PDB-6tyw: Structure of Ku80 von Willebrand domain S229A mutant complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tyw

タイトル

Structure of Ku80 von Willebrand domain S229A mutant complexed with APLF Ku Binding Motif

要素

GLU-ARG-LYS-ARG-ILE-LEU-PRO-THR-TRP-MET-LEU-ALA-GLU
X-ray repair cross-complementing protein 5

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Ku80 von Willebrand factor A domain / Fluorine-19 NMR / Ku binding motif / Conditional binding site

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of isotype switching / Ku70:Ku80 complex / poly-ADP-D-ribose binding / histone chaperone activity / regulation of epithelial to mesenchymal transition / single strand break repair / telomeric DNA binding / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.69965540409 Å

データ登録者

Min, J. / Pedersen, L.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: DNA Repair (Amst.) / 年: 2019
タイトル: Ligand binding characteristics of the Ku80 von Willebrand domain.
著者: Kim, K. / Min, J. / Kirby, T.W. / Gabel, S.A. / Pedersen, L.C. / London, R.E.

履歴

登録	2019年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tyw.cif.gz	169.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tyw.ent.gz	120.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tyw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/6tyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/6tyw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6tytC 6tyuC 6tyvC 6tyxC 6tyzSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hkk-d 1vyb-1 5inm-5 5ny6-d 6yqt-d 6yzt-d 2we6-1 2btn-d 3g1k-2 6qfx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (13) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: X-ray repair cross-complementing protein 5

B: GLU-ARG-LYS-ARG-ILE-LEU-PRO-THR-TRP-MET-LEU-ALA-GLU

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.847, 71.383, 79.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	X-ray repair cross-complementing protein 5 分子量: 26169.980 Da / 分子数: 1 / 断片: Ku80 von Willebrand domain / 変異: C190S, S229A, deletion loop (E171 through R188) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: XELAEV_18044412mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1L8EVE5, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質・ペプチド	GLU-ARG-LYS-ARG-ILE-LEU-PRO-THR-TRP-MET-LEU-ALA-GLU 分子量: 1968.368 Da / 分子数: 1 / 断片: APLF Ku Binding Motif / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IW19*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.699→50 Å / Num. obs: 28054 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 20.1101330671 Å² / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 50.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 1191 / R_rim(I) all: 0.156

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TYZ

6tyz

解像度: 1.69965540409→22.8064946926 Å / SU ML: 0.150952043558 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33572853688 / 位相誤差: 25.3720659353

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21816164121	1399	5.01343845189 %
R_work	0.179346577365	-	-
obs	0.181250894086	27905	98.5346045198 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.0836204142 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69965540409→22.8064946926 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1769	0	4	219	1992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0086703444362	1878
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.913562576438	2544
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0596734920045	293
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00566523393755	332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8512208296	691

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6997-1.7604	0.291215847075	123	0.220066192641	2371	X-RAY DIFFRACTION	90.3623188406
1.7604-1.8308	0.229888180188	146	0.211700887498	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.1087344029
1.8308-1.9141	0.237386113166	134	0.19781874605	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.6038890889
1.9141-2.015	0.265751030277	139	0.196834494279	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.6785714286
2.015-2.1411	0.23325480272	142	0.189281854364	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.7145915091
2.1411-2.3063	0.227674133051	142	0.186089138347	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.3648553282
2.3063-2.5381	0.281767322208	136	0.183688600779	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.1812032752
2.5381-2.9048	0.211483983582	143	0.184645386767	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.0158172232
2.9048-3.6573	0.191970697692	142	0.173855524613	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.5135510771
3.6573-22.8064	0.194130492399	152	0.161975773089	2844	X-RAY DIFFRACTION	99.6341868972

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.34113176204	4.12185521251	-0.158889808455	6.96770014626	0.953438603454	1.67805404873	-0.0105453464919	-0.0737679595325	0.0113671315827	0.404298409878	-0.0388316595978	0.0719041101212	-0.00895225331143	0.0540200157338	0.0288960540002	0.169012207271	0.00252440192665	0.0175239356726	0.181789288163	0.0179295696377	0.182377983039	-3.18281088791	6.99295110369	-13.3011182347
2	1.0660830732	-0.345576278458	-0.934096707649	1.24159522431	-0.213071438301	1.69512329546	-0.297203005891	-0.109491605955	-0.17607797672	0.403093920258	0.0693331815729	0.15925797321	0.422668590746	-0.113519843603	-0.0563288916736	0.262601436334	-0.0114287495168	0.0833604767631	0.191896226198	0.000528911528613	0.199150058957	-8.59321072237	-1.27801318799	-7.82404355533
3	3.71144948613	0.238015204161	1.13887456108	5.1281503634	-0.671625503828	1.60877160745	-0.0716628128496	0.0556366825186	0.0479349560099	0.252644866611	0.117002011655	-0.5675372661	0.174035350578	0.344178877259	0.0240609289029	0.155220957914	0.0306364033287	-0.00363617547734	0.175781795279	-0.00670379208721	0.221766119372	5.71728546683	-4.6481559597	-20.9119468998
4	1.24995358457	-0.285758113531	-1.01188204506	4.11867058283	2.92884906051	3.47116562945	-0.384489632657	-0.781782101596	-0.31225068788	1.05622512163	0.217575559343	-0.365679752676	1.3792463113	0.464410755952	0.211117300238	0.519560512072	0.196900307446	0.0648527616707	0.513366518885	0.0404523221216	0.289119532384	-3.68019358513	-8.31634210424	-5.46572510759
5	1.78110967764	-0.941383101851	-0.3250315684	2.21732636231	0.983852324247	2.15750958881	-0.144810362548	0.0391120996452	-0.0267988441802	0.293231854951	-0.00877619028964	0.389118142634	0.313082065561	-0.0702557859432	0.0180033207858	0.177749894695	-0.0107290500323	0.0568491139539	0.167134090872	0.000366865670966	0.181115640091	-5.51643396882	-5.15186066061	-20.8870849383
6	0.372935055789	-0.236941541004	-0.112439526351	2.38056413622	0.593014762601	3.41800246084	-0.0473985328578	0.0401852505369	0.0166073279029	-0.134278165876	0.0197079335613	0.405744278234	0.0634078012196	-0.10905640467	0.0310284236785	0.118125934124	0.000918705943125	-0.0334757353229	0.21338041373	0.000760234200124	0.259288584696	-8.58753536209	0.751274068	-28.1872350784
7	4.24825177461	1.57350847084	-0.519745892438	5.44635542125	-2.12128682685	2.41481017865	0.146273135208	0.0537946651265	0.510758164802	0.211369813047	0.266026221497	0.951929485988	-0.194330397421	-0.668175667362	-0.424308829168	0.298890083933	0.0209499876277	-0.00537883403234	0.286988143179	0.0383412218415	0.363884937404	-11.4772310679	20.6674287598	-20.098707624
8	1.3755963434	-1.05292293444	0.927703120464	2.67284329683	1.84789746139	3.18825228739	-0.117884526964	-0.144682091267	-0.279065499849	0.0365796878773	-0.142393830283	0.680828162076	0.221255433792	-0.490750896708	0.165704855585	0.235390515303	0.00185575371536	-0.0328320762796	0.295721060844	-0.0233488425805	0.383458945222	-15.4648744007	5.89988549669	-23.1121042625
9	9.05824103944	4.66482896083	-1.43015308529	6.24343858815	0.812732252398	5.25981064676	0.34219501375	0.037328071076	0.118952383458	-0.301735893986	-0.175611831645	-0.340571921055	-0.30357091898	0.119832143198	-0.158450318851	0.190644657195	0.0290406480877	0.0488698077303	0.212906093872	0.0234867595705	0.170835767351	2.37356072531	-2.29117145117	-34.8958469592
10	6.18723340128	2.65345230458	-0.609169256231	1.8326125331	-2.10509339228	7.82630279717	0.00287365706682	0.502042744022	-0.394049284921	-0.87462511614	-0.126081295725	0.479042457239	0.246456911041	-0.560814417605	0.078831284914	0.272509662064	0.021619366798	-0.0566207183874	0.250647660488	-0.069717283288	0.24103435146	-5.33729004023	-12.8678941683	-34.6927799209

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 59 through 80 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 81 through 96 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 97 through 134 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 135 through 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 165 through 197 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 198 through 241 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 181 through 187 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 188 through 193 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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