+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u14 | ||||||
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Title | VHH R303 C33A/C102A in complex withthe LRR domain of InlB | ||||||
Components | VHH R303 C33A/C102A mutant | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Nanobody / VHH / Internalin / Listeria / Disulfide bond | ||||||
Biological species | Camelus dromedarius (Arabian camel) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.3 Å | ||||||
Authors | Mendoza, M.N. / Jian, M. / Toride King, M. / Brooks, C.L. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2020 Title: Role of a noncanonical disulfide bond in the stability, affinity, and flexibility of a VHH specific for the Listeria virulence factor InlB. Authors: Mendoza, M.N. / Jian, M. / King, M.T. / Brooks, C.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6u14.cif.gz | 154.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6u14.ent.gz | 122 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6u14.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6u14_validation.pdf.gz | 442.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6u14_full_validation.pdf.gz | 442.7 KB | Display | |
Data in XML | 6u14_validation.xml.gz | 14.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6u14_validation.cif.gz | 21.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/6u14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/6u14 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6u12C 6dbaS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 15722.280 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Camelus dromedarius (Arabian camel) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.77 Å3/Da / Density % sol: 30.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Bis-Tris pH 4.8 with 2 M Ammonium sulfate. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 3, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.3→34.284 Å / Num. obs: 53995 / % possible obs: 96.86 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04984 / Rpim(I) all: 0.02511 / Rrim(I) all: 0.05612 / Net I/σ(I): 15.28 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.346 Å / Rmerge(I) obs: 0.3365 / Mean I/σ(I) obs: 4.51 / Num. unique obs: 5298 / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.1652 / Rrim(I) all: 0.3765 / % possible all: 95.87 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6DBA Resolution: 1.3→34.284 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 16.7
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 75.55 Å2 / Biso mean: 20.5522 Å2 / Biso min: 6.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.3→34.284 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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