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- PDB-6tkc: ChiLob 7/4 H2 HC-C225S F(ab')2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tkc
タイトルChiLob 7/4 H2 HC-C225S F(ab')2
要素
  • Chilob 7/4 H2 heavy chain C225S
  • Chilob 7/4 H2 kappa chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ----
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Orr, C.M. / Fisher, H. / Tews, I.
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2022
タイトル: Hinge disulfides in human IgG2 CD40 antibodies modulate receptor signaling by regulation of conformation and flexibility.
著者: Orr, C.M. / Fisher, H. / Yu, X. / Chan, C.H. / Gao, Y. / Duriez, P.J. / Booth, S.G. / Elliott, I. / Inzhelevskaya, T. / Mockridge, I. / Penfold, C.A. / Wagner, A. / Glennie, M.J. / White, A.L. ...著者: Orr, C.M. / Fisher, H. / Yu, X. / Chan, C.H. / Gao, Y. / Duriez, P.J. / Booth, S.G. / Elliott, I. / Inzhelevskaya, T. / Mockridge, I. / Penfold, C.A. / Wagner, A. / Glennie, M.J. / White, A.L. / Essex, J.W. / Pearson, A.R. / Cragg, M.S. / Tews, I.
履歴
登録2019年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / database_2
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
HHH: Chilob 7/4 H2 heavy chain C225S
LLL: Chilob 7/4 H2 kappa chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5632
ポリマ－48,5632
非ポリマー00
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration, mass spectrometry, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.421, 149.421, 45.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: 抗体 Chilob 7/4 H2 heavy chain C225S


分子量: 25099.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Chilob 7/4 H2 kappa chain


分子量: 23463.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 4000, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.755 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.755 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→129.4 Å / Num. obs: 24537 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 40.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 34.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 2058 / CC1/2: 0.85 / Rpim(I) all: 0.154 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→74.823 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.255 / WRfactor Rwork: 0.194 / Average fsc free: 0.9083 / Average fsc work: 0.9264 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.218 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 1193 4.862 %
Rwork0.1834 23343 -
all0.186 --
obs-24536 93.307 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.852 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.279 Å2-0.14 Å20 Å2
2---0.279 Å20 Å2
3---0.906 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→74.823 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3243 0 0 239 3482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0370.0172928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.6474544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.471.576850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7145425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.78924.058138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.52215530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.074158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02655
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2190.22715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.21521
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.21436
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2430.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0980.25
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1530.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1574.6331709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1534.6311708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0216.9242131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.026.9282132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.65.1211625
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5975.1191624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8477.4692413
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.8437.472413
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.18953.6893507
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.13453.4583454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.286900.2381515X-RAY DIFFRACTION84.6073
2.36-2.4240.256620.2411535X-RAY DIFFRACTION84.7665
2.424-2.4950.266810.2161533X-RAY DIFFRACTION88.5354
2.495-2.5710.242830.2171497X-RAY DIFFRACTION88.764
2.571-2.6560.301700.2171466X-RAY DIFFRACTION88.5813
2.656-2.7490.37510.2231459X-RAY DIFFRACTION90.9091
2.749-2.8530.25870.2141402X-RAY DIFFRACTION92.3697
2.853-2.9690.259760.1981341X-RAY DIFFRACTION92.6749
2.969-3.1010.274750.1941337X-RAY DIFFRACTION94.8925
3.101-3.2520.216620.1951323X-RAY DIFFRACTION94.928
3.252-3.4280.272700.1951244X-RAY DIFFRACTION98.7228
3.428-3.6360.253560.1951230X-RAY DIFFRACTION98.6196
3.636-3.8870.211650.1731137X-RAY DIFFRACTION100
3.887-4.1980.205630.1751071X-RAY DIFFRACTION100
4.198-4.5980.218520.1411006X-RAY DIFFRACTION100
4.598-5.140.236390.136907X-RAY DIFFRACTION100
5.14-5.9330.176450.147785X-RAY DIFFRACTION100
5.933-7.2630.251490.188667X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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