[日本語] English
万見
- PDB-6tn6: X-ray structure of the endo-beta-1,4-mannanase from Thermotoga pe... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tn6
タイトルX-ray structure of the endo-beta-1,4-mannanase from Thermotoga petrophila
要素Mannan endo-1,4-beta-mannosidase. Glycosyl Hydrolase family 5
キーワードHYDROLASE / Mannanase / hyperthermophile
機能・相同性
機能・相同性情報


mannan endo-1,4-beta-mannosidase / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module 27 / Carbohydrate binding module 27 / Mannan endo-1,4-beta-mannosidase-like / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CARBONATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Mannan endo-1,4-beta-mannosidase. Glycosyl Hydrolase family 5
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga petrophila RKU-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者da Silva, V.M. / Squina, F.M. / Sperenca, M. / Martin, L. / Muniz, J.R.C. / Garcia, W. / Nicolet, Y.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2020
タイトル: High-resolution structure of a modular hyperthermostable endo-beta-1,4-mannanase from Thermotoga petrophila: The ancillary immunoglobulin-like module is a thermostabilizing domain.
著者: da Silva, V.M. / Cabral, A.D. / Speranca, M.A. / Squina, F.M. / Muniz, J.R.C. / Martin, L. / Nicolet, Y. / Garcia, W.
履歴
登録2019年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase. Glycosyl Hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,30221
ポリマ－73,8311
非ポリマー1,47120
水9,044502
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.710, 174.710, 174.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1475-

HOH

21A-1498-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Mannan endo-1,4-beta-mannosidase. Glycosyl Hydrolase family 5


分子量: 73830.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga petrophila RKU-1 (バクテリア)
遺伝子: Tpet_1542 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5IMX7, mannan endo-1,4-beta-mannosidase

-
非ポリマー , 10種, 522分子

#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Morpheus screen D12 condition

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→46.693 Å / Num. obs: 303865 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.67 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.043 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 23.26
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Num. unique obs: 11434 / CC1/2: 0.52

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXv1.15.2-3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PZ9

3pz9


解像度: 1.45→46.693 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 17.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1506 15209 5.01 %
Rwork0.1374 --
obs0.1381 155320 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.37 Å2 / Biso mean: 33.456 Å2 / Biso min: 15.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→46.693 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3773 0 208 504 4485
Biso mean--71.31 45.32 -
残基数----465
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4501-1.46660.31925020.3486940897
1.4666-1.48380.33975030.3268968199
1.4838-1.50190.31995070.3119957699
1.5019-1.52090.30545000.306952899
1.5209-1.54090.32665070.31389678100
1.5409-1.56210.29235140.2869734100
1.5621-1.58440.27325070.27659604100
1.5844-1.6080.29155120.25549709100
1.608-1.63320.25415070.2429629100
1.6332-1.65990.21785130.22649628100
1.6599-1.68860.24255060.212963399
1.6886-1.71930.22145060.20469592100
1.7193-1.75230.20475120.1891966899
1.7523-1.78810.19374970.1774956399
1.7881-1.8270.18315040.17329611100
1.827-1.86950.18875180.16549756100
1.8695-1.91620.17015020.15689624100
1.9162-1.9680.16255090.14619603100
1.968-2.0260.16475060.14019694100
2.026-2.09130.1585150.12719611100
2.0913-2.16610.15195110.1244962099
2.1661-2.25280.12295020.11499564100
2.2528-2.35530.12965030.11619696100
2.3553-2.47950.12845120.11019666100
2.4795-2.63490.11695050.10439635100
2.6349-2.83830.12425100.11269691100
2.8383-3.12380.13395040.1173957699
3.1238-3.57570.12135040.1129951098
3.5757-4.50450.10825050.10079640100
4.5045-46.6930.15575060.1407952898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7109-0.5587-0.89312.1167-0.13793.06420.07420.12060.0841-0.0383-0.05370.0379-0.0311-0.1194-0.03860.13830.00070.01950.1638-0.01220.185547.363585.8096105.2065
20.6585-0.2739-0.22260.67780.16680.3369-0.01340.00340.00050.0537-0.02020.00370.019-0.00160.03410.2077-0.00060.02260.198-0.02170.190150.6874.9822108.1497
34.14590.76970.79282.73660.51872.9019-0.0319-0.16260.20960.0796-0.0106-0.382-0.11090.34050.02820.23230.02760.05020.2325-0.02110.3382.733471.430993.3678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 84 )A30 - 84
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 85 through 408 )A85 - 408
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 409 through 494 )A409 - 494

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る