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万見
- PDB-6trm: Solution structure of the antifungal protein PAFC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6trm
タイトルSolution structure of the antifungal protein PAFC
要素Pc21g12970 protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / SOLUTION STRUCTURE / DISULPHIDE PROTEIN / PAFC / STRUCTURE FROM CYANA 2.1
機能・相同性Bubble protein / Bubble superfamily / Bubble protein / Pc21g12970 protein
機能・相同性情報
生物種Penicillium rubens Wisconsin 54-1255 (菌類)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Czajlik, A. / Holzknecht, J. / Marx, F. / Batta, G.
資金援助 ハンガリー, オーストリア, 3件
組織認可番号国
European Regional Development FundGINOP-2.3.2-15-2016-00008 ハンガリー
European Regional Development FundGINOP-2.3.3-15-2016-00004 ハンガリー
Austrian Science FundFWF I3132-B21 オーストリア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Solution Structure, Dynamics, and New Antifungal Aspects of the Cysteine-Rich Miniprotein PAFC.
著者: Czajlik, A. / Holzknecht, J. / Galgoczy, L. / Toth, L. / Poor, P. / Ordog, A. / Varadi, G. / Kuhbacher, A. / Borics, A. / Toth, G.K. / Marx, F. / Batta, G.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月23日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pc21g12970 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6391
ポリマ－6,6391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3740 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Pc21g12970 protein


分子量: 6639.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Penicillium rubens Wisconsin 54-1255 (菌類)
遺伝子: Pc21g12970, PCH_Pc21g12970 / プラスミド: pSK275pafC / 発現宿主: Penicillium rubens Wisconsin 54-1255 (菌類) / 参照: UniProt: B6HMF2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
212isotropic12D 1H-15N HSQC
222isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-1H TOCSY
252isotropic13D 1H-15N NOESY
2112isotropic13D 1H-15N TOCSY
2102isotropic13D HNHA
292isotropic13D HNCA
282isotropic13D HN(CO)CA
272isotropic13D HN(CA)CB
262isotropic13D HN(COCA)CB
2132isotropic13D HNCO
2122isotropic13D HN(CA)CO
2142isotropic13D (H)CCH-TOCSY
2152isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution120 mM [U-100% 2H] acetic acid, 1.5 mM PAFC, 95 % H2O, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O5mm sample tube, 500 ul volumeunlabeled95% H2O/5% D2O
solution220 mM [U-100% 2H] acetic acid, 650 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] PAFC, 95 % H2O, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O5mm sample tube, 440 ul volume13C_15N95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMacetic acid[U-100% 2H]1
1.5 mMPAFCnatural abundance1
95 %H2Onatural abundance1
5 %D2O[U-2H]1
20 mMacetic acid[U-100% 2H]2
650 uMPAFC[U-100% 13C; U-100% 15N]2
95 %H2Onatural abundance2
5 %D2O[U-2H]2
試料状態

イオン強度: 0.007 M / Ionic strength err: 0.0007 / pH: 4.5 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 1

Conditions-IDLabel
11
22

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TALOSNCornilescu, Delaglio and Bax精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNpeak picking
TopSpin3.1Bruker Biospin解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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