PDB-6th7: Structure of porcine pancreatic elastase in complex with tutuilamide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6th7

タイトル

Structure of porcine pancreatic elastase in complex with tutuilamide

要素

(Tutuilamide) x 2
Chymotrypsin-like elastase family member 1

キーワード

HYDROLASE / elastase / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)
Synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Tutuilamides A-C: Vinyl-Chloride-Containing Cyclodepsipeptides from Marine Cyanobacteria with Potent Elastase Inhibitory Properties.
著者: Keller, L. / Canuto, K.M. / Liu, C. / Suzuki, B.M. / Almaliti, J. / Sikandar, A. / Naman, C.B. / Glukhov, E. / Luo, D. / Duggan, B.M. / Luesch, H. / Koehnke, J. / O'Donoghue, A.J. / Gerwick, W.H.

履歴

登録	2019年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2022年12月28日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / database_PDB_caveat / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_caveat.text / _entity_src_nat.common_name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 3.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.1	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 4.0	2024年5月1日	Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 5.0	2024年6月26日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id / _struct_mon_prot_cis.label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 6.0	2024年7月10日	Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6th7.cif.gz	350.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6th7.ent.gz	238.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6th7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/6th7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/6th7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lvyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1h9l-d 2a7j-d 2foe-d 1gwa-d 3hgp-d 2foa-d 6qen-d 1hv7-d 3mu8-d 2bd4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Chymotrypsin-like elastase family member 1

B: Chymotrypsin-like elastase family member 1

C: Tutuilamide

D: Tutuilamide

ヘテロ分子

54 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chymotrypsin-like elastase family member 1

C: Tutuilamide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chymotrypsin-like elastase family member 1

D: Tutuilamide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.258, 99.114, 117.034
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Chymotrypsin-like elastase family member 1 / Elastase-1 分子量: 25929.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: タンパク質・ペプチド	Tutuilamide 分子量: 1011.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド	Tutuilamide 分子量: 1011.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0sodium acetate, tri-sodium citrate, ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→75.64 Å / Num. obs: 36608 / % possible obs: 99.01 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 30.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.1015 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / Num. unique obs: 5124 / CC_1/2: 0.507

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LVY

1lvy

解像度: 2.2→36.3 Å / SU ML: 0.2884 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2014
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2443	1784	4.88 %
R_work	0.2003	34742	-
obs	0.2025	36526	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3643	0	146	280	4069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	3873
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0892	5298
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0593	598
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	681
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.0111	2161

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.3742	113	0.3228	2536	X-RAY DIFFRACTION	95.84
2.26-2.33	0.3653	132	0.2973	2609	X-RAY DIFFRACTION	98.21
2.33-2.4	0.3392	123	0.2854	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.4-2.49	0.3343	124	0.2602	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.49-2.59	0.2964	125	0.2484	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.59-2.7	0.2855	150	0.2399	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.7-2.85	0.2576	147	0.2259	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.85-3.02	0.2316	131	0.2201	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.02-3.26	0.2873	141	0.2128	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.26-3.59	0.2644	129	0.1778	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.59-4.1	0.2017	140	0.1548	2696	X-RAY DIFFRACTION	98.99
4.1-5.17	0.1751	146	0.1348	2708	X-RAY DIFFRACTION	98.45
5.17-36.3	0.1978	183	0.1839	2802	X-RAY DIFFRACTION	98.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.06954436319	0.258343120101	2.72882074609	2.96026335431	-0.172797641502	2.51864481845	0.104197740877	-0.0589597436828	-0.100418959927	0.244866186364	-0.0933984982291	0.212289886549	0.185186807541	-0.164861960316	0.00837668159614	0.159267542895	-0.0551428449504	0.0725197195348	0.236451390056	0.00557132815081	0.17474100833	-17.6270599103	11.859753708	2.29856789218
2	6.84531894244	3.8314423339	-4.56345021234	5.20527773733	-2.83738215261	3.22527174432	0.141984520011	-0.147555352455	0.456339940605	0.469029823847	0.266353413879	-0.0281194259066	-0.35482511342	0.117802928684	-0.339535949057	0.234784920581	0.104625587989	-0.0657031263114	0.320332146622	-0.0348763291524	0.237996636158	-13.0499546822	20.9702146427	6.63666466995
3	1.80611477781	0.430788901018	0.446815604655	1.0843998533	0.0672093215653	1.53735222196	0.0685501309127	0.0905074246027	-0.111752025115	0.0541882276839	0.0726919507878	-0.0446686643379	0.147116192264	0.0569543024962	-0.127957200001	0.139065831781	0.0401788214655	0.00205606871912	0.189360003623	-0.00581316513289	0.174617443589	-11.6148722612	12.4054151585	-0.756526096205
4	3.33416568062	4.14715089084	-2.14529666041	8.51528941393	-2.9168415874	6.58559850822	0.468263080837	-0.0395798286077	0.153418022911	0.0778077007122	-0.0127602798791	0.752363564134	-0.0423729087925	-0.850857367932	-0.249831972501	0.087176564928	0.0874630939992	0.0261295136764	0.227014566845	-0.0381259326467	0.172994319198	-28.5467290014	18.4351840046	-3.56700112529
5	1.86100081299	-0.0661562532391	0.202091413485	2.3104145567	0.0110376037784	2.90297646286	0.0446302448467	0.353053899466	0.0525873584538	-0.184220503847	-0.00564775503691	-0.0224234688438	0.0644228483032	0.104764543556	-0.0358290138781	0.169686716413	0.00932302788007	-0.0111430892398	0.29105103113	0.00867057730633	0.165042249839	-14.4662991691	16.5275514732	-15.2715577727
6	4.03049773737	-4.07562144696	3.37652696912	4.97920145587	-4.62184388853	7.63493847456	0.108068360411	0.431035223713	0.0884646732506	-0.0261101127215	-0.223774449788	-0.151117745794	-0.029769895428	0.58499615606	0.112262711692	0.133175299604	-0.0662634168644	0.0293093967142	0.143167656502	-0.041976709667	0.162766288729	-8.80774117728	18.9204339615	-9.0950356502
7	4.23752607608	0.736844557626	0.814055409909	5.49959617629	-0.428190566756	4.71161227107	0.0286809573523	-0.00475559785829	-0.640312941608	0.0125770453804	0.0164590095741	-0.646718527795	0.390652437604	0.54304064176	-0.0797443754688	0.209054243879	0.0521295030771	-0.00702523517624	0.300658468173	0.0189658061726	0.303552204727	-14.0831188044	-20.2479532691	-27.0888650206
8	3.7987674538	0.767306948414	0.0968309259419	3.46222511278	-0.251668202866	3.57709889128	-0.0273025848555	0.0908351820637	-0.474410193399	0.16831983232	-0.14817331088	-0.472177172228	0.557641018789	0.413161590444	0.187433825664	0.323927833176	0.0716967233048	0.0067646888086	0.320580559424	0.00857364811853	0.270648568998	-16.9684461851	-22.2015899231	-23.8581714878
9	5.93908138359	0.0289667279461	1.68402412782	7.30781630753	0.940791964407	0.930872177114	0.291089910877	-0.35713492395	0.622659929025	0.326176838096	-0.287041694284	0.416834791911	-0.353472197623	-0.16324158159	0.0325120354618	0.293914081131	0.0105020914465	-0.0429028421732	0.372048605295	-0.0810482511295	0.176611015212	-24.8331808939	-5.19240452983	-17.486552757
10	3.21798975457	-0.215474217892	-0.0946311397749	2.35069125605	-0.307528121153	3.6673879916	-0.0453612675579	-0.06054171351	0.195807383892	0.129311875075	-0.0633859940564	-0.189082146895	-0.32562633839	0.228458795654	0.0994921000205	0.240775520753	-0.0339957640974	-0.0321606990494	0.263160551603	-0.0562993651747	0.183284441532	-20.3818546405	-4.0155820263	-30.4429046508
11	2.41023672864	-0.163362364933	-0.709365914546	3.50239097328	-0.914385395757	3.10221377441	0.0960702315301	0.0580793416541	0.107171559085	0.262347036909	-0.151606851514	0.0299898813188	-0.213768603895	-0.197847553331	0.051007020707	0.321076975396	0.00246139743341	-0.0499027875526	0.298517605487	-0.091982424497	0.215655539927	-25.4620726863	-5.96338064796	-29.643640133
12	2.23576476795	-0.0619294586684	-1.35418213386	3.01303241923	-0.0953062387533	0.87144364164	-0.11690775734	-0.453382065903	0.177242333367	0.393757760241	0.0384891259455	-0.317340985823	-0.549848991203	0.4169666507	0.172282609477	0.33322379087	-0.00725240846895	-0.0481778617885	0.378577623113	-0.0637326206792	0.2501684869	-21.8339503659	-8.43443903827	-18.0427646457
13	2.18713398339	1.83021624184	-1.37011175393	6.32483975673	-3.74312668451	5.60122228964	-0.015168879126	-0.266607951922	-0.0304819505883	0.215721748606	-0.14024195669	0.0273229724156	0.168054536337	-0.252379926142	0.115016445642	0.230101100132	-0.0263677861869	-0.00878344185443	0.412185901428	-0.0703506942042	0.180043875529	-27.5621090092	-13.1907750369	-25.5668215399

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 68 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 83 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 157 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 158 through 171 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 172 through 234 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 235 through 266 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 27 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 140 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 141 through 157 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 158 through 190 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 191 through 216 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 217 through 234 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 235 through 266 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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