UniProt: Q9KTI6*PLUS, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5) 1.25 M tri-sodium citrate 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→63.81 Å / Num. obs: 16904 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.724 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1449 / CC1/2: 0.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LRQ

4lrq


解像度: 2.201→63.809 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 1633 10 %
Rwork0.1879 --
obs0.1948 16331 96.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.69 Å2 / Biso mean: 63.823 Å2 / Biso min: 26.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.201→63.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2373 0 12 35 2420
Biso mean--72.75 50.73 -
残基数----299
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A906X-RAY DIFFRACTION1.516TORSIONAL
12B906X-RAY DIFFRACTION1.516TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.201-2.26530.37431200.275112889
2.2653-2.33840.27941340.2567113190
2.3384-2.4220.32371200.2238119494
2.422-2.51890.31581360.2235119295
2.5189-2.63360.29161240.2268124096
2.6336-2.77240.28291460.2198123997
2.7724-2.94610.27531400.2115121498
2.9461-3.17360.29291470.2127124199
3.1736-3.4930.26171590.19341264100
3.493-3.99830.21381400.17321275100
3.9983-5.03720.21821360.15371266100
5.0372-63.8090.26191310.17141314100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.82350.77510.25954.0604-0.52397.97780.4571-0.1938-0.13620.30440.36840.5848-0.0812-1.0161-0.65450.32240.06260.09170.49090.03150.31534.48450.71391.353
23.09841.645-0.77345.4564-2.29083.97650.29410.2260.30150.18830.1660.445-0.3631-0.579-0.32270.35110.12550.10240.57870.04770.31513.32356.53685.546
33.3257-0.4545-0.64215.19570.67812.0275-0.6674-0.1402-0.4201-0.3554-0.3287-0.0268-0.63170.35220.78870.4099-0.10780.18210.5702-0.21250.659615.93850.65956.291
44.65051.3907-1.27233.0365-0.62445.42270.2196-0.4091-0.1334-0.46750.0221-1.07540.4510.3641-0.18530.45710.18520.13810.592-0.14540.753113.94436.5153.318
54.2114-0.02540.43474.5154-0.39561.7232-0.03140.6221-0.4118-1.16640.1679-0.2935-0.1381-0.12380.06170.6859-0.01050.21430.5049-0.16130.535910.47942.89446.376
65.0606-1.4319-0.26176.8217-0.58714.37850.0144-0.6807-0.67120.00620.36180.47630.34890.291-0.33240.3774-00.07520.4379-0.00470.5828.19538.37656.554
72.2462-1.7796-0.12532.7746-0.12923.75860.0226-0.0907-0.3913-0.60010.0451-1.36570.31831.1366-0.0030.52210.17460.25820.9796-0.25821.069923.94736.62352.617
84.44270.42380.63936.10610.40312.21170.1463-0.0854-0.22990.2018-0.0918-0.70050.77130.7547-0.08520.29240.03770.03760.3874-0.01240.340815.16651.93585.568
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 6:43 )A6 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 44:125 )A44 - 125
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 126:153 )A126 - 153
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 5:17 )B5 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 18:43 )B18 - 43
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 44:82 )B44 - 82
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 83:125 )B83 - 125
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 126:154 )B126 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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