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- PDB-6tpj: Crystal structure of the Orexin-2 receptor in complex with suvore... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tpj
タイトルCrystal structure of the Orexin-2 receptor in complex with suvorexant at 2.76 A resolution
要素Orexin receptor type 2,GlgA glycogen synthase,Hypocretin receptor-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / 7TM / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / circadian sleep/wake cycle process / orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / neuropeptide receptor activity / locomotion / feeding behavior / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway ...regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / circadian sleep/wake cycle process / orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / neuropeptide receptor activity / locomotion / feeding behavior / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hormone stimulus / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / synapse / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Orexin receptor 2 / Orexin receptor type 2 / Orexin receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Orexin receptor 2 / Orexin receptor type 2 / Orexin receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / OLEIC ACID / Chem-SUV / Orexin receptor type 2 / Orexin receptor type 2 / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Rappas, M. / Ali, A. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. ...Rappas, M. / Ali, A. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Mould, R. / Patel, J.C. / Tehan, B.G. / Weir, M. / Christopher, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01DA039553 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Comparison of Orexin 1 and Orexin 2 Ligand Binding Modes Using X-ray Crystallography and Computational Analysis.
著者: Rappas, M. / Ali, A.A.E. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / ...著者: Rappas, M. / Ali, A.A.E. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Mould, R. / Patel, J.C. / Tehan, B.G. / Weir, M. / Christopher, J.A.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orexin receptor type 2,GlgA glycogen synthase,Hypocretin receptor-2
B: Orexin receptor type 2,GlgA glycogen synthase,Hypocretin receptor-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,02445
ポリマ－129,0402
非ポリマー10,98443
水4,071226
1
A: Orexin receptor type 2,GlgA glycogen synthase,Hypocretin receptor-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,87318
ポリマ－64,5201
非ポリマー4,35317
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Orexin receptor type 2,GlgA glycogen synthase,Hypocretin receptor-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,15127
ポリマ－64,5201
非ポリマー6,63126
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.325, 76.247, 82.737
Angle α, β, γ (deg.)89.990, 85.250, 89.970
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 47 through 388 or resid 2201...
21(chain B and (resid 47 through 340 or (resid 341...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 47 through 388 or resid 2201...A47 - 388
121(chain A and (resid 47 through 388 or resid 2201...A2201
131(chain A and (resid 47 through 388 or resid 2201...A2701
141(chain A and (resid 47 through 388 or resid 2201...A47 - 3901
151(chain A and (resid 47 through 388 or resid 2201...A47 - 3901
161(chain A and (resid 47 through 388 or resid 2201...A47 - 3901
171(chain A and (resid 47 through 388 or resid 2201...A0
211(chain B and (resid 47 through 340 or (resid 341...B47 - 340
221(chain B and (resid 47 through 340 or (resid 341...B341
231(chain B and (resid 47 through 340 or (resid 341...B45 - 4201
241(chain B and (resid 47 through 340 or (resid 341...B45 - 4201
251(chain B and (resid 47 through 340 or (resid 341...B45 - 4201
261(chain B and (resid 47 through 340 or (resid 341...B45 - 4201
271(chain B and (resid 47 through 340 or (resid 341...B45 - 4201

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Orexin receptor type 2,GlgA glycogen synthase,Hypocretin receptor-2 / Ox2R / Hypocretin receptor type 2 / Glycogen synthase / cDNA / FLJ95033 / Homo sapiens hypocretin ...Ox2R / Hypocretin receptor type 2 / Glycogen synthase / cDNA / FLJ95033 / Homo sapiens hypocretin (orexin) receptor 2 (HCRTR2) / mRNA


分子量: 64520.113 Da / 分子数: 2
変異: E54A Y91L D100A V142A R170L L206A Y219A M233A A242L L310V L318A T347A N14D N22D N202D C381W C382W C383W
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
遺伝子: HCRTR2, PAB2292
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43614, UniProt: Q9V2J8, UniProt: Q548Y0

-
非ポリマー , 5種, 269分子

#2: 化合物...
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物 ChemComp-SUV / [(7R)-4-(5-chloro-1,3-benzoxazol-2-yl)-7-methyl-1,4-diazepan-1-yl][5-methyl-2-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]methanone / suvorexant / スボレキサント


分子量: 450.921 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23ClN6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, アンタゴニスト*YM
#4: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid (ADA) 150-300 mM ammonium nitrate 28-43 % (v/v) polyethylene glycol 400
PH範囲: 6.0-7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→47.695 Å / Num. obs: 23784 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 1.6 % / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 2.5
反射 シェル解像度: 2.76→2.974 Å / Num. unique obs: 1189 / CC1/2: 0.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WQC

5wqc


解像度: 2.74→47.695 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 1140 4.79 %
Rwork0.2071 --
obs0.2092 23783 67.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.35 Å2 / Biso mean: 42.1686 Å2 / Biso min: 4.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.74→47.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7979 0 439 226 8644
Biso mean--54.32 35.43 -
残基数----1000
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4731X-RAY DIFFRACTION8.677TORSIONAL
12B4731X-RAY DIFFRACTION8.677TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7401-2.86480.2534160.22022847
2.8648-3.01580.3314980.2453129232
3.0158-3.20470.31831220.2455221853
3.2047-3.45210.31331700.238296070
3.4521-3.79930.25411950.2009383592
3.7993-4.34880.22981900.18405696
4.3488-5.47770.21712030.1918403496
5.4777-47.6950.24371460.2247396493
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6660.3519-0.9632.1844-0.28922.59220.02-0.0917-0.05720.0044-0.05460.03050.0768-0.20590.04240.2866-0.02780.09150.1232-0.00920.062916.858619.291533.8534
22.7556-0.2192-0.35712.291-0.44754.0596-0.07510.2286-0.1848-0.015-0.0073-0.05130.01650.07420.03110.3421-0.00280.06380.1401-0.03630.0767-6.072511.805880.5118
31.1848-0.2607-0.72121.97870.54722.85780.02850.07660.0034-0.0084-0.0585-0.04980.03090.14490.01690.34480.0190.09120.136-0.02960.095714.9907-18.696629.6326
42.6262-0.7139-0.2842.59640.96223.7105-0.049-0.1747-0.08610.02210.02410.0394-0.1052-0.04340.02060.3264-0.0450.05130.1234-0.01090.069437.9635-26.3422-17.2899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 47:388)A47 - 388
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 1001:1196)A1001 - 1196
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 45:388)B45 - 388
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 1001:1196)B1001 - 1196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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