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- PDB-6twt: Crystal structure of N-terminally truncated NDM-1 metallo-beta-la... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6twt
タイトルCrystal structure of N-terminally truncated NDM-1 metallo-beta-lactamase
要素Metallo beta lactamase NDM-1
キーワードHYDROLASE / METALLO-BETA-LACTAMASE / NDM-1 / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase type 2 / NDM-1
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Imiolczyk, B. / Czyrko-Horczak, J. / Brzezinski, K. / Jaskolski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Center for Research and Development (Poland)DesInMBL ポーランド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Flexible loops of New Delhi metallo-beta-lactamase modulate its activity towards different substrates.
著者: Raczynska, J.E. / Imiolczyk, B. / Komorowska, M. / Sliwiak, J. / Czyrko-Horczak, J. / Brzezinski, K. / Jaskolski, M.
履歴
登録2020年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo beta lactamase NDM-1
B: Metallo beta lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,22016
ポリマ－51,3782
非ポリマー84214
水10,341574
1
A: Metallo beta lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9717
ポリマ－25,6891
非ポリマー2826
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo beta lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2499
ポリマ－25,6891
非ポリマー5608
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.482, 73.980, 77.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metallo beta lactamase NDM-1 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase / NDM-1 / NDM carbapenemase / NDM-1 metallo-beta- ...Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase / NDM-1 / NDM carbapenemase / NDM-1 metallo-beta-lactamase / NDM1 metallo-beta-lactamase / New Delhi Metallo carbapenemase-1 / New Delhi metallo-beta-lactamse 1 / Subclass B1 metallo-beta-lactamase NDM-1


分子量: 25688.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, blaNDM-1_1, blaNDM-1_2, blaNDM-1_3, blaNDM1, NDM-1, BANRA_05884, C3483_29595, C7V41_28630, D647_p47098, EC13450_007, FAQ72_26810, FAQ97_27095, FAS39_27275, NCTC13443_ ...遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, blaNDM-1_1, blaNDM-1_2, blaNDM-1_3, blaNDM1, NDM-1, BANRA_05884, C3483_29595, C7V41_28630, D647_p47098, EC13450_007, FAQ72_26810, FAQ97_27095, FAS39_27275, NCTC13443_00040, p2146_00143, pCRE380_21, PMK1_ndm00067, PMK1_ndm00076, PMK1_ndm00085, pN11x00042NDM_090, pNDM-SX04_5, pNDM10469_138, SAMEA3531848_05178, TR3_031, TR4_031
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9NWK5, UniProt: C7C422*PLUS

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非ポリマー , 5種, 588分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.72 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MgCl2, CaCl2, imidazole, MES, MPD, PEG 1000, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→53.58 Å / Num. obs: 253359 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 19.33
反射 シェル解像度: 0.95→1.01 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 40251 / CC1/2: 0.605 / Rrim(I) all: 1.592 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZR9

3zr9


解像度: 0.95→53.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.988 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 0.447 / SU ML: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.0141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.015 / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1199 1014 0.4 %RANDOM
Rwork0.1046 ---
obs0.1047 252356 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 53.84 Å2 / Biso mean: 13.159 Å2 / Biso min: 5.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20 Å2-0 Å2
2---0.89 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.95→53.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3363 0 30 622 4015
Biso mean--18.06 25.79 -
残基数----452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193744
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.9345141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94637882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3155515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.67224.601163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.62115574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4581519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02759
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.43437134
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.8115428
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.38457238
LS精密化 シェル解像度: 0.951→0.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 73 -
Rwork0.278 18118 -
all-18191 -
obs--97.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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