PDB-6tyz: Structure of Ku80 von Willebrand domain complexed with APLF Ku Bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tyz

タイトル

Structure of Ku80 von Willebrand domain complexed with APLF Ku Binding Motif

要素

GLU-ARG-LYS-ARG-ILE-LEU-PRO-THR-TRP-MET-LEU-ALA
X-ray repair cross-complementing protein 5

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Ku80 von Willebrand factor A domain / Fluorine-19 NMR / Ku binding motif / Conditional binding site

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of isotype switching / Ku70:Ku80 complex / poly-ADP-D-ribose binding / histone chaperone activity / regulation of epithelial to mesenchymal transition / single strand break repair / telomeric DNA binding / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.51076626452 Å

データ登録者

Min, J. / Pedersen, L.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: DNA Repair (Amst.) / 年: 2019
タイトル: Ligand binding characteristics of the Ku80 von Willebrand domain.
著者: Kim, K. / Min, J. / Kirby, T.W. / Gabel, S.A. / Pedersen, L.C. / London, R.E.

履歴

登録	2019年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6tyz.ent.gz	112.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6tyz_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tyz_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	6tyz_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	6tyz_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/6tyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/6tyz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6tytC 6tyuC 6tyvSC 6tywC 6tyxC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7ctr-2 3wyn-2 3f7o-1 3de0-d 6cl8-d 4qyx-d 2wk1-d 2id8-d 4gaw-5 3ptl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (13) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: X-ray repair cross-complementing protein 5

B: GLU-ARG-LYS-ARG-ILE-LEU-PRO-THR-TRP-MET-LEU-ALA

ヘテロ分子

28.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.807, 71.189, 79.527
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	X-ray repair cross-complementing protein 5 分子量: 26185.980 Da / 分子数: 1 / 断片: Ku80 von Willebrand domain / 変異: C190S, deletion loop (E171 through R188) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: xrcc5, xrcc5-A-prov / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1L8EVE5, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質・ペプチド	GLU-ARG-LYS-ARG-ILE-LEU-PRO-THR-TRP-MET-LEU-ALA 分子量: 1968.368 Da / 分子数: 1 / 断片: APLF Ku Binding Motif / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IW19*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% (w/v) PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 39709 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.5937445818 Å² / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 50
反射シェル	解像度: 1.51→1.54 Å / Num. unique obs: 1922 / R_rim(I) all: 0.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TYV

6tyv

解像度: 1.51076626452→29.4430202657 Å / SU ML: 0.129507328798 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.47599729749 / 位相誤差: 23.0203441183

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202557392373	1980	5.00037881658 %
R_work	0.177990078727	-	-
obs	0.179194856937	39597	99.6577152493 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.4861613002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51076626452→29.4430202657 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1679	0	8	172	1859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00677432600793	1748
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.831931787142	2365
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0510319635665	282
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00548071764131	302
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3857445307	635

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5108-1.5485	0.287323402931	138	0.270194193729	2611	X-RAY DIFFRACTION	98.2487491065
1.5485-1.5904	0.293480982423	136	0.241367130711	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.6054519369
1.5904-1.6372	0.256013730438	138	0.220056759567	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.8214285714
1.6372-1.69	0.236944621642	140	0.210373816924	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.6078431373
1.69-1.7504	0.25872203933	138	0.204600498442	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.7495527728
1.7504-1.8205	0.219495520035	147	0.204461522863	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.5040736805
1.8205-1.9034	0.252350028928	138	0.206077215386	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.6067214873
1.9034-2.0037	0.20639951172	139	0.177790887133	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.5367070563
2.0037-2.1292	0.188600152421	142	0.164730125126	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.6107572541
2.1292-2.2935	0.193900597653	139	0.164034505583	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2935-2.5242	0.226886710712	145	0.171362579067	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5242-2.8892	0.193528264392	144	0.176557049444	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.9651324965
2.8892-3.639	0.191901934825	144	0.174805940235	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.639-29.443	0.179687656911	152	0.16472911562	2867	X-RAY DIFFRACTION	99.9007279947

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.591145047327	0.199141530845	-0.292770979468	0.0819756164744	0.00783337289068	1.01261861061	-0.0931996739664	0.0173518156788	0.0358701282273	-0.264535360346	0.0630850071168	-0.0123610625709	-0.0936338501428	-0.0526143962875	-0.047176486605	0.18472236396	0.0127780937371	0.0278842743762	0.156289115085	-0.00487285492616	0.158779154099	3.3143966547	6.74952642862	13.1921682254
2	0.872799259535	0.49212316904	-0.33996046244	1.53137483725	0.810364490466	1.65086516002	-0.129461192623	0.209498470443	-0.0475834518149	-0.45460984742	-0.0638286096856	0.0370535176822	0.0144754617038	-0.175847051111	-0.305874601948	0.289450190403	-0.00219776577692	0.0788710995461	0.200070340971	0.0191091094402	0.195281656016	8.07398201029	1.97520069023	5.68435703883
3	1.13213265697	0.891877616343	0.398660886794	2.45714309261	-1.01252528092	1.13553473534	-0.120786518362	0.094092533064	-0.102826105886	-0.374552739596	-0.0177495405609	0.181562772394	0.291780455871	-0.16245087855	0.0357751127796	0.202051349907	-0.00412063117087	0.01277331937	0.114633432572	-0.00718354602235	0.136946886296	-0.35026554103	-5.51324438377	17.52896915
4	1.76176660979	0.406800540564	-0.393996963229	4.61850809284	-2.75354955956	1.65514361098	-0.320583291565	0.732997518426	-0.0780261893779	-1.16426498477	0.34461367432	0.39775958066	0.992616145421	-0.668418899995	-0.321082543076	0.4359065949	-0.128877781106	0.0161043379184	0.419757403849	0.0262706744389	0.230270215402	2.97633393112	-7.3536371769	5.38746007061
5	1.38420986763	0.938624400223	-0.496381223537	2.1181425013	-0.899735884008	1.66432275721	-0.0998600392932	-0.0542890871686	-0.029465308622	-0.168473149274	-0.00697081785892	-0.2608568272	0.194193362763	0.0314680491035	-0.0468493156543	0.160309925139	0.007599212251	0.026774555957	0.150759801743	-0.010361277056	0.163683195327	5.52557138894	-5.41932098041	20.8371995839
6	0.218387399057	0.321879126579	0.25402537236	1.3107648915	0.27542042779	1.76706972726	0.0105288730939	-0.0161493433513	0.0348757766381	0.16799242745	0.0124896179817	-0.412790530118	0.103508605359	0.165224722772	0.000298000806687	0.161437429484	0.0162597171626	-0.0377720443506	0.19451536454	0.0113843406858	0.228678247673	8.01513114359	1.33611195663	27.8428085473
7	0.576904233579	-0.427368392949	0.495385765629	4.90885609176	2.90654626339	2.75897521152	-0.0632974903108	0.304990644595	-0.000182154801331	-0.132268853012	0.351823242182	-1.13134670358	-0.0947325954484	0.640835181046	0.327672421414	0.241225847548	0.0134516308847	-0.0306226709697	0.285209808195	-0.019060892412	0.373727239402	9.82556059657	19.6683192443	20.0221244506
8	1.36843552356	0.893502871302	0.996765299447	2.74239947163	-0.690652851548	1.55531289636	-0.0773809962824	0.159488820136	-0.179359635324	0.08032093498	-0.0500082043788	-0.602404544028	-0.170156976038	0.35948548516	0.0063038061226	0.228744791733	-0.0128798067732	-0.0566590090144	0.285993651271	0.0364500377973	0.349987823497	13.6883037004	8.3750569342	23.1449726198
9	0.572499480499	0.276304760709	-0.165785494321	0.342941686085	-0.263343697784	0.664935927785	0.267171189404	-0.137915821601	0.240372669557	0.136279310973	-0.0549132992918	0.051331687653	-0.234133838067	-0.200408160688	0.0248286825542	0.259235905998	-0.0302613253685	0.0431555137327	0.217700043549	-0.0221457792194	0.202021535998	-2.2549999905	-2.26296390209	34.7806205722
10	0.106198172766	-0.0523522534514	-0.0687399741906	0.235225885602	0.0490693289549	0.145038615877	0.0474353657086	-0.277066434016	-0.198950944223	0.800582181341	-0.0284413873641	-0.480319216406	0.378186681477	0.112885079032	0.00291673963071	0.303748458698	-0.0186168603704	-0.0495187131646	0.19894497076	0.0294627712859	0.20375915682	4.91972257263	-12.5128130946	33.8453155212

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 80 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 81 through 96 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 97 through 134 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 135 through 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 165 through 197 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 198 through 235 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 181 through 187 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 188 through 192 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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