PDB-6to6: Solution structure of the modulator of repression (MOR) of the te...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6to6

タイトル

Solution structure of the modulator of repression (MOR) of the temperate bacteriophage TP901-1 from Lactococcus lactis

要素

MOR

キーワード

TRANSCRIPTION / Modulator of repression

機能・相同性

Protein of unknown function DUF739 / Protein of unknown function (DUF739) / MOR

機能・相同性情報

生物種

Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Rasmussen, K.K. / Blackledge, M. / Herrmann, T. / Lo Leggio, L. / Jensen, M.R.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Revealing the mechanism of repressor inactivation during switching of a temperate bacteriophage.
著者: Rasmussen, K.K. / Palencia, A. / Varming, A.K. / El-Wali, H. / Boeri Erba, E. / Blackledge, M. / Hammer, K. / Herrmann, T. / Kilstrup, M. / Lo Leggio, L. / Jensen, M.R.

履歴

登録	2019年12月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6to6.cif.gz	462.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6to6.ent.gz	390.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6to6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6to6_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6to6_full_validation.pdf.gz	714.3 KB	表示
XML形式データ	6to6_validation.xml.gz	42 KB	表示
CIF形式データ	6to6_validation.cif.gz	59.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6to6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6to6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6triC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5j7d-7 1f71-d 3zlj-2 1baj-d 2lki-d 2cw1-d 1u39-d 1boc-d 4hvw-d 1orc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34462Solution structure of the modulator of repression (MOR) of the temperate bacteriophage TP901-1 from Lactococcus lactis

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MOR

8.42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 80	NULL EMARK:
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	MOR 分子量: 8422.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus phage TP901-1 (ファージ) 遺伝子: mor / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O48504

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	(H)CCH-TOCSY
1	2	1	isotropic	2	[1H-1H] NOESY-15N-HSQC
1	3	1	isotropic	2	aliphatic [1H-1H]-NOESY-13C-HSQC
1	4	1	isotropic	2	aromatic [1H-1H]-NOESY-13C-HSQC
1	5	1	isotropic	3	HNCO
1	6	1	isotropic	3	HN(CA)CO
1	7	1	isotropic	3	HN(CO)CACB
1	8	1	isotropic	3	HN(CA)CB
1	9	1	isotropic	3	HSQC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 700 uM [U-13C; U-15N] MOR, 90% H2O/10% D2O / 詳細: MOR sample / Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 700 uM / 構成要素: MOR / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態	詳細: 20 mM Tris buffer, 100 mM NaCl, 1 mM dithiothreitol (DTT) at pH 6.5 イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	950	1
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	700	2
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	600	3

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
UNIO	Herrmann, T. et al	データ解析
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
CcpNmr Analysis	CCPN	chemical shift assignment

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 6

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: NULL EMARK: / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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