PDB-6tt5: Crystal structure of DCLRE1C/Artemis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tt5

タイトル

Crystal structure of DCLRE1C/Artemis

要素

Protein artemis

キーワード

HYDROLASE / Endonuclease / DNA repair / V(D)J recombination / NHEJ recombination

機能・相同性

機能・相同性情報

nonhomologous end joining complex / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / V(D)J recombination / 5'-3' exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / response to ionizing radiation / interstrand cross-link repair / telomere maintenance / B cell differentiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Yosaatmadja, Y. / Goubin, S. / Newman, J.A. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Dannerfjord, A.A. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural and mechanistic insights into the Artemis endonuclease and strategies for its inhibition.
著者: Yosaatmadja, Y. / Baddock, H.T. / Newman, J.A. / Bielinski, M. / Gavard, A.E. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Dannerfjord, A.A. / Schofield, C.J. / McHugh, P.J. / Gileadi, O.

履歴

登録	2019年12月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2021年9月29日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tt5.cif.gz	158 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tt5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/6tt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/6tt5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7absC 7af1C 7afsC 7afuC 7agiC 7apvC 5ahoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wnl-1 7af1-d 7afs-d 6wnl-2 5tu0-d 7apv-d 3n50-2 2xrw-d 7c1b-d 2gu1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Protein artemis

ヘテロ分子

42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.871, 47.993, 48.246
Angle α, β, γ (deg.)	82.607, 76.370, 85.983
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Protein artemis / DNA cross-link repair 1C protein / Protein A-SCID / SNM1 homolog C / hSNM1C / SNM1-like protein 分子量: 41773.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCLRE1C, ARTEMIS, ASCID, SCIDA, SNM1C 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q96SD1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.76 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350 0.3 M Ammonium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→47.554 Å / Num. obs: 46964 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 1593 / CC_1/2: 0.65

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5AHO

5aho

解像度: 1.5→47.554 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.195 / WR_factor R_work: 0.167 / Average fsc free: 0.9471 / Average fsc work: 0.9561 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1918	2199	4.684 %
R_work	0.1658	44746	-
all	0.167	-	-
obs	-	46945	94.617 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.335 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.672 Å²	-0.596 Å²	1.091 Å²
2-	-	0.155 Å²	-0.3 Å²
3-	-	-	0.776 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.554 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2755	0	27	224	3006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	3043
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.212	1.652	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.267	1.568	6608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.508	5	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.905	19.763	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.387	15	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.258	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	704
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	2563
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.067	0.2	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.02	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.082	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.881	1.641	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.878	1.64	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.241	2.457	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.242	2.459	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.968	1.788	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.978	1.79	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.223	2.61	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.222	2.612	2307
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.426	19.322	3371
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.958	19.079	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	17.733	3	5895

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.283	136	0.204	2430	0.208	3646	0.893	0.913	70.3785	0.186
1.539-1.581	0.21	152	0.196	3115	0.197	3552	0.936	0.938	91.9763	0.177
1.581-1.627	0.205	166	0.177	3174	0.179	3526	0.941	0.949	94.7249	0.161
1.627-1.677	0.222	158	0.162	3044	0.165	3351	0.946	0.955	95.5536	0.149
1.677-1.732	0.206	135	0.16	2987	0.162	3269	0.947	0.961	95.5032	0.147
1.732-1.792	0.192	148	0.158	2922	0.159	3197	0.947	0.959	96.0275	0.146
1.792-1.86	0.164	122	0.15	2818	0.151	3046	0.964	0.962	96.52	0.14
1.86-1.936	0.179	132	0.147	2708	0.149	2947	0.953	0.968	96.3692	0.14
1.936-2.022	0.179	117	0.148	2621	0.15	2829	0.957	0.968	96.7833	0.143
2.022-2.12	0.19	116	0.158	2518	0.159	2711	0.951	0.961	97.1597	0.153
2.12-2.235	0.189	102	0.156	2346	0.157	2519	0.947	0.968	97.1814	0.154
2.235-2.37	0.175	121	0.161	2257	0.162	2436	0.964	0.964	97.619	0.161
2.37-2.533	0.178	110	0.159	2136	0.16	2292	0.96	0.964	97.993	0.159
2.533-2.735	0.199	90	0.168	1973	0.17	2105	0.951	0.955	98.0048	0.17
2.735-2.996	0.213	96	0.167	1852	0.169	1977	0.947	0.956	98.5331	0.172
2.996-3.347	0.195	83	0.174	1640	0.175	1746	0.953	0.96	98.6827	0.181
3.347-3.862	0.207	69	0.173	1465	0.174	1551	0.945	0.954	98.9039	0.186
3.862-4.722	0.163	70	0.146	1244	0.147	1325	0.963	0.964	99.1698	0.163
4.722-6.646	0.208	43	0.204	968	0.204	1018	0.945	0.953	99.3124	0.224
6.646-47.554	0.164	33	0.196	527	0.194	572	0.963	0.96	97.9021	0.219

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