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万見
- PDB-6tm4: NatL2 in complex with two molecules of salicylic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tm4
タイトルNatL2 in complex with two molecules of salicylic acid
要素(PaaK-like ligase (AMP-dependent synthetase and ...) x 2
キーワードLIGASE / phenyl acetate CoA ligase
機能・相同性ANL, N-terminal domain / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / ligase activity / nucleotide binding / metal ion binding / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / AMP-dependent synthetase and ligase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. Tu 6176 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Song, H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: The Biosynthesis of the Benzoxazole in Nataxazole Proceeds via an Unstable Ester and has Synthetic Utility.
著者: Song, H. / Rao, C. / Deng, Z. / Yu, Y. / Naismith, J.H.
履歴
登録2019年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: PaaK-like ligase (AMP-dependent synthetase and ligase)
BBB: PaaK-like ligase (AMP-dependent synthetase and ligase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,73011
ポリマ－96,6502
非ポリマー1,0799
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11400 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area32150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.460, 139.240, 129.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11BBB-661-

HOH

21BBB-692-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

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要素

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PaaK-like ligase (AMP-dependent synthetase and ... , 2種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 PaaK-like ligase (AMP-dependent synthetase and ligase) / Coenzyme F390 synthetase


分子量: 48289.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. Tu 6176 (バクテリア)
遺伝子: natL2, CF54_07380 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A022MRT4
#2: タンパク質 PaaK-like ligase (AMP-dependent synthetase and ligase) / Coenzyme F390 synthetase


分子量: 48360.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. Tu 6176 (バクテリア)
遺伝子: natL2, CF54_07380 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A022MRT4

-
非ポリマー , 5種, 169分子

#3: 化合物
ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M KSCN, 0.1 M sodium citrate pH 6, 24-32% PEG MME 2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→71.13 Å / Num. obs: 77807 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.628 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5703 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SIW

6siw


解像度: 1.89→71.128 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.202 / SU B: 10.773 / SU ML: 0.143 / Average fsc free: 0.8366 / Average fsc work: 0.8455 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.136 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2303 3811 4.9 %
Rwork0.1978 73962 -
all0.199 --
obs-77773 99.949 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 47.313 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.732 Å20 Å20 Å2
2--3.626 Å20 Å2
3----0.894 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→71.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6727 0 67 160 6954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0136958
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0176440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.6669490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3061.57314836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9745858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.43719.742388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.626151076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4461577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021585
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.21270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.180.26053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1610.23316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.23174
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0560.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.180.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2180.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2050.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7952.8313444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7922.833443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7344.2364298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7344.2374299
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1963.083514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1953.083513
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4784.5185192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4784.5185193
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.32232.4627546
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.32332.4067529
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0950.0512963
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.89-1.9390.3752720.34854260.3556990.4150.44999.98250.328
1.939-1.9920.3142910.32852520.32755450.5530.51799.96390.305
1.992-2.050.2982840.29151240.29154090.7650.75399.98150.263
2.05-2.1130.2832380.26450190.26552570.8310.8271000.235
2.113-2.1820.2972820.24747900.2550750.8430.85799.94090.22
2.182-2.2590.2682270.22647230.22749510.8650.88999.97980.2
2.259-2.3440.252230.2145230.21247470.9060.91799.97890.187
2.344-2.4390.2532460.20743650.20946120.9170.92199.97830.186
2.439-2.5480.2611990.20141680.20343700.9180.93499.93140.18
2.548-2.6720.2242380.20240000.20342410.930.93599.92930.184
2.672-2.8160.2452030.19837880.239910.9190.9381000.186
2.816-2.9870.2471850.20536300.20738170.9220.93499.94760.201
2.987-3.1930.2511560.21334340.21535910.9210.93399.97220.211
3.193-3.4480.2141400.231830.20133270.9450.95299.87980.206
3.448-3.7760.2271590.18629360.18830950.9410.9551000.198
3.776-4.220.21420.16526670.16728130.9590.96599.85780.19
4.22-4.870.178990.14823970.14924970.9690.97499.960.178
4.87-5.9580.206960.16820150.16921140.9580.96699.85810.203
5.958-8.3960.169860.15715850.15716750.970.97199.76120.196
8.396-71.1280.183450.1769370.1779860.9750.9799.59430.229
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1214-0.20070.42870.8580.41772.34420.0694-0.3842-0.43820.11730.0919-0.00880.5452-0.177-0.16130.1326-0.0412-0.03670.15670.1670.2021-31.2548-24.1558-13.5355
22.1166-0.59060.03120.74720.1171.3540.02710.11350.0442-0.2015-0.0113-0.0723-0.10310.1079-0.01580.1206-0.0313-0.01740.02730.01070.0391-26.1609-8.9329-42.3715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA*4 - 601
2X-RAY DIFFRACTION2ALLB*0 - 801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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