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- PDB-6ttl: crystal structure of [FeFe]-hydrogenase CbA5H (partial) from Clos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ttl
タイトルcrystal structure of [FeFe]-hydrogenase CbA5H (partial) from Clostridium beijerinckii in Hinact state
要素[FeFe]-hydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / [FeFe]-hydrogenase / aerobically crystallized / Clostridium beijerinckii
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin hydrogenase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain / 4Fe-4S dicluster domain ...Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain / 4Fe-4S dicluster domain / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-402 / IRON/SULFUR CLUSTER / [FeFe]-hydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium beijerinckii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Duan, J. / Rutz, A. / Hofmann, E. / Happe, T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A safety cap protects hydrogenase from oxygen attack.
著者: Winkler, M. / Duan, J. / Rutz, A. / Felbek, C. / Scholtysek, L. / Lampret, O. / Jaenecke, J. / Apfel, U.P. / Gilardi, G. / Valetti, F. / Fourmond, V. / Hofmann, E. / Leger, C. / Happe, T.
履歴
登録2019年12月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [FeFe]-hydrogenase
B: [FeFe]-hydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,4176
ポリマ－150,0042
非ポリマー1,4134
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area40930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.000, 169.000, 127.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n

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要素

#1: タンパク質 [FeFe]-hydrogenase


分子量: 75001.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium beijerinckii (バクテリア)
プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): delta iscR / 参照: UniProt: A0A1I9RYV3
#2: 化合物 ChemComp-402 / dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+)


分子量: 354.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5Fe2N3O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.4M MgCl2, 27% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976247 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月2日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976247 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.26 Å / Num. obs: 41295 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.4 % / Biso Wilson estimate: 87.49 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.36
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Num. unique obs: 3028 / CC1/2: 0.477 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13精密化
XSCALEJan 26, 2018データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX1.13位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XDC

4xdc


解像度: 2.9→49.26 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3531 -5 %random
Rwork0.3388 ---
obs-41295 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 71.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7598 0 50 0 7648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00227782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.480210442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03791152
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00251336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.23782946

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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