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- PDB-6u14: VHH R303 C33A/C102A in complex withthe LRR domain of InlB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u14
タイトルVHH R303 C33A/C102A in complex withthe LRR domain of InlB
要素VHH R303 C33A/C102A mutant
キーワードIMMUNE SYSTEM / Nanobody / VHH / Internalin / Listeria / Disulfide bond
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Mendoza, M.N. / Jian, M. / Toride King, M. / Brooks, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)SC3GM112532 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Role of a noncanonical disulfide bond in the stability, affinity, and flexibility of a VHH specific for the Listeria virulence factor InlB.
著者: Mendoza, M.N. / Jian, M. / King, M.T. / Brooks, C.L.
履歴
登録2019年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: VHH R303 C33A/C102A mutant
A: VHH R303 C33A/C102A mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7335
ポリマ－31,4452
非ポリマー2883
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.280, 47.380, 99.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 VHH R303 C33A/C102A mutant


分子量: 15722.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.48 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 4.8 with 2 M Ammonium sulfate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→34.284 Å / Num. obs: 53995 / % possible obs: 96.86 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04984 / Rpim(I) all: 0.02511 / Rrim(I) all: 0.05612 / Net I/σ(I): 15.28
反射 シェル解像度: 1.3→1.346 Å / Rmerge(I) obs: 0.3365 / Mean I/σ(I) obs: 4.51 / Num. unique obs: 5298 / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.1652 / Rrim(I) all: 0.3765 / % possible all: 95.87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DBA

6dba


解像度: 1.3→34.284 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1789 2700 5 %
Rwork0.1593 --
obs0.1603 53993 96.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.55 Å2 / Biso mean: 20.5522 Å2 / Biso min: 6.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→34.284 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1839 0 15 301 2155
Biso mean--42.79 30.26 -
残基数----242
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.3-1.32360.25241400.2032265896
1.3236-1.34910.23171380.2015263096
1.3491-1.37660.21841390.1941264096
1.3766-1.40660.25261390.1884263196
1.4066-1.43930.23441390.1855265596
1.4393-1.47530.21061400.173266597
1.4753-1.51520.20751410.1734266397
1.5152-1.55980.1841420.1648269997
1.5598-1.61010.18831390.1586265697
1.6101-1.66770.19941420.159269897
1.6677-1.73440.18461410.1636267397
1.7344-1.81340.18151430.1558270597
1.8134-1.9090.1631410.1505269697
1.909-2.02850.18951430.1443270397
2.0285-2.18510.15251420.1412269497
2.1851-2.4050.14441440.1486275297
2.405-2.75290.1741450.1537274998
2.7529-3.46780.17511480.1557281098
3.4678-100.17191540.1631291697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.21594.6985-5.0486.5786-4.6616.4381-0.24930.53750.0848-0.27130.2090.34180.2841-0.3133-0.01680.1468-0.0113-0.01880.1116-0.02960.104-25.3256-0.0891-4.3273
24.82540.44573.93486.45980.92715.9480.1711-0.01810.0018-0.10050.0093-0.4314-0.24840.371-0.1460.1101-0.03060.03090.12550.01510.1216-2.2624-0.0216-6.8526
32.6313-0.3582-2.76072.7641-0.19962.9631-0.07910.1150.072-0.15050.11680.1219-0.1824-0.0121-0.09160.1457-0.0033-0.02780.08310.00810.0952-19.31943.9292-3.0657
43.7064-0.4074-0.09372.88310.18162.5246-0.0414-0.05720.1632-0.008-0.13190.419-0.2084-0.28290.06120.06960.0132-0.02390.0846-0.03120.1225-23.1087-1.06214.771
51.0966-1.5329-1.84288.04485.0664.424-0.1265-0.1256-0.17420.1793-0.03390.2550.06530.06430.12810.0537-0.0012-0.00560.07410.01250.079-15.9443-6.46655.7633
61.71050.2657-0.39093.75560.67464.36790.0055-0.14110.09830.0116-0.0314-0.0217-0.25060.35450.08480.1026-0.0209-0.03180.1243-0.01320.0718-11.8342.84159.1988
72.89270.2994-0.76911.43610.40251.8224-0.0439-0.13770.1185-0.03590.0118-0.0589-0.1990.07680.01810.1004-0.0069-0.02340.0630.00170.0596-14.1733-0.03470.5439
87.5653-3.7988-3.36282.6651.02415.6360.0181-0.55660.08230.5318-0.04760.0414-0.1631-0.20780.01030.1267-0.00630.00280.1378-0.03510.0782-24.9339-4.751312.3762
97.17471.6252-4.51111.0195-0.79154.1129-0.09780.2744-0.109-0.05840.0063-0.14130.0588-0.1450.10560.07740.0032-0.0050.0560.00650.0829-16.7975-7.0179-2.12
104.3998-3.2590.81934.3928-2.21613.49950.04970.2156-0.3403-0.1449-0.08990.08810.25810.11670.02640.10870.002-0.01580.1499-0.03830.0999-11.9561-4.88618.6186
113.90341.2544-1.04713.26210.27973.77680.02140.13550.102-0.07670.1053-0.065-0.11350.2449-0.08920.06760.0041-0.00910.1069-0.00050.0559-10.64493.990123.8544
123.00464.00110.92025.93392.09172.02020.0941-0.35320.16510.2658-0.24640.30370.2079-0.12560.11480.133-0.0030.01320.1721-0.00520.1152-16.8263-0.850430.6947
133.48641.2225-1.13214.57260.19552.4374-0.0612-0.2233-0.16770.41270.1082-0.15320.17740.3917-0.00180.14560.052-0.02980.21150.01230.1026-5.9695-2.240232.4777
142.97181.38890.22698.27820.49681.4669-0.102-0.0193-0.29240.00910.1190.03230.240.21990.01050.10120.03840.00140.1583-0.00520.0983-8.0481-4.754224.5188
152.1088-0.2303-0.82376.05813.28863.890.05150.0217-0.0835-0.0329-0.05440.0168-0.0069-0.06760.01150.0583-0.00070.00220.09180.00490.0585-16.99973.182926.7715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 8 )B1 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 9 through 17 )B9 - 17
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 18 through 26 )B18 - 26
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 27 through 40 )B27 - 40
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 41 through 53 )B41 - 53
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 54 through 73 )B54 - 73
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 74 through 99 )B74 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 100 through 107 )B100 - 107
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 108 through 123 )B108 - 123
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 2 through 17 )A2 - 17
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 18 through 39 )A18 - 39
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 40 through 53 )A40 - 53
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 54 through 73 )A54 - 73
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 74 through 91 )A74 - 91
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 92 through 122 )A92 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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