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- PDB-6tz7: Crystal Structure of Aspergillus fumigatus Calcineurin A, Calcine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tz7
タイトルCrystal Structure of Aspergillus fumigatus Calcineurin A, Calcineurin B, FKBP12 and FK506 (Tacrolimus)
要素
  • Calcineurin Ca2+-binding regulatory subunit CnaB
  • FK506-binding protein 1A
  • Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit
キーワードHydrolase/Isomerase/Calcium Binding / Calcineurin / FK506 / Hydrolase-Isomerase-Calcium Binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / calcineurin-mediated signaling / fungal-type cell wall organization / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calmodulin binding ...calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / calcineurin-mediated signaling / fungal-type cell wall organization / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calmodulin binding / calcium ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Calcineurin B protein / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / EF hand / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Chitinase A; domain 3 - #40 ...Calcineurin B protein / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / EF hand / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Chitinase A; domain 3 - #40 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / 4-Layer Sandwich / EF-hand domain pair / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / PHOSPHATE ION / Calcineurin regulatory subunit / FK506-binding protein 1A / Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fox III, D. / Horanyi, P.S.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents.
著者: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / ...著者: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y.L. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents
著者: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / ...著者: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J.
履歴
登録2019年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit
B: Calcineurin Ca2+-binding regulatory subunit CnaB
C: FK506-binding protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,80812
ポリマ－78,5443
非ポリマー1,2659
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7640 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area25410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.240, 94.460, 69.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit / Calmodulin-dependent calcineurin A subunit


分子量: 44895.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: cnaA, AFUA_5G09360 / プラスミド: PEMB361 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): TNI
参照: UniProt: Q4WUR1, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質 Calcineurin Ca2+-binding regulatory subunit CnaB


分子量: 19692.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_6G04540 / プラスミド: PEMB361 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): TNI / 参照: UniProt: Q4WDF2
#3: タンパク質 FK506-binding protein 1A / FKBP / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rapamycin-binding protein


分子量: 13956.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: fpr1A, AFUA_6G12170 / プラスミド: pEMB44 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q4WLV6, peptidylprolyl isomerase

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非ポリマー , 7種, 112分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506 / タクロリムス


分子量: 804.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H69NO12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: ASPERGILLUS FUMIGATUS VCID8013 [CALCINEURIN A], VCID8015 [CALCINEURIN B] AND VCID10288 [FKBP12] IN A SEC PURIFIED COMPLEX MEDIATED BY FK506/ TACROLIMUS AT 9.8 MG/ML [PROTEIN BATCH # 1393038]. ...詳細: ASPERGILLUS FUMIGATUS VCID8013 [CALCINEURIN A], VCID8015 [CALCINEURIN B] AND VCID10288 [FKBP12] IN A SEC PURIFIED COMPLEX MEDIATED BY FK506/ TACROLIMUS AT 9.8 MG/ML [PROTEIN BATCH # 1393038]. PROTEIN BUFFER INCLUDES 25MM HEPES PH 8.0, 50 MM NACL, 5.0MM CACL2, AND 0.5MM TCEP. THE PROTEIN COMPLEX WAS CRYSTALLIZED AGAINST AN OPTIMIZATION SCREEN BASED ON THE SPARSE MATRIX SCREEN PACT CONDITION E9: 0.1M HEPES/NAOH, PH7.4, 0.2M POTASSIUM/SODIUM TARTRATE, 22.27% W/V PEG 3,350 AND CRYO-PROTECTED WITH 20% ETHYLENE GLYCOL
PH範囲: 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 25206 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.697 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1860 / CC1/2: 0.728 / Rrim(I) all: 0.81 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1803精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TCO

1tco


解像度: 2.5→48.119 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 1258 4.99 %
Rwork0.1995 --
obs0.2011 25187 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.119 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4627 0 75 103 4805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5976574
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3411730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003852
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.5-2.60010.29871282669
2.6001-2.71840.32611372654
2.7184-2.86170.31351412633
2.8617-3.0410.27931612621
3.041-3.27580.29931412660
3.2758-3.60530.25271282659
3.6053-4.12680.20641432658
4.1268-5.19830.17141360.15532657
5.19830.18591432718
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.55571.5682-0.60913.27320.61371.10570.25840.05950.25740.4183-0.0520.33520.0247-0.2945-0.22660.3504-0.08160.04390.4558-0.01110.4839-22.0139-16.6774-21.8503
23.56922.3556-0.25545.9894-1.02483.64470.6631-0.34310.56150.7501-0.4090.7437-0.17330.0527-0.23190.3666-0.06490.11390.4081-0.0030.3246-31.3631-26.7474-27.5094
31.37540.2503-0.35692.62770.42262.64510.0353-0.0113-0.1104-0.155-0.1188-0.0229-0.05340.12580.07550.19840.03160.02680.22480.00550.2776-26.3035-33.3865-47.3503
41.1040.00050.23663.28141.70562.85420.06230.19120.1294-0.8164-0.02890.0772-0.5145-0.0511-0.02040.52220.04740.0320.28950.04560.2874-27.7069-25.7327-61.5077
55.1031-0.24082.77540.5319-0.00833.7202-0.1083-0.1902-0.1002-0.06920.04870.0198-0.2498-0.20710.12790.3815-0.0090.03550.21560.03020.4921-24.5017-17.3476-43.9109
60.1429-0.4151-0.24451.20350.69330.39940.2291-0.2329-0.38680.4749-0.2427-0.2784-0.2091.2054-0.24970.3399-0.1727-0.11260.60880.15250.357.6062-11.2449-30.3605
72.82810.10260.94920.8330.23770.5804-0.30350.15410.6573-0.09610.0457-0.0311-0.26910.27680.49750.8649-0.5602-0.26841.7182-0.05030.810128.7911-7.0659-18.6015
80.8108-0.0238-1.48282.2864-1.02664.10060.1253-0.01180.83510.0461-0.1434-0.2342-0.28930.83570.00240.7476-0.4277-0.23340.59040.15570.68389.2878-3.7311-22.6965
91.3404-0.15130.56984.8735-1.95220.97650.203-0.79530.48861.1544-0.26110.22920.01170.06650.18371.5318-0.1912-0.22751.0345-0.53340.805812.6374-3.0425-11.0591
103.9505-1.7982-0.91997.5623.07156.0093-0.0047-0.3174-0.0190.0967-0.60110.0051-0.86540.85520.50810.5-0.284-0.00911.29110.12820.411218.137-11.6932-17.7524
112.2790.35-0.76120.30940.4271.42070.0401-0.05110.03390.5815-0.0572-0.06560.35240.49260.06870.4873-0.0591-0.11260.54310.0390.50256.3882-15.7054-20.2016
124.0540.01421.2343.5519-0.56473.91480.0278-0.3537-0.22250.7889-0.05360.02250.0337-0.10730.06520.412-0.00650.01470.22570.02840.2791-6.1898-13.2476-23.0961
139.68221.85762.03351.1841.14744.6389-0.00721.3372-0.67520.04920.3658-0.00620.60370.717-0.53410.77090.2979-0.34340.6651-0.19010.6419.9215-20.3429-28.9458
142.9598-4.0166-2.58045.74042.12938.66310.8530.58690.5319-0.30740.29670.5757-0.23310.2999-1.0510.70920.17510.03030.4445-0.11470.842213.6278-18.8117-60.0266
155.1798-5.48426.08367.6551-4.97578.30590.38531.4778-0.1621-0.8416-0.4364-0.17010.55380.1845-0.13190.54090.07710.12770.6267-0.09050.44161.5585-9.1365-60.3262
163.0778-1.20530.45924.2317-0.71462.6220.12260.16470.4703-0.4369-0.2348-0.4644-0.39350.3010.10990.2602-0.02370.01820.2810.02310.20390.834-1.3803-51.1448
175.8206-1.8863-0.14549.49693.58664.3707-0.06610.048-0.11670.01850.00070.42310.5713-0.30760.03390.363-0.03120.0640.26560.040.4104-7.5908-16.4182-47.3536
185.26174.44842.77824.86651.32054.10930.1589-0.54440.64940.37250.0094-0.0304-0.0754-0.3781-0.14380.27920.0161-0.01040.35210.03770.31481.9379-4.1781-42.2513
192.2742-0.4760.89947.3228-0.86593.5140.10390.48740.1677-0.5903-0.2483-0.4249-0.08080.55960.07720.35040.00170.06320.3760.01460.3293.3832-6.4657-53.9009
201.1244-0.1096-0.57475.659-2.59913.13980.19760.063-0.35240.0285-0.2970.12440.15840.18090.11630.33620.00930.0510.31850.0070.41652.4649-16.1276-47.2581
217.7774-3.8933.66756.7171-2.23819.7047-0.1116-0.1815-0.3885-0.6052-0.34130.609-0.358-0.92140.51210.69520.08650.07160.4898-0.08490.3378-2.72127.9009-48.7586
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 55 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 245 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 246 through 323 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 324 through 346 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 347 through 366 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 41 through 51 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 52 through 84 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 85 through 93 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 94 through 110 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 111 through 121 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 122 through 179 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 180 through 190 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid -4 through 2 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 3 through 9 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 10 through 30 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 31 through 43 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 44 through 57 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 58 through 77 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 78 through 107 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 108 through 112 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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