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- PDB-6tzy: Crystal Structure of a lipin/Pah Phosphatidic Acid Phosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tzy
タイトルCrystal Structure of a lipin/Pah Phosphatidic Acid Phosphatase
要素Nuclear elongation and deformation protein
キーワードHYDROLASE / Lipin / phosphatidic acid phosphatase / immunoglobulin-like / haloacid dehalogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidate phosphatase activity / triglyceride biosynthetic process / fatty acid catabolic process / cellular response to insulin stimulus / transcription coactivator activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipin, N-terminal / Lipin/Ned1/Smp2 (LNS2) / LIPIN family / LNS2/PITP / lipin, N-terminal conserved region / LNS2 (Lipin/Ned1/Smp2) / LNS2 / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear elongation and deformation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Khayyo, V.I. / Airola, M.V.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128666 米国
American Heart Association17SDG33410860 米国
American Heart Association19PRE34450192 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of a lipin/Pah Phosphatidic Acid Phosphatase
著者: Khayyo, V.I. / Hoffmann, R.M. / Wang, H. / Bell, J.A. / Burke, J.E. / Reue, K. / Airola, M.V.
履歴
登録2019年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear elongation and deformation protein
B: Nuclear elongation and deformation protein
C: Nuclear elongation and deformation protein
D: Nuclear elongation and deformation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,1379
ポリマ－146,9374
非ポリマー2005
水1,04558
1
A: Nuclear elongation and deformation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7742
ポリマ－36,7341
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nuclear elongation and deformation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8143
ポリマ－36,7341
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Nuclear elongation and deformation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7742
ポリマ－36,7341
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Nuclear elongation and deformation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7742
ポリマ－36,7341
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.017, 135.126, 90.974
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Nuclear elongation and deformation protein


分子量: 36734.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物)
遺伝子: TTHERM_00215970 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: I7MFJ3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M Ca(NO3)2, 15% PEG 8,000, 0.1M MES pH 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→53.23 Å / Num. obs: 33662 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 235447 / Scaling rejects: 694
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.66-2.737.20.9351781724810.3960.3761.0091.8100
11.9-53.236.70.04126283920.9980.0170.04532.999.1

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TZZ

6tzz


解像度: 3→52.05 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 30.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 1182 5.03 %
Rwork0.2366 22313 -
obs0.2382 23495 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 282.16 Å2 / Biso mean: 95.6948 Å2 / Biso min: 31.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→52.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8590 0 5 58 8653
Biso mean--114.42 60.39 -
残基数----1063
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.0001-3.13660.35541330.29972814
3.1366-3.3020.33641230.30722783
3.302-3.50880.32711630.29412750
3.5088-3.77960.30831550.26652779
3.7796-4.15980.26291500.2352789
4.1598-4.76140.22311530.20942774
4.7614-5.99750.23491510.21292789
5.9975-52.050.26351540.2192835
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.162 Å / Origin y: -20.539 Å / Origin z: 29.901 Å
111213212223313233
T0.3599 Å20.0874 Å2-0.0089 Å2-0.3662 Å20.0416 Å2--0.3585 Å2
L0.2188 °20.2035 °2-0.03 °2-0.1338 °20.0069 °2--0.3274 °2
S0.0457 Å °0.0068 Å °-0.0294 Å °0.0317 Å °-0.1231 Å °0.0233 Å °-0.0922 Å °0.0086 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 401:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 20:320 OR RESID 401:401 OR RESID 501:512 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 20:320 OR RESID 400:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )A21 - 321
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 401:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 20:320 OR RESID 401:401 OR RESID 501:512 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 20:320 OR RESID 400:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )A401
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 401:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 20:320 OR RESID 401:401 OR RESID 501:512 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 20:320 OR RESID 400:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )A501 - 518
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 401:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 20:320 OR RESID 401:401 OR RESID 501:512 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 20:320 OR RESID 400:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )C20 - 320
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 401:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 20:320 OR RESID 401:401 OR RESID 501:512 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 20:320 OR RESID 400:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )C401
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 401:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 20:320 OR RESID 401:401 OR RESID 501:512 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 20:320 OR RESID 400:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )C501 - 512
7X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 401:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 20:320 OR RESID 401:401 OR RESID 501:512 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 20:320 OR RESID 400:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )B20 - 320
8X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 401:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 20:320 OR RESID 401:401 OR RESID 501:512 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 20:320 OR RESID 400:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )B400 - 401
9X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 401:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 20:320 OR RESID 401:401 OR RESID 501:512 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 20:320 OR RESID 400:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )B501 - 518
10X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 401:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 20:320 OR RESID 401:401 OR RESID 501:512 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 20:320 OR RESID 400:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )D501 - 510
11X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 401:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 20:320 OR RESID 401:401 OR RESID 501:512 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 20:320 OR RESID 400:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )D20 - 321
12X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:321 OR RESID 401:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 20:320 OR RESID 401:401 OR RESID 501:512 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 20:320 OR RESID 400:401 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 20:321 OR RESID 401:401 ) )D401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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