PDB-6tkb: ChiLob 7/4 H2 HC-C224S F(ab')2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tkb

タイトル

ChiLob 7/4 H2 HC-C224S F(ab')2

要素

Chilob 7/4 H2 heavy chain C224S
Chilob 7/4 H2 kappa chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunology / antibody / igg / igg2

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Orr, C.M. / Fisher, H. / Tews, I.

引用

ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2022
タイトル: Hinge disulfides in human IgG2 CD40 antibodies modulate receptor signaling by regulation of conformation and flexibility.
著者: Orr, C.M. / Fisher, H. / Yu, X. / Chan, C.H. / Gao, Y. / Duriez, P.J. / Booth, S.G. / Elliott, I. / Inzhelevskaya, T. / Mockridge, I. / Penfold, C.A. / Wagner, A. / Glennie, M.J. / White, A.L. ...

履歴

登録	2019年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tkb.cif.gz	320.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tkb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tkb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tkcC 6tkdC 6tkeC 6tkfC 6faxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lgh-d 4odu-1 6tkb-2 2f5a-d 1kcs-d 2ak1-d 5k8a-2 1dqd-d 6gc2-d 5tpl-d 6amj-2 1dqq-1 4kvc-d 4k23-d 5l7x-d 5bk5-4 5v7r-d 3ls5-d 6y1l-d 6rlm-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

HHH: Chilob 7/4 H2 heavy chain C224S

LLL: Chilob 7/4 H2 kappa chain

III: Chilob 7/4 H2 heavy chain C224S

MMM: Chilob 7/4 H2 kappa chain

97.1 kDa, 4 ポリマー
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1

HHH: Chilob 7/4 H2 heavy chain C224S

LLL: Chilob 7/4 H2 kappa chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, mass spectrometry, gel filtration, native gel electrophoresis
48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

III: Chilob 7/4 H2 heavy chain C224S

MMM: Chilob 7/4 H2 kappa chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.758, 95.191, 150.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Chilob 7/4 H2 heavy chain C224S 分子量: 25099.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Chilob 7/4 H2 kappa chain 分子量: 23463.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.75 % / 解説: irregular rod with central needle
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 8000, cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.8 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.641 Å / Num. obs: 76835 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 29.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 25.3
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4462 / CC_1/2: 0.775 / R_pim(I) all: 0.342

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FAX

6fax

解像度: 2→47.641 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.15 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2291	3619	4.952 %
R_work	0.1823	-	-
all	0.185	-	-
obs	-	73078	99.701 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.678 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.185 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.477 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.292 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.641 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6703	0	0	457	7160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	6867
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	6055
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.615	1.647	9345
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.434	1.571	14183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.338	5	873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.483	23.776	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.818	15	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.145	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7669
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	5544
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	3302
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2923
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.11	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.718	4.391	3504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.718	4.39	3503
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.042	6.563	4373
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.041	6.565	4374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.425	4.815	3363
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.411	4.814	3362
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.493	7.031	4972
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.493	7.031	4972
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.335	51.022	7401
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.32	50.886	7316

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.301	250	0.249	5085	X-RAY DIFFRACTION	99.7942
2.052-2.108	0.279	275	0.233	4937	X-RAY DIFFRACTION	99.7321
2.108-2.169	0.29	289	0.226	4735	X-RAY DIFFRACTION	99.2297
2.169-2.236	0.269	234	0.211	4706	X-RAY DIFFRACTION	99.9393
2.236-2.309	0.272	199	0.202	4577	X-RAY DIFFRACTION	99.8536
2.309-2.39	0.255	225	0.189	4402	X-RAY DIFFRACTION	99.5482
2.39-2.48	0.253	237	0.192	4216	X-RAY DIFFRACTION	99.6197
2.48-2.582	0.229	215	0.187	4127	X-RAY DIFFRACTION	99.885
2.582-2.697	0.224	171	0.183	3938	X-RAY DIFFRACTION	99.8057
2.697-2.828	0.269	209	0.195	3740	X-RAY DIFFRACTION	99.7222
2.828-2.981	0.268	190	0.197	3582	X-RAY DIFFRACTION	99.4201
2.981-3.162	0.247	181	0.192	3392	X-RAY DIFFRACTION	100
3.162-3.38	0.259	176	0.199	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.651	0.226	157	0.191	2984	X-RAY DIFFRACTION	99.7143
3.651-3.999	0.206	116	0.181	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.5199
3.999-4.47	0.181	150	0.148	2499	X-RAY DIFFRACTION	99.8869
4.47-5.161	0.187	112	0.139	2234	X-RAY DIFFRACTION	100
5.161-6.319	0.216	91	0.164	1936	X-RAY DIFFRACTION	100
6.319-8.929	0.236	83	0.166	1497	X-RAY DIFFRACTION	99.5589
8.929-47.641	0.168	59	0.166	872	X-RAY DIFFRACTION	99.2537

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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