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- PDB-6txz: FAB PART OF M6903 IN COMPLEX WITH HUMAN TIM3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6txz
タイトルFAB PART OF M6903 IN COMPLEX WITH HUMAN TIM3
要素
  • Fab H
  • Fab L
  • Hepatitis A virus cellular receptor 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB / ANTIBODY / TIM3
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of defense response to bacterium / toll-like receptor 7 signaling pathway / natural killer cell tolerance induction ...regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of defense response to bacterium / toll-like receptor 7 signaling pathway / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of defense response to bacterium / negative regulation of immunological synapse formation / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of interleukin-1 production / toll-like receptor 9 signaling pathway / mediator complex / positive regulation of macrophage activation / macrophage activation involved in immune response / anchoring junction / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / immunological synapse / negative regulation of tumor necrosis factor production / maternal process involved in female pregnancy / positive regulation of chemokine production / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatitis A virus cellular receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Musil, D. / Sood, V.
引用ジャーナル: Oncoimmunology / 年: 2020
タイトル: Identification and characterization of M6903, an antagonistic anti-TIM-3 monoclonal antibody.
著者: Zhang, D. / Jiang, F. / Zaynagetdinov, R. / Huang, H. / Sood, V.D. / Wang, H. / Zhao, X. / Jenkins, M.H. / Ji, Q. / Wang, Y. / Nannemann, D.P. / Musil, D. / Wesolowski, J. / Paoletti, A. / ...著者: Zhang, D. / Jiang, F. / Zaynagetdinov, R. / Huang, H. / Sood, V.D. / Wang, H. / Zhao, X. / Jenkins, M.H. / Ji, Q. / Wang, Y. / Nannemann, D.P. / Musil, D. / Wesolowski, J. / Paoletti, A. / Bartholomew, T. / Derner, M.G. / An, Q. / Iffland, C. / Halle, J.P.
履歴
登録2020年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatitis A virus cellular receptor 2
B: Hepatitis A virus cellular receptor 2
C: Hepatitis A virus cellular receptor 2
D: Hepatitis A virus cellular receptor 2
H: Fab H
I: Fab H
J: Fab H
K: Fab H
L: Fab L
M: Fab L
N: Fab L
O: Fab L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,80812
ポリマ－236,80812
非ポリマー00
水00
1
A: Hepatitis A virus cellular receptor 2
H: Fab H
L: Fab L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2023
ポリマ－59,2023
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23850 Å2
手法PISA
2
B: Hepatitis A virus cellular receptor 2
I: Fab H
M: Fab L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2023
ポリマ－59,2023
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area23970 Å2
手法PISA
3
C: Hepatitis A virus cellular receptor 2
J: Fab H
N: Fab L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2023
ポリマ－59,2023
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23890 Å2
手法PISA
4
D: Hepatitis A virus cellular receptor 2
K: Fab H
O: Fab L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2023
ポリマ－59,2023
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.350, 270.115, 197.889
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Hepatitis A virus cellular receptor 2 / HAVcr-2 / T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 3 / TIMD-3 / T-cell ...HAVcr-2 / T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 3 / TIMD-3 / T-cell immunoglobulin mucin receptor 3 / TIM-3 / T-cell membrane protein 3


分子量: 12429.196 Da / 分子数: 4 / 断片: FAB ANTIBODY FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAVCR2, TIM3, TIMD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TDQ0
#2: 抗体
Fab H


分子量: 24224.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
Fab L


分子量: 22548.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% (v/v) PEG400, 0.1 M Tris HCL pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→48.6 Å / Num. obs: 59975 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.814 % / Biso Wilson estimate: 97.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 15.36 / Num. measured all: 228723 / Scaling rejects: 13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.06-3.313.8650.5022.954694812558121460.8050.58396.7
3.31-3.653.8060.2226.334589212074120580.9510.25999.9
3.65-4.193.7550.10112.334502812054119900.9890.11799.5
4.19-5.113.9410.04923.324162710577105620.9970.05799.9
5.11-6.483.8250.04325.4825416666066440.9970.05199.8
6.48-8.323.60.03330.4512333344034260.9980.03999.6
8.32-12.143.7050.02344.427803213321060.9990.02798.7
12.14-19.433.6410.02245.6728587957850.9990.02698.7
19.43-48.63.1710.01847.068182862580.9990.02290.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F71

5f71


解像度: 3.06→48.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.388
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 523 0.87 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 59973 99.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 172.92 Å2 / Biso mean: 80.01 Å2 / Biso min: 34.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4075 Å20 Å20 Å2
2--3.025 Å20 Å2
3----5.4325 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.06→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16054 0 0 0 16054
残基数----2134
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5320SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2742HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16475HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2155SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17139SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d16475HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg22472HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.57
LS精密化 シェル解像度: 3.06→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2839 24 1.04 %
Rwork0.3141 2283 -
all0.3138 2307 -
obs--87.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2012-1.9044-1.66084.61220.75511.83060.1217-0.1335-0.06960.80160.04010.93720.2204-0.1755-0.1618-0.2773-0.150.2261-0.1667-0.02530.0473-112.547-20.034821.6742
23.3824-0.72140.38214.38610.48891.3620.0447-0.220.39570.21790.1995-0.1069-0.27390.0391-0.2442-0.09740.03370.0789-0.0182-0.0352-0.0063-25.4564-37.8334-9.6632
32.36090.1776-1.23081.2195-0.51232.51890.19350.2802-0.1441-0.501-0.18310.2951-0.1261-0.0223-0.01040.05320.1513-0.0321-0.1229-0.0775-0.1363-31.7139-56.0935-30.1315
42.9805-0.73271.45581.41930.26016.3712-0.02270.28950.7765-0.1375-0.1911-0.2679-0.49440.06110.2137-0.0860.01630.1419-0.1968-0.06730.2106-34.2022-21.1979-19.7942
57.0378-3.8584-0.15686.9987-1.17043.7189-0.1754-0.30980.16770.2347-0.0266-0.2807-0.21370.45450.202-0.2038-0.0265-0.04040.014-0.0051-0.0873-72.6131-37.12073.6269
60.6523-1.05340.471.9513-0.77343.976-0.0614-0.101-0.4757-0.001-0.06040.50240.0756-0.10480.1218-0.15990.0250.0601-0.08440.10270.239-68.4781-53.5392-8.9836
72.6958-2.28511.04422.4851-1.00840.48780.20330.1450.1284-0.1335-0.1386-0.25960.13110.0811-0.0647-0.0416-0.01660.05920.0302-0.0497-0.04364.6901-66.8042-14.8354
85.7177-0.8370.7881.49910.62350.55870.12080.47780.2687-0.9836-0.187-0.0465-0.20030.21450.06620.36590.1991-0.1126-0.13490.0424-0.3672-74.9828-22.8871-36.8088
92.4006-1.5053-1.49134.26821.06932.34850.1824-0.14330.10220.2394-0.07470.6008-0.0364-0.059-0.1077-0.1975-0.1093-0.0087-0.1395-0.02480.076-102.95-10.20439.2485
102.5762-0.1925-1.80490.89110.14851.370.22090.4332-0.2305-0.4877-0.23430.1719-0.1147-0.16780.01340.17340.1833-0.1382-0.0199-0.1099-0.1901-41.9224-53.9555-44.0582
113.2948-2.00530.03862.19280.03840.7366-0.0630.05740.66590.0745-0.0126-0.7049-0.05130.10680.0757-0.1879-0.04890.0219-0.09410.01930.097417.7822-56.3163-7.2781
124.56530.52320.38693.68920.66811.41360.15340.16360.1579-0.5327-0.15580.0755-0.0737-0.07090.00240.03660.2137-0.0784-0.1559-0.0414-0.2798-76.7298-19.8478-19.8474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ N|* }N1 - 210
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|* }A22 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3{ O|* }O1 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|* }B22 - 130
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|* }C22 - 130
6X-RAY DIFFRACTION6{ D|* }D22 - 130
7X-RAY DIFFRACTION7{ H|* }H1 - 219
8X-RAY DIFFRACTION8{ I|* }I1 - 220
9X-RAY DIFFRACTION9{ J|* }J1 - 218
10X-RAY DIFFRACTION10{ K|* }K1 - 220
11X-RAY DIFFRACTION11{ L|* }L3 - 211
12X-RAY DIFFRACTION12{ M|* }M2 - 211

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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