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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tva | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the haemagglutinin from a transmissible H10N7 seal influenza virus isolated in Netherland in complex with avian receptor analogue, 3'-SLN | ||||||
![]() | (Haemagglutinin ...) x 2 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / metal ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, J. / Xiong, X. / Purkiss, A. / Walker, P. / Gamblin, S. / Skehel, J.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Hemagglutinin Traits Determine Transmission of Avian A/H10N7 Influenza Virus between Mammals. 著者: Herfst, S. / Zhang, J. / Richard, M. / McBride, R. / Lexmond, P. / Bestebroer, T.M. / Spronken, M.I.J. / de Meulder, D. / van den Brand, J.M. / Rosu, M.E. / Martin, S.R. / Gamblin, S.J. / ...著者: Herfst, S. / Zhang, J. / Richard, M. / McBride, R. / Lexmond, P. / Bestebroer, T.M. / Spronken, M.I.J. / de Meulder, D. / van den Brand, J.M. / Rosu, M.E. / Martin, S.R. / Gamblin, S.J. / Xiong, X. / Peng, W. / Bodewes, R. / van der Vries, E. / Osterhaus, A.D.M.E. / Paulson, J.C. / Skehel, J.J. / Fouchier, R.A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 329 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 262.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 63 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 92.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6tjwC ![]() 6tjyC ![]() 6tvbC ![]() 6tvcC ![]() 6tvdC ![]() 6tvfC ![]() 6tvrC ![]() 6tvsC ![]() 6tvtC ![]() 6twhC ![]() 6twiC ![]() 6twsC ![]() 6twvC ![]() 6txoC ![]() 6ty1C ![]() 4d00S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Haemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 34914.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 19759.715 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: ![]() |
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-糖 , 3種, 9分子 
#3: 多糖 | #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 1種, 1182分子 
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.03 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 26%-31% PEG600,0.1M HEPES pH 7.5 or 0.1 M tris pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→53.74 Å / Num. obs: 211775 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 10548 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4D00 解像度: 1.74→53.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.64 Å2 / Biso mean: 32.8096 Å2 / Biso min: 7.58 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→53.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20
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