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- PDB-3kyx: Joint Xray/neutron crystal structure determination of fully perde... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kyx
タイトルJoint Xray/neutron crystal structure determination of fully perdeuterated rubredoxin at 295K
要素Rubredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / joint X-ray neutron refinement / Iron / Metal-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 ...Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / : / Rubredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.675 Å
データ登録者Gardberg, A.S. / Meilleur, F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Unambiguous determination of H-atom positions: comparing results from neutron and high-resolution X-ray crystallography.
著者: Gardberg, A.S. / Del Castillo, A.R. / Weiss, K.L. / Meilleur, F. / Blakeley, M.P. / Myles, D.A.
履歴
登録2009年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Data collection / Version format compliance
改定 1.22011年9月14日Group: Database references
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0882
ポリマ－6,0321
非ポリマー561
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.374, 35.339, 44.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rubredoxin / Rd


分子量: 6031.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ab-initio perdeuteration / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: rub, PF1282 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P24297
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化手法: ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.8 M sodium/potassium phosphate, hanging drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12951
22951
放射光源
由来ID波長 (Å)
回転陽極11.54
NUCLEAR REACTOR23.3-4.2
検出器
タイプID検出器日付
MAR3451IMAGE PLATE
MAATEL LADI-III2IMAGE PLATE2008年5月7日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
23.31
34.21
反射解像度: 1.675→27.116 Å / Num. obs: 6814 / % possible obs: 82.3 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.675-1.771.40.09974253040.09934
1.77-1.872.90.1016.717786220.10172.6
1.87-25.70.0986.840007060.09886.2
2-2.167.70.16.454117010.193.1
2.16-2.377.90.1025.853446730.10294.2
2.37-2.6570.0996.144326290.09997
2.65-3.066.50.0965.836475590.09697.8
3.06-3.756.50.0936.331994940.09397.1
3.75-5.37.30.0925.828133870.09298
5.3-27.125.40.0676.912852360.06796.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25data processing
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
LAUEGENデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BRF

1brf


解像度: 1.675→12.627 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.801 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 305 4.48 %
Rwork0.169 --
obs0.17 5311 91.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.067 Å2 / ksol: 0.543 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 75.83 Å2 / Biso mean: 21.155 Å2 / Biso min: 4.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.851 Å2-0 Å2-0 Å2
2---6.575 Å2-0 Å2
3----5.814 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.675→12.627 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数403 0 1 28 432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.005852
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d0.9691504
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07258
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.005131
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.981192
LS精密化 シェル

Refine-ID: NEUTRON DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allTotal num. of bins used% reflection obs (%)
1.6-2.0140.1911440.14632093353291
1.675-1.9170.305690.21214841553339
1.917-2.4150.2271540.16531983352384
2.014-12.6270.1931610.1733003461291
2.415-24.6430.2811710.28336013772394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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