PDB-6u12: VHH R303 C33A/C102A in complex withthe LRR domain of InlB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u12

タイトル

VHH R303 C33A/C102A in complex withthe LRR domain of InlB

要素

InlB
VHH R303 C33A/C102A mutant

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Nanobody / VHH / Internalin / Listeria / Disulfide bond

機能・相同性

機能・相同性情報

entry of bacterium into host cell / cell envelope / peptidoglycan-based cell wall / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / heparin binding / lipid binding / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Mendoza, M.N. / Jian, M. / Toride King, M. / Brooks, C.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Role of a noncanonical disulfide bond in the stability, affinity, and flexibility of a VHH specific for the Listeria virulence factor InlB.
著者: Mendoza, M.N. / Jian, M. / King, M.T. / Brooks, C.L.

履歴

登録	2019年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	6u12_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/6u12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/6u12	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6u14C 6dbfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dbf-d 4emi-d 4d7q-d 2yvf-d 3ef6-d 4h4q-d 3fg2-d 6iev-d 3oq5-2 3f7t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: InlB

B: VHH R303 C33A/C102A mutant

41.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.210, 83.210, 64.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	InlB 分子量: 25678.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45GD4, UniProt: P0DQD3*PLUS
#2: 抗体	VHH R303 C33A/C102A mutant 分子量: 15722.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.49 M Sodium Phosphate monobasic monohydrate, 0.91 M Potassium Phosphate dibasic pH 6.8.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.56→64.92 Å / Num. obs: 62702 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 384474 / Scaling rejects: 931

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.56-1.6	3.7	0.613	16105	4302	0.592	0.335	0.703	1.6	92.8
6.98-64.92	6.3	0.028	4757	753	0.999	0.012	0.031	46.3	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DBF

6dbf

解像度: 1.56→51.19 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 21.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1989	3134	5 %
R_work	0.1745	-	-
obs	0.1758	62672	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.18 Å² / B_iso mean: 32.1161 Å² / B_iso min: 13.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.56→51.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2496	0	0	404	2900
B_iso mean	-	-	-	41.27	-
残基数	-	-	-	-	327

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.56-1.5843	0.3004	145	0.2915	2412	90
1.5843-1.6103	0.2465	129	0.2869	2596	96
1.6103-1.638	0.3108	125	0.276	2720	99
1.638-1.6678	0.2846	152	0.2562	2694	99
1.6678-1.6999	0.2647	149	0.245	2691	100
1.6999-1.7346	0.2629	101	0.2338	2773	100
1.7346-1.7723	0.2711	167	0.223	2680	100
1.7723-1.8135	0.2233	152	0.2119	2704	100
1.8135-1.8589	0.2739	131	0.2037	2746	100
1.8589-1.9092	0.2429	147	0.1993	2696	100
1.9092-1.9653	0.2262	144	0.2015	2702	100
1.9653-2.0288	0.2106	146	0.1896	2748	100
2.0288-2.1013	0.1953	134	0.1729	2715	100
2.1013-2.1854	0.17	112	0.174	2744	100
2.1854-2.2849	0.1973	140	0.1689	2710	100
2.2849-2.4054	0.2111	117	0.1717	2779	100
2.4054-2.556	0.1561	151	0.1657	2710	100
2.556-2.7534	0.1792	161	0.167	2715	100
2.7534-3.0304	0.2188	155	0.1639	2738	100
3.0304-3.4689	0.2088	137	0.162	2735	100
3.4689-4.3701	0.1531	170	0.1437	2747	100
4.3701-51.19	0.1932	169	0.1572	2783	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2786	-0.4969	1.4571	4.7784	0.6808	2.1374	0.4385	0.2698	-0.6404	-0.3599	-0.096	0.5256	0.5856	-0.1608	-0.3465	0.2306	-0.027	-0.1325	0.382	-0.0273	0.4514	-47.0455	-9.8584	-9.5617
2	3.2287	0.6054	1.4655	1.3781	0.1406	2.3897	0.1036	-0.1942	-0.2379	-0.0474	0.0187	0.5962	0.0797	-0.3645	-0.1296	0.1583	-0.0012	-0.0244	0.2942	0.0175	0.3549	-47.4211	-0.8587	-5.9642
3	4.5067	1.1349	2.241	9.1	6.3515	7.8097	0.2831	-0.435	-0.5258	0.4604	-0.0902	0.2328	0.4213	-0.5375	-0.1145	0.1745	-0.0459	-0.0151	0.2721	0.0904	0.2926	-40.4222	-5.5044	4.4768
4	2.1162	0.349	1.5824	3.8482	-0.3718	4.0164	0.1746	0.1774	-0.4833	-0.1663	0.0295	0.1146	0.3037	-0.0029	-0.1913	0.1043	0.0074	-0.039	0.2436	-0.0477	0.2589	-34.2556	-4.2642	-3.6575
5	5.3526	0.2414	-2.129	6.1919	0.0925	4.9351	0.146	-0.1968	-0.4753	0.2437	0.1587	0.0233	0.1563	-0.196	-0.2709	0.1167	-0.0235	-0.0594	0.2256	-0.0265	0.1993	-28.9201	-2.6796	4.1492
6	3.0003	-1.5955	1.4196	4.4128	-1.2187	3.5361	0.1453	0.1789	-0.4474	-0.2294	-0.0003	0.0297	0.2408	-0.1035	-0.151	0.1297	-0.0326	-0.0279	0.1709	-0.0425	0.2397	-23.8457	-4.0845	1.1836
7	2.7041	-0.8927	-0.1435	2.3303	0.4083	2.0733	0.0929	0.134	-0.2451	-0.1286	0.024	-0.1285	0.0846	0.0292	-0.1049	0.1287	0.0109	-0.0268	0.165	-0.0655	0.1646	-16.7194	-0.5684	2.3929
8	5.2798	-0.0487	-1.3416	4.5201	-1.1767	2.1694	-0.0012	-0.0273	-0.1748	-0.035	0.031	-0.1846	0.0962	0.0423	-0.0261	0.161	-0.0021	-0.0627	0.1727	-0.0741	0.1716	-11.2296	2.9999	8.0745
9	3.2547	-1.0146	1.4233	2.5537	-1.0096	2.4244	-0.0368	-0.2297	-0.1702	0.1439	0.1143	-0.0802	-0.1338	-0.0356	-0.0667	0.1972	0.0155	-0.0434	0.1863	-0.0396	0.1715	-11.2602	5.0083	14.8197
10	2.7315	-0.7692	0.5669	2.4879	-1.9628	4.4092	-0.1139	-0.1021	0.0751	0.0901	0.1081	-0.1492	-0.0422	-0.1542	0.021	0.2428	-0.0169	-0.0796	0.1635	-0.0633	0.1968	-9.1279	9.7905	11.8966
11	4.556	-0.0913	-0.6188	4.162	-2.2176	1.6917	0.1286	0.0487	-0.2307	0.9086	-0.0642	0.3261	-0.234	-0.1918	0.05	0.7522	0.2869	0.1731	0.3589	-0.0192	0.2332	-35.3345	23.4142	14.9072
12	3.4179	2.4883	-0.4607	2.1081	-1.2744	3.1981	-0.7797	-0.4421	-0.161	1.1638	0.9004	0.712	-0.5046	-0.6288	-0.2894	0.4931	0.1996	0.1521	0.3235	0.1221	0.3656	-37.0141	40.3041	-0.0167
13	1.6869	-1.1197	1.4559	3.2609	-4.1056	5.1478	-0.3339	0.0147	0.4152	1.4114	0.0116	-0.3067	-0.9271	-0.2172	0.1104	0.7526	0.1634	-0.0608	0.2763	-0.0773	0.2305	-31.3135	30.1825	10.7352
14	3.2059	0.285	-0.6893	2.772	-0.3522	2.7968	-0.4538	-0.6128	-0.0754	0.7696	0.5335	0.2317	-0.4184	-0.4168	-0.1828	0.2838	0.0922	0.0128	0.2118	0.0034	0.1606	-29.1016	20.0374	9.5454
15	4.4023	-1.2046	4.3783	7.0564	-1.112	4.3725	0.2932	-0.0748	-0.263	-0.2805	-0.0059	0.4298	0.4943	-0.261	-0.3209	0.1996	-0.0187	0.0047	0.2436	-0.0054	0.1742	-30.7459	21.2612	1.1799
16	3.8326	-0.7918	1.4188	3.019	-0.5466	2.3443	-0.2754	-0.002	0.442	0.6461	0.1367	-0.64	-0.2432	0.1204	0.1267	0.3189	0.0344	-0.0717	0.1631	-0.0268	0.2175	-24.7031	28.0608	4.0777
17	1.8196	0.8155	0.0618	3.0397	2.8343	3.1721	-0.2766	0.4931	0.7913	-0.7483	0.3339	0.4554	-0.5005	-0.1302	-0.0928	0.3429	-0.0232	-0.0687	0.268	0.0812	0.3461	-34.7491	35.3462	-5.6776
18	1.1028	-0.1888	-0.3867	3.8771	-1.5696	1.5835	-0.1689	0.1187	0.225	0.5064	0.3856	0.5017	-0.2842	-0.227	-0.1566	0.2042	0.0581	0.0384	0.2155	0.0488	0.2307	-34.3834	20.8847	4.1865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 37 through 51 )	A	37 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 83 )	A	52 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 94 )	A	84 - 94
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 95 through 124 )	A	95 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 125 through 136 )	A	125 - 136
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 137 through 158 )	A	137 - 158
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 159 through 193 )	A	159 - 193
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 194 through 212 )	A	194 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 213 through 224 )	A	213 - 224
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 225 through 243 )	A	225 - 243
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 7 )	B	1 - 7
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 8 through 17 )	B	8 - 17
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 18 through 25 )	B	18 - 25
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 26 through 39 )	B	26 - 39
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 40 through 53 )	B	40 - 53
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 54 through 83 )	B	54 - 83
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 84 through 91 )	B	84 - 91
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 92 through 123 )	B	92 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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