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- PDB-6tj0: Crystal structure of the bacterial cellulose secretion regulator ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tj0
タイトルCrystal structure of the bacterial cellulose secretion regulator BcsE, residues 217-523, with bound c-di-GMP.
要素Bacterial cellulose synthesis subunit E
キーワードSIGNALING PROTEIN / Bacterial biofilms / Bacterial cellulose / Bacterial secretion system / c-di-GMP binding protein / GIL domain
機能・相同性Cellulose biosynthesis protein BcsE / Cellulose biosynthesis protein BcsE / cellulose biosynthetic process / cyclic-di-GMP binding / Chem-C2E / Cyclic di-GMP binding protein BcsE
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zouhir, S. / Abidi, W. / Krasteva, P.V.
資金援助5件
組織認可番号国
European Research Council
Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC)
European Institute of Chemistry and Biology (IECB)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
ATIP-Avenir starting grant
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structure and Multitasking of the c-di-GMP-Sensing Cellulose Secretion Regulator BcsE.
著者: Zouhir, S. / Abidi, W. / Caleechurn, M. / Krasteva, P.V.
履歴
登録2019年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / struct
Item: _audit_author.name / _citation.year ..._audit_author.name / _citation.year / _citation_author.name / _struct.title
改定 1.22020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterial cellulose synthesis subunit E
B: Bacterial cellulose synthesis subunit E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4465
ポリマ－70,5722
非ポリマー8753
水2,702150
1
A: Bacterial cellulose synthesis subunit E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3782
ポリマ－35,2861
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bacterial cellulose synthesis subunit E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0683
ポリマ－35,2861
非ポリマー7832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.510, 112.510, 106.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Bacterial cellulose synthesis subunit E / Cellulose biosynthesis protein BcsE


分子量: 35285.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PURIFIED,UNTAGGED BCSE217-523 SELENOMETHIONINE-DERIVATIZED PROTEIN CRYSTALLIZED IN THE PRESENCE OF C-DI-GMP
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: bcsE, yhjS, b3536, JW3504 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37657
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid pH6, 0.2M Magnesium chloride, 4% PEG 4000, 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97911, 0.97927
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979111
20.979271
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 66468 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.13 % / Biso Wilson estimate: 50.37 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.217 / Net I/σ(I): 9.11
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 10635 / CC1/2: 0.458 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PHENIXAUTOBUILDモデル構築
BUCCANEERモデル構築
PHASERv2.5.7位相決定
HKL2MapVersion 2016位相決定
XDSVERSION Nov 1, 2016data processing
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→49.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.223 / SU Rfree Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.183
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1759 5.01 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 35118 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.616 Å20 Å20 Å2
2--2.616 Å20 Å2
3----5.2321 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→49.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4091 0 58 150 4299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094272HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.055840HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1517SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes112HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes639HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4272HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.34
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion560SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4866SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 141 5.02 %
Rwork0.2528 2669 -
all0.2526 2810 -
obs--99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30510.7311-0.24642.8716-0.63590.4127-0.0311-0.0215-0.04830.13170.0345-0.04010.03490.0302-0.0034-0.22740.0296-0.0231-0.26460.00810.358844.7542134.278126.83
20.3312-0.7890.23323.9674-0.69540.23160.01550.11220.025-0.0034-0.0394-0.20780.02180.06160.0238-0.2969-0.0089-0.0014-0.2985-0.0030.387642.470987.7611111.135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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