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- PDB-6u0a: Human Angiopoietin-Like 4 C-Terminal Domain (cANGPTL4) with Glycerol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u0a
タイトルHuman Angiopoietin-Like 4 C-Terminal Domain (cANGPTL4) with Glycerol
要素Angiopoietin-related protein 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Fibrinogen-like domain / Angiogenesis / Cancer cells / Metastasis
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of lipoprotein lipase activity / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / Regulation of CDH11 function / endothelial cell apoptotic process / triglyceride homeostasis / enzyme inhibitor activity / protein unfolding / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / PPARA activates gene expression / lipid metabolic process ...negative regulation of lipoprotein lipase activity / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / Regulation of CDH11 function / endothelial cell apoptotic process / triglyceride homeostasis / enzyme inhibitor activity / protein unfolding / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / PPARA activates gene expression / lipid metabolic process / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of angiogenesis / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / response to hypoxia / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 ...: / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiopoietin-related protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Tarver, C.L. / Yuan, Q. / Singhal, A.J. / Ramaker, R. / Cooper, S. / Pusey, M.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)5R42GM116283-03 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structures of Angiopoietin-Like 4 C-Terminal Domain (cANGPTL4) Reveal a Binding Pocket with Multiple Ligands
著者: Tarver, C.L. / Yuan, Q. / Singhal, A.J. / Ramaker, R. / Cooper, S. / Pusey, M.L.
履歴
登録2019年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiopoietin-related protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5502
ポリマ－24,4581
非ポリマー921
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.489, 134.868, 39.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Angiopoietin-related protein 4 / Angiopoietin-like protein 4 / Hepatic fibrinogen/angiopoietin-related protein / HFARP


分子量: 24458.404 Da / 分子数: 1 / 断片: C-Terminal Domain, residues 185-400 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ANGPTL4, ARP4, HFARP, PGAR, PP1158, PSEC0166, UNQ171/PRO197
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 SHuffle / Variant (発現宿主): Resistance to phage T1 (fhuA2) / 参照: UniProt: Q9BY76
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M HEPES 7.5, 0.1 M sodium chloride, and 1.6 M ammonium sulfate This solution with 20% glycerol was used as a cryoprotectant
PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→47.44 Å / Num. obs: 20254 / % possible obs: 98.31 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 37.31 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.11→2.15 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Num. unique obs: 922 / CC1/2: 0.827 / Rpim(I) all: 0.28 / Rrim(I) all: 0.7 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z3S

1z3s


解像度: 2.11→47.16 Å / SU ML: 0.2073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.9253
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2369 1924 9.5 %
Rwork0.2138 --
obs0.2159 20254 95.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→47.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1726 0 6 49 1781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621783
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0312416
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.0048653
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.160.29881250.25931167X-RAY DIFFRACTION88.74
2.16-2.220.2971310.24241213X-RAY DIFFRACTION88.95
2.22-2.280.29761250.24821244X-RAY DIFFRACTION92.06
2.28-2.360.26891310.21951235X-RAY DIFFRACTION92.67
2.36-2.440.29011400.22771266X-RAY DIFFRACTION93.61
2.44-2.540.23481320.21961275X-RAY DIFFRACTION94.68
2.54-2.650.25621350.21481304X-RAY DIFFRACTION95.55
2.65-2.790.23411400.21281321X-RAY DIFFRACTION96.63
2.79-2.970.22931360.20081334X-RAY DIFFRACTION98.13
2.97-3.20.2221440.20371346X-RAY DIFFRACTION98.94
3.2-3.520.2291390.20511384X-RAY DIFFRACTION99.15
3.52-4.030.20411440.19681370X-RAY DIFFRACTION99.41
4.03-5.080.2141480.19411400X-RAY DIFFRACTION99.29
5.08-47.160.25931540.24431471X-RAY DIFFRACTION98.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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