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- PDB-5hvj: Crystal structure of LIMK1 D460N mutant in complex with AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hvj
タイトルCrystal structure of LIMK1 D460N mutant in complex with AMP-PNP
要素LIM domain kinase 1
キーワードTRANSFERASE / kinase ATP analog actin-remodeling
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of actin filament bundle assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / axon extension / stress fiber assembly / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RHO GTPases activate PAKs / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of axon extension ...positive regulation of actin filament bundle assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / axon extension / stress fiber assembly / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RHO GTPases activate PAKs / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of axon extension / Rho protein signal transduction / positive regulation of stress fiber assembly / heat shock protein binding / EPHB-mediated forward signaling / male germ cell nucleus / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / nervous system development / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / neuron projection / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein kinase activity / nuclear speck / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / glutamatergic synapse / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...: / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / LIM domain kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hamill, S. / Boggon, T.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM102262 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103403 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Noncanonical Substrate Recognition of Cofilin/ADF Proteins by LIM Kinases.
著者: Hamill, S. / Lou, H.J. / Turk, B.E. / Boggon, T.J.
履歴
登録2016年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIM domain kinase 1
B: LIM domain kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2933
ポリマ－72,7862
非ポリマー5061
水1,26170
1
A: LIM domain kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8992
ポリマ－36,3931
非ポリマー5061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LIM domain kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3931
ポリマ－36,3931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.987, 59.573, 98.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 LIM domain kinase 1 / LIMK-1


分子量: 36393.211 Da / 分子数: 2 / 変異: D460N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Optimized cDNA / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK1, LIMK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: P53667, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18-24% PEG 3350, 0.2 M potassium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.979 Å / Num. obs: 31929 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/av σ(I): 12.8 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 13.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1819精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S95

3s95


解像度: 2.2→39.979 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.05
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2522 1613 5.07 %Random
Rwork0.2057 ---
obs0.208 31815 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 75.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.979 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4609 0 19 70 4698
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024772
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6416450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9051818
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.26480.44011450.37712397X-RAY DIFFRACTION98
2.2648-2.33790.35861240.32192535X-RAY DIFFRACTION100
2.3379-2.42140.36061450.29312481X-RAY DIFFRACTION100
2.4214-2.51840.37181360.28622501X-RAY DIFFRACTION100
2.5184-2.6330.30311510.25382500X-RAY DIFFRACTION100
2.633-2.77170.34571130.24512526X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-2.94530.29171310.24172512X-RAY DIFFRACTION100
2.9453-3.17270.25631380.22272521X-RAY DIFFRACTION100
3.1727-3.49180.25541260.20342544X-RAY DIFFRACTION100
3.4918-3.99670.21241400.18232521X-RAY DIFFRACTION100
3.9967-5.03380.21691270.1592564X-RAY DIFFRACTION100
5.0338-39.98530.20151370.17692600X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.75731.756-2.56597.3386-1.04179.2455-0.1753-0.6475-0.10370.66110.1373-0.3669-0.3130.32620.13070.590.0351-0.20190.51720.0170.755512.32493.5468-7.8488
28.6241.58453.96342.03320.60458.3048-0.1564-1.3225-0.30471.11070.3280.1251-0.2819-0.1818-0.1960.66570.0944-0.00350.8160.17960.79470.99482.43492.9264
35.5747-1.33842.11972.4284-0.96014.7809-0.00330.0359-0.17580.16640.0972-0.2730.06390.4317-0.03080.367-0.0132-0.04840.25960.00540.5372-4.47054.7171-13.3785
45.0622-3.88240.70576.35820.15366.5249-0.5113-0.78830.07771.15280.0944-0.31130.0513-0.31540.42820.7617-0.0314-0.11590.5399-0.03560.5293-13.579110.0971.3184
53.7026-0.26980.11887.2774-2.30798.0751-0.2569-0.19820.2340.0336-0.02940.3295-0.495-0.35410.24230.37880.0041-0.12360.2619-0.02480.6233-20.921616.7224-13.2525
63.2012-1.20640.81416.13243.49852.74850.105-0.3359-0.67280.2779-0.20790.58860.7751-0.18950.330.3769-0.0947-0.09750.29770.05140.6806-22.80372.8808-15.4097
74.5458-1.585-3.79398.69476.45859.2754-0.1506-0.103-0.1533-0.3207-0.13621.0227-0.3179-0.2280.27890.4707-0.037-0.16830.36160.00820.8258-32.1127.2161-21.942
85.3283-1.339-0.21274.10920.26537.58080.56261.3019-0.1608-0.9892-0.93050.13970.4553-0.08380.41491.04970.3718-0.30731.18240.0390.869-41.8656-10.6852-56.8454
94.6348-1.42411.16243.615-0.45663.22160.4550.4096-0.1034-0.6931-0.26550.46670.4549-0.2711-0.19650.7109-0.0466-0.22840.41440.00470.6356-31.7934-18.1928-39.9344
102.2349-1.92490.98665.8099-1.36962.39050.066-0.01250.19410.248-0.0743-0.6774-0.01350.08130.03090.563-0.0516-0.12340.3167-0.05260.6498-19.8752-17.9072-25.0788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 329 through 374 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 375 through 390 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 391 through 476 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 477 through 527 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 528 through 586 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 587 through 613 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 614 through 633 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 330 through 390 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 391 through 569 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 570 through 637 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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