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- PDB-3pf9: Crystal structure of the Lactobacillus johnsonii cinnamoyl estera... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pf9 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Lactobacillus johnsonii cinnamoyl esterase LJ0536 S106A mutant | ||||||
![]() | Cinnamoyl esterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold / esterase / cinnamoyl/feruloyl esterase / hydroxycinammates / extracellular | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases / hydrolase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Lai, K.K. / Vu, C. / Xu, X. / Cui, H. / Molloy, S. / Gonzalez, C.F. / Yakunin, A. / Savchenko, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: An Inserted alpha/beta Subdomain Shapes the Catalytic Pocket of Lactobacillus johnsonii Cinnamoyl Esterase Authors: Lai, K.K. / Stogios, P.J. / Vu, C. / Xu, X. / Cui, H. / Molloy, S. / Savchenko, A. / Yakunin, A. / Gonzalez, C.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 124.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 96.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3pf8C ![]() 3pfbC ![]() 3pfcC ![]() 3qm1C ![]() 3s2zC ![]() 3pfa C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 30010.502 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: S106A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: D3YEX6, Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases | ||
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#2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M calcium acetate, 9% PEG8K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS HTC / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 15, 2009 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. all: 26002 / Num. obs: 26002 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.4 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 37.87 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Crystal structure of the Lactobacillus johnsonii cinnamoyl esterase LJ0536 Resolution: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 5.133 / SU ML: 0.073 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.108 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.55 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.749→1.794 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: -0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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