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万見
- PDB-6tl0: Solution structure and 1H, 13C and 15N chemical shift assignments... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tl0
タイトルSolution structure and 1H, 13C and 15N chemical shift assignments for the complex of VPS29 with VARP 687-747
要素
  • Ankyrin repeat domain-containing protein 27
  • Vacuolar protein sorting-associated protein 29
キーワードINTRACELLULAR VESICLE TRAFFICKING / VARP / retromer / NMR complex structure / Zinc finger / endosome
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of SNARE complex assembly / WNT ligand biogenesis and trafficking / tubular endosome / retromer, cargo-selective complex / endosome to melanosome transport / Golgi to vacuole transport / retromer complex / early endosome to late endosome transport / positive regulation of dendrite morphogenesis / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs ...negative regulation of SNARE complex assembly / WNT ligand biogenesis and trafficking / tubular endosome / retromer, cargo-selective complex / endosome to melanosome transport / Golgi to vacuole transport / retromer complex / early endosome to late endosome transport / positive regulation of dendrite morphogenesis / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / neuron projection morphogenesis / transport vesicle / GTPase activator activity / cytoplasmic vesicle membrane / guanyl-nucleotide exchange factor activity / SNARE binding / positive regulation of neuron projection development / small GTPase binding / melanosome / late endosome / protein transport / early endosome / neuron projection / endosome membrane / lysosome / intracellular membrane-bounded organelle / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 / Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain ...: / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 / Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / Metallo-dependent phosphatase-like / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ankyrin repeat domain-containing protein 27 / Vacuolar protein sorting-associated protein 29
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Owen, D.J. / Neuhaus, D. / Yang, J.-C. / Crawley-Snowdon, H.
資金援助 英国, カナダ, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)U105178934 英国
Wellcome Trust090909/Z/09/Z 英国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RES0043758 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RES0046091 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Mechanism and evolution of the Zn-fingernail required for interaction of VARP with VPS29.
著者: Crawley-Snowdon, H. / Yang, J.C. / Zaccai, N.R. / Davis, L.J. / Wartosch, L. / Herman, E.K. / Bright, N.A. / Swarbrick, J.S. / Collins, B.M. / Jackson, L.P. / Seaman, M.N.J. / Luzio, J.P. / ...著者: Crawley-Snowdon, H. / Yang, J.C. / Zaccai, N.R. / Davis, L.J. / Wartosch, L. / Herman, E.K. / Bright, N.A. / Swarbrick, J.S. / Collins, B.M. / Jackson, L.P. / Seaman, M.N.J. / Luzio, J.P. / Dacks, J.B. / Neuhaus, D. / Owen, D.J.
履歴
登録2019年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
B: Ankyrin repeat domain-containing protein 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0123
ポリマ－27,9472
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area660 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16080 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Vesicle protein sorting 29


分子量: 21626.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vps29 / プラスミド: pGEXVPS29 / 詳細 (発現宿主): cDNA Cloned EcoRI into pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q9QZ88
#2: タンパク質 Ankyrin repeat domain-containing protein 27 / VPS9 domain-containing protein


分子量: 6319.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANKRD27, PP12899 / プラスミド: pGEXVARPfingernail2 / 詳細 (発現宿主): cDNA clone BamHI/NotI pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q96NW4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic32D 1H-15N HSQC
121isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic constant-time
151isotropic32D 1H-1H NOESY (150ms mixing time) filtered to reject 13C-1 and 15N-coupled 1H in F1 and to accept 13C- and 15N-coupled 1H in F2
1151isotropic33D HNCA
1141isotropic33D HN(CO)CA
1131isotropic33D CBCANH
1121isotropic33D CBCA(CO)NH
1111isotropic33D HBHA(CO)NH
1101isotropic33D (H)CCH-TOCSY [1H-13C-1H]
191isotropic33D (H)CCH-TOCSY [13C-13C-1H]
181isotropic33D 15N NOESY-HSQC (150ms mixing time)
171isotropic33D 13C NOESY-HSQC aliphatic (150ms mixing time)
161isotropic33D 13C NOESY-HSQC aromatic (150ms mixing time)
1192isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1182isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1172isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic constant-time
1162isotropic12D 1H-1H NOESY (150ms mixing time) filtered to reject 13C-1 and 15N-coupled 1H in F1 and to accept 13C- and 15N-coupled 1H in F2
1202isotropic12D 1H-1H NOESY (70ms mixing time) filtered to reject 13C-1 and 15N-coupled 1H in F1 and to accept 13C- and 15N-coupled 1H in F2
1292isotropic33D (H)CCH-TOCSY [13C-13C-1H]
1282isotropic13D 13C NOESY-HSQC (50ms mixing time) aliphatic
1272isotropic13D 13C NOESY-HSQC (120ms mixing time) aliphatic
1262isotropic13D 13C NOESY-HSQC (50ms mixing time) aromatic
1252isotropic13D 13C NOESY-HSQC (120ms mixing time) aromatic
1242isotropic13D 13C NOESY-HSQC (50ms mixing time) aliphatic, filtered to reject 13C-1 and 15N-coupled 1H in F1
1232isotropic13D 13C NOESY-HSQC (120ms mixing time) aliphatic, filtered to reject 13C-1 and 15N-coupled 1H in F1
1222isotropic13D 13C NOESY-HSQC (50ms mixing time) aromatic, filtered to reject 13C-1 and 15N-coupled 1H in F1
1212isotropic13D 13C NOESY-HSQC (120ms mixing time) aromatic, filtered to reject 13C-1 and 15N-coupled 1H in F1
1303isotropic32D 1H-15N HSQC
2313isotropic32D 1H-15N HSQC
3323isotropic32D 1H-15N HSQC
1333isotropic32D 1H-13C HSQC
1343isotropic33D CBCA(CO)NH
1353isotropic33D HNCA
1363isotropic33D HN(CO)CA
1373isotropic33D HBHA(CO)NH
1383isotropic33D HNHA
1393isotropic33D (H)CCH-TOCSY [1H-13C-1H]
1403isotropic33D (H)CCH-TOCSY [13C-13C-1H]
1413isotropic33D 1H-15N NOESY-HSQC (70ms mixing time)
1423isotropic33D 1H-15N NOESY-HSQC (150ms mixing time)
2433isotropic33D 1H-15N NOESY-HSQC (50ms mixing time)
3443isotropic13D 1H-15N NOESY-HSQC (50ms mixing time)
1453isotropic33D 1H-13C NOESY (70ms mixing time) aliphatic
1464isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1474isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1484isotropic33D (H)CCH-TOCSY [1H-13C-1H]
1494isotropic33D (H)CCH-TOCSY [13C-13C-1H]
1504isotropic33D 13C NOESY-HSQC aliphatic (50ms mixing time)
1514isotropic13D 13C NOESY-HSQC aliphatic (70ms mixing time)
1524isotropic13D 13C NOESY-HSQC aliphatic (120ms mixing time)
1534isotropic33D 13C NOESY-HSQC aromatic (70ms mixing time)
1542isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic constant-time

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.45 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] VPS29, 0.45 mM VARP 692-746, 20 mM [U-2H] TRIS, 200 mM sodium chloride, 1 mM [U-2H] DTT, 95% H2O/5% D2OH2O sample of 15N,13C-labelled VSP29 with natural abundance VARP 692-746 in 1:1 ratioH2O_sample_labelled_VPS29_unlabelled_VARP95% H2O/5% D2O
solution20.45 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] VPS29, 0.45 mM VARP 692-746, 20 mM [U-2H] TRIS, 200 mM sodium chloride, 1 mM [U-2H] DTT, 100% D2OD2O sample of 15N,13C-labelled VSP29 with natural abundance VARP 692-746 in 1:1 ratioD2O_sample_labelled_VPS29_unlabelled_VARP100% D2O
solution30.45 mM VPS29, 0.45 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] VARP 692-746, 20 mM [U-2H] TRIS, 200 mM sodium chloride, 1 mM [U-2H] DTT, 95% H2O/5% D2OH2O sample of natural abundance VSP29 with 15N,13C-labelled VARP 692-746 in 1:1 ratioH2O_sample_unlabelled_VPS29_labelled_VARP95% H2O/5% D2O
solution40.45 mM VPS29, 0.45 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] VARP 692-746, 20 mM [U-2H] TRIS, 200 mM sodium chloride, 1 mM [U-2H] DTT, 100% D2OD2O sample of natural abundance VSP29 with 15N,13C-labelled VARP 692-746 in 1:1 ratioD2O_sample_unlabelled_VPS29_labelled_VARP100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.45 mMVPS29[U-98% 13C; U-98% 15N]1
0.45 mMVARP 692-746natural abundance1
20 mMTRIS[U-2H]1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMDTT[U-2H]1
0.45 mMVPS29[U-98% 13C; U-98% 15N]2
0.45 mMVARP 692-746natural abundance2
20 mMTRIS[U-2H]2
200 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMDTT[U-2H]2
0.45 mMVPS29natural abundance3
0.45 mMVARP 692-746[U-98% 13C; U-98% 15N]3
20 mMTRIS[U-2H]3
200 mMsodium chloridenatural abundance3
1 mMDTT[U-2H]3
0.45 mMVPS29natural abundance4
0.45 mMVARP 692-746[U-98% 13C; U-98% 15N]4
20 mMTRIS[U-2H]4
200 mMsodium chloridenatural abundance4
1 mMDTT[U-2H]4
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1200 mMconditions_171 atm298 K
2200 mMconditions_271 atm283 K
3200 mMconditions_371 atm275 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
X-PLOR NIH2.28Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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