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- PDB-6tyl: Crystal structure of mammalian Ric-8A:Galpha(i):nanobody complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tyl
タイトルCrystal structure of mammalian Ric-8A:Galpha(i):nanobody complex
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
  • Nanobody A
  • Nanobody B
  • Nanobody C
  • Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ric-8A / G protein / GEF
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell adhesion involved in gastrulation / cell migration involved in gastrulation / Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / basement membrane organization / vasculature development / negative regulation of synaptic transmission / GTPase activating protein binding / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 ...cell-cell adhesion involved in gastrulation / cell migration involved in gastrulation / Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / basement membrane organization / vasculature development / negative regulation of synaptic transmission / GTPase activating protein binding / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (i) signalling events / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / response to light stimulus / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / gastrulation / adenylate cyclase regulator activity / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / protein folding chaperone / cellular response to forskolin / GTPase activator activity / regulation of mitotic spindle organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / visual learning / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / G protein activity / midbody / cell cortex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / in utero embryonic development / postsynapse / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / GTPase activity / centrosome / GTP binding / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / protein-containing complex / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Synembryn / Guanine nucleotide exchange factor, Ric8 / Guanine nucleotide exchange factor synembryn / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. ...Synembryn / Guanine nucleotide exchange factor, Ric8 / Guanine nucleotide exchange factor synembryn / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone Ric-8A / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Mou, T.C. / McClelland, L. / Yates-Hansen, C. / Sprang, S.R.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103546 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM105993 米国
National Science Foundation (United States)1738547 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the G protein chaperone and guanine nucleotide exchange factor Ric-8A bound to Gαi1.
著者: Levi J McClelland / Kaiming Zhang / Tung-Chung Mou / Jake Johnston / Cindee Yates-Hansen / Shanshan Li / Celestine J Thomas / Tzanko I Doukov / Sarah Triest / Alexandre Wohlkonig / Gregory G ...著者: Levi J McClelland / Kaiming Zhang / Tung-Chung Mou / Jake Johnston / Cindee Yates-Hansen / Shanshan Li / Celestine J Thomas / Tzanko I Doukov / Sarah Triest / Alexandre Wohlkonig / Gregory G Tall / Jan Steyaert / Wah Chiu / Stephen R Sprang /
要旨: Ric-8A is a cytosolic Guanine Nucleotide exchange Factor (GEF) that activates heterotrimeric G protein alpha subunits (Gα) and serves as an essential Gα chaperone. Mechanisms by which Ric-8A ...Ric-8A is a cytosolic Guanine Nucleotide exchange Factor (GEF) that activates heterotrimeric G protein alpha subunits (Gα) and serves as an essential Gα chaperone. Mechanisms by which Ric-8A catalyzes these activities, which are stimulated by Casein Kinase II phosphorylation, are unknown. We report the structure of the nanobody-stabilized complex of nucleotide-free Gα bound to phosphorylated Ric-8A at near atomic resolution by cryo-electron microscopy and X-ray crystallography. The mechanism of Ric-8A GEF activity differs considerably from that employed by G protein-coupled receptors at the plasma membrane. Ric-8A engages a specific conformation of Gα at multiple interfaces to form a complex that is stabilized by phosphorylation within a Ric-8A segment that connects two Gα binding sites. The C-terminus of Gα is ejected from its beta sheet core, thereby dismantling the GDP binding site. Ric-8A binds to the exposed Gα beta sheet and switch II to stabilize the nucleotide-free state of Gα.
履歴
登録2019年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)
C: Nanobody A
H: Nanobody A
E: Nanobody B
J: Nanobody B
D: Nanobody C
I: Nanobody C
B: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
F: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,97610
ポリマ－277,97610
非ポリマー00
水00
1
A: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)
C: Nanobody A
E: Nanobody B
D: Nanobody C
B: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,9885
ポリマ－138,9885
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: Nanobody A
J: Nanobody B
I: Nanobody C
G: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
F: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,9885
ポリマ－138,9885
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.048, 144.726, 114.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans) / Ric8a protein / Synembryn-A


分子量: 55836.926 Da / 分子数: 2 / 変異: Y232F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ric8a, rCG_48458 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1H241
#2: 抗体 Nanobody A


分子量: 13609.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Nanobody B


分子量: 14247.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Nanobody C


分子量: 14894.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 40399.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gnai1, Gnai-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10824
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2-1.4M Sodium Malonate / PH範囲: 6-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→39.58 Å / Num. obs: 20707 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 91.88 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 3.3→3.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1035 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.38 / Rrim(I) all: 0.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NMG

6nmg


解像度: 3.3→39.53 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 -5 %
Rwork0.248 --
obs-20707 90.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 109.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15938 0 0 0 15938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54821930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8129825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0382461
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042841
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.8389 Å / Origin y: -18.0538 Å / Origin z: 27.0874 Å
111213212223313233
T0.5501 Å2-0.1561 Å2-0.0023 Å2-0.5406 Å2-0.0783 Å2--0.4201 Å2
L0.6963 °2-0.0485 °2-0.0697 °2-1.1735 °2-0.1776 °2--0.941 °2
S0.12 Å °-0.0093 Å °-0.0531 Å °-0.0238 Å °-0.1963 Å °0.2957 Å °0.1999 Å °0.0576 Å °0.0799 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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