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- PDB-6tn8: Crystal structure of the ACVR1 (ALK2) kinase in complex with the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tn8
タイトルCrystal structure of the ACVR1 (ALK2) kinase in complex with the compound BI-9564
要素Activin receptor type I
キーワードSIGNALING PROTEIN / KINASE / BMP / INHIBITOR / SIGNALLING
機能・相同性
機能・相同性情報


endocardial cushion cell fate commitment / mitral valve morphogenesis / endocardial cushion fusion / BMP receptor complex / BMP receptor activity / atrial septum primum morphogenesis / cardiac muscle cell fate commitment / acute inflammatory response / activin receptor activity, type I / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition ...endocardial cushion cell fate commitment / mitral valve morphogenesis / endocardial cushion fusion / BMP receptor complex / BMP receptor activity / atrial septum primum morphogenesis / cardiac muscle cell fate commitment / acute inflammatory response / activin receptor activity, type I / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of determination of dorsal identity / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor complex / endocardial cushion formation / smooth muscle cell differentiation / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / pharyngeal system development / activin binding / cellular response to BMP stimulus / activin receptor signaling pathway / negative regulation of activin receptor signaling pathway / transforming growth factor beta binding / embryonic heart tube morphogenesis / gastrulation with mouth forming second / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / neural crest cell migration / atrioventricular valve morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ventricular septum morphogenesis / SMAD binding / germ cell development / peptide hormone binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / mesoderm formation / regulation of ossification / BMP signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization / negative regulation of signal transduction / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / apical part of cell / heart development / in utero embryonic development / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / cadherin binding / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5U6 / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Activin receptor type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Williams, E.P. / Chen, Z. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the ACVR1 (ALK2) kinase in complex with the compound BI-9564
著者: Williams, E.P. / Chen, Z. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.N.
履歴
登録2019年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activin receptor type I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,62211
ポリマ－34,5381
非ポリマー1,08410
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration profile confirms monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.550, 86.540, 139.599
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Activin receptor type I


分子量: 34537.633 Da / 分子数: 1 / 変異: Q207D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVR1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q04771, receptor protein serine/threonine kinase

-
非ポリマー , 5種, 98分子

#2: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 化合物 ChemComp-5U6 / 4-[4-[(dimethylamino)methyl]-2,5-dimethoxy-phenyl]-2-methyl-2,7-naphthyridin-1-one / BI-9564


分子量: 353.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 10%(v/v) dioxane, 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月20日 / 詳細: Compound Refractive Lenses
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→28.44 Å / Num. obs: 45776 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 23.47 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.63→1.65 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.183 / Num. unique obs: 2239 / CC1/2: 0.442 / Rpim(I) all: 0.654 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
iMOSFLM7.2.2.データ削減
Aimless0.5.8データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H9R

3h9r


解像度: 1.63→28.44 Å / SU ML: 0.2538 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.9471
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2624 2240 4.95 %Random selection
Rwork0.2278 42974 --
obs0.2295 45214 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→28.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2300 0 72 88 2460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00322448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69293329
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.542350
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.670.51421410.49152633X-RAY DIFFRACTION99.18
1.67-1.70.47461460.4222656X-RAY DIFFRACTION99.68
1.7-1.750.40341380.38652675X-RAY DIFFRACTION99.68
1.75-1.790.33991370.3612616X-RAY DIFFRACTION99.53
1.79-1.850.38651330.32942662X-RAY DIFFRACTION99.36
1.85-1.910.30891360.29232662X-RAY DIFFRACTION99.71
1.91-1.970.28251270.27242678X-RAY DIFFRACTION99.82
1.97-2.050.29951680.24742638X-RAY DIFFRACTION99.72
2.05-2.150.30871220.2342689X-RAY DIFFRACTION99.61
2.15-2.260.24281490.22642659X-RAY DIFFRACTION99.33
2.26-2.40.27171390.22632686X-RAY DIFFRACTION99.72
2.4-2.590.31881390.22322687X-RAY DIFFRACTION99.82
2.59-2.850.24341470.22682692X-RAY DIFFRACTION99.82
2.85-3.260.24691540.22512712X-RAY DIFFRACTION99.97
3.26-4.10.23821220.18432769X-RAY DIFFRACTION100
4.1-28.440.19691420.18122860X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.016608992261.30948884261-0.3978567404045.046233590143.654102341284.054903427620.03031063433680.4960665831160.2708661923690.134424166862-0.05741583994080.281813530108-0.310139494407-0.50509915705-0.01109581085450.4989696094610.240876005329-0.05378984649830.7188165422170.09741991084490.37299834228-62.0874678853202.504029256157.629957539
24.48427304131-0.169462942702-0.4317297344153.33200496552-0.2564489893923.851742719370.0198051515821-0.2841496785850.008153172463430.119820361693-0.005289743336330.253593888885-0.536610221349-0.519637827675-0.006761402309760.2107798890410.0585462639316-0.003419641561530.2874721596660.0276244744970.175517622539-54.4770588036197.870319957166.974262737
32.16928079494-0.0796415662310.02585644465550.9486143646180.6361768197814.572952559820.02906110379370.08083602058790.144554374989-0.09266552594690.04757978519360.038115267818-0.7574137119130.357885287234-0.07054318789510.281737473011-0.0788783274413-0.005200112645720.2405981431520.02101564023810.20515433769-44.3140355877198.203965314158.143684898
42.02140186969-0.09973873176710.3023411663741.316747047110.2922946650074.118701617950.09324508908820.182491627963-0.265367952257-0.09729245427860.0462997376153-0.06866554419670.3782175850861.2548313601-0.04867338819680.2171538021230.0934955236255-0.02692316435710.502218406463-0.03271708493190.263039155859-37.7530473801186.377207109154.383014601
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 204 through 229 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 230 through 273 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 274 through 338 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 339 through 499 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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