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- PDB-5zw9: Crystal structure of Pyridoxal kinase (PdxK) from Salmonella typh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zw9
タイトルCrystal structure of Pyridoxal kinase (PdxK) from Salmonella typhimurium
要素Pyridoxalkinase
キーワードTRANSFERASE / Pyridoxal kinase / bound phosphate / Salmonella typhimurium
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylpyrimidine kinase activity / pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / magnesium ion binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxine/pyridoxal/pyridoxamine kinase / Pyridoxine kinase / Pyridoxamine kinase/Phosphomethylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Pyridoxine/pyridoxal/pyridoxamine kinase / Pyridoxine/pyridoxal/pyridoxamine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella choleraesuis (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Deka, G. / Benazir, J.F. / Kalyani, J.N. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of BiotechnologyBT/ PR7021/BRB/10/1142/2012 インド
Department of Science and TechnologySR/S2/ JCB-12/2005/9.5.2006 インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional studies on Salmonella typhimurium pyridoxal kinase: the first structural evidence for the formation of Schiff base with the substrate.
著者: Deka, G. / Kalyani, J.N. / Jahangir, F.B. / Sabharwal, P. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2018年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxalkinase
B: Pyridoxalkinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8939
ポリマ－64,1272
非ポリマー7667
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area21890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.110, 72.890, 107.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 16 - 283 / Label seq-ID: 16 - 283

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pyridoxalkinase / PL kinase


分子量: 32063.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella choleraesuis (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: pdxK / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: A0A0M0PWM4, UniProt: A0A0F7J8S0*PLUS, pyridoxal kinase

-
非ポリマー , 6種, 170分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 4000, 10% 2-propanol, 100 mM HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→72.89 Å / Num. obs: 14688 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 2274 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.22 / Rrim(I) all: 0.53 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DDM

2ddm


解像度: 2.6→60.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 16.747 / SU ML: 0.341 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.433 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28923 730 5 %RANDOM
Rwork0.22375 ---
obs0.22697 13922 89.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.761 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2--3.53 Å2-0 Å2
3----3.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→60.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3881 0 49 163 4093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194067
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0381.9665552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01738946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.015534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.57424.459148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.70815618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1871516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8673.3382110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8673.3372109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5524.9962631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5524.9962632
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6973.4271957
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6963.4271957
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.2395.0952915
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.80126.694653
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.826.6954654
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS数: 2221 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 2.55 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 63 -
Rwork0.29 1075 -
obs--97.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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