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- PDB-7c1b: Crystal structure of a dinucleotide-binding protein (F79A/Y224A/Y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c1b
タイトルCrystal structure of a dinucleotide-binding protein (F79A/Y224A/Y246A and deletion of residues 50-75) of ABC transporter (unbound form)
要素Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / c-di-GMP/AMP / Substrate-binding protein / Thermus thermophilus / tRNA synthesis and/or modification / Venus Fly-trap mechanism / UgpB
機能・相同性: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / transmembrane transport / periplasmic space / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kanaujia, S.P. / Chandravanshi, M. / Samanta, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)SB/YS/LS-120/2013 インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Structural and thermodynamic insights into the novel dinucleotide-binding protein of ABC transporter unveils its moonlighting function.
著者: Chandravanshi, M. / Samanta, R. / Kanaujia, S.P.
履歴
登録2020年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7233
ポリマ－41,5541
非ポリマー1682
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.930, 55.470, 124.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein


分子量: 41554.344 Da / 分子数: 1 / 変異: F79A, Y224A, Y246A and deletion of residues 50-75 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
遺伝子: TTHA0379 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q5SLB4
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 % / 解説: Orthorhombic
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium sulphate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 30% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年12月8日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→62.2 Å / Num. obs: 16950 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 181309 / Scaling rejects: 496
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.3810.80.5591728016070.9280.1770.5864.1100
8.91-62.28.90.05431993580.9990.0180.05823.299.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.96 Å62.2 Å
Translation4.96 Å62.2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0266精密化
HKL-30003000データ収集
MOSFLM7.2.2データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C0F

7c0f


解像度: 2.3→62.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / WRfactor Rfree: 0.2519 / WRfactor Rwork: 0.1827 / FOM work R set: 0.8125 / SU B: 15.515 / SU ML: 0.193 / SU R Cruickshank DPI: 0.3787 / SU Rfree: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2695 829 4.9 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.1986 16069 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.58 Å2 / Biso mean: 30.045 Å2 / Biso min: 10.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.08 Å20 Å2-0 Å2
2---1.77 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→62.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2817 0 11 120 2948
Biso mean--37.43 27.2 -
残基数----367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132888
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8211.643915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.371.5776430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8325366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.42723.309139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.8515467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0451513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02671
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 66 -
Rwork0.209 1138 -
all-1204 -
obs--99.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.2028 Å / Origin y: 16.3681 Å / Origin z: 14.2605 Å
111213212223313233
T0.0173 Å2-0.0108 Å20.0094 Å2-0.0183 Å20.0023 Å2--0.0292 Å2
L0.8603 °20.0876 °2-0.4967 °2-0.9518 °2-0.684 °2--1.5337 °2
S0.0616 Å °0.0231 Å °0.153 Å °0.0432 Å °-0.0026 Å °-0.0079 Å °-0.0953 Å °-0.0004 Å °-0.0591 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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