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- PDB-6th2: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with CTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6th2
タイトルCrystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with CTP
要素Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
キーワードLIGASE / CoaBC / bifunctional Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate-cysteine ligase / phosphopantothenate-cysteine ligase / Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenoylcysteine synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein, C-terminal / CoaB-like superfamily / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein C-terminal domain / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.844 Å
データ登録者Mendes, V. / Blaszczyk, M. / Bryant, O. / Cory-Wright, J. / Blundell, T.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Inhibiting Mycobacterium tuberculosis CoaBC by targeting an allosteric site.
著者: Mendes, V. / Green, S.R. / Evans, J.C. / Hess, J. / Blaszczyk, M. / Spry, C. / Bryant, O. / Cory-Wright, J. / Chan, D.S. / Torres, P.H.M. / Wang, Z. / Nahiyaan, N. / O'Neill, S. / Damerow, S. ...著者: Mendes, V. / Green, S.R. / Evans, J.C. / Hess, J. / Blaszczyk, M. / Spry, C. / Bryant, O. / Cory-Wright, J. / Chan, D.S. / Torres, P.H.M. / Wang, Z. / Nahiyaan, N. / O'Neill, S. / Damerow, S. / Post, J. / Bayliss, T. / Lynch, S.L. / Coyne, A.G. / Ray, P.C. / Abell, C. / Rhee, K.Y. / Boshoff, H.I.M. / Barry, C.E. / Mizrahi, V. / Wyatt, P.G. / Blundell, T.L.
履歴
登録2019年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
B: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
C: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
D: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,26521
ポリマ－99,0964
非ポリマー3,16917
水11,115617
1
A: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
B: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,10310
ポリマ－49,5482
非ポリマー1,5558
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
2
C: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
D: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,16211
ポリマ－49,5482
非ポリマー1,6149
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.502, 76.837, 149.055
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 184 through 190 or (resid 191...
21(chain B and (resid 184 through 215 or (resid 216...
31(chain C and (resid 184 through 190 or (resid 191...
41(chain D and (resid 184 through 190 or (resid 191...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISVALVAL(chain A and (resid 184 through 190 or (resid 191...AA184 - 1907 - 13
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 184 through 190 or (resid 191...AA19114
13HISHISGLNGLN(chain A and (resid 184 through 190 or (resid 191...AA184 - 4127 - 235
14HISHISGLNGLN(chain A and (resid 184 through 190 or (resid 191...AA184 - 4127 - 235
15HISHISGLNGLN(chain A and (resid 184 through 190 or (resid 191...AA184 - 4127 - 235
16HISHISGLNGLN(chain A and (resid 184 through 190 or (resid 191...AA184 - 4127 - 235
17HISHISGLNGLN(chain A and (resid 184 through 190 or (resid 191...AA184 - 4127 - 235
18HISHISGLNGLN(chain A and (resid 184 through 190 or (resid 191...AA184 - 4127 - 235
21HISHISGLYGLY(chain B and (resid 184 through 215 or (resid 216...BB184 - 2157 - 38
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 184 through 215 or (resid 216...BB21639
23HISHISGLNGLN(chain B and (resid 184 through 215 or (resid 216...BB184 - 4127 - 235
24HISHISGLNGLN(chain B and (resid 184 through 215 or (resid 216...BB184 - 4127 - 235
25HISHISGLNGLN(chain B and (resid 184 through 215 or (resid 216...BB184 - 4127 - 235
26HISHISGLNGLN(chain B and (resid 184 through 215 or (resid 216...BB184 - 4127 - 235
27HISHISGLNGLN(chain B and (resid 184 through 215 or (resid 216...BB184 - 4127 - 235
28HISHISGLNGLN(chain B and (resid 184 through 215 or (resid 216...BB184 - 4127 - 235
31HISHISVALVAL(chain C and (resid 184 through 190 or (resid 191...CC184 - 1907 - 13
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 184 through 190 or (resid 191...CC19114
33HISHISGLNGLN(chain C and (resid 184 through 190 or (resid 191...CC184 - 4127 - 235
34HISHISGLNGLN(chain C and (resid 184 through 190 or (resid 191...CC184 - 4127 - 235
35HISHISGLNGLN(chain C and (resid 184 through 190 or (resid 191...CC184 - 4127 - 235
36HISHISGLNGLN(chain C and (resid 184 through 190 or (resid 191...CC184 - 4127 - 235
37HISHISGLNGLN(chain C and (resid 184 through 190 or (resid 191...CC184 - 4127 - 235
38HISHISGLNGLN(chain C and (resid 184 through 190 or (resid 191...CC184 - 4127 - 235
41HISHISVALVAL(chain D and (resid 184 through 190 or (resid 191...DD184 - 1907 - 13
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 184 through 190 or (resid 191...DD19114
43HISHISGLNGLN(chain D and (resid 184 through 190 or (resid 191...DD184 - 4127 - 235
44HISHISGLNGLN(chain D and (resid 184 through 190 or (resid 191...DD184 - 4127 - 235
45HISHISGLNGLN(chain D and (resid 184 through 190 or (resid 191...DD184 - 4127 - 235
46HISHISGLNGLN(chain D and (resid 184 through 190 or (resid 191...DD184 - 4127 - 235
47HISHISGLNGLN(chain D and (resid 184 through 190 or (resid 191...DD184 - 4127 - 235
48HISHISGLNGLN(chain D and (resid 184 through 190 or (resid 191...DD184 - 4127 - 235

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein


分子量: 24773.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: coaBC, MSMEG_3054 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0QWT2, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP)

-
非ポリマー , 5種, 634分子

#2: 化合物
ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% w/v PEG 8000 0.1M MES pH 6.0 0.2 M calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→68.3 Å / Num. obs: 75835 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 28.41 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 26 / Num. measured all: 552418
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.84-1.944.30.41444751103960.8780.2080.4662.695.2
5.83-68.37.20.02119091264510.0080.02375.599.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.03 Å68.3 Å
Translation5.03 Å68.3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QJI

4qji


解像度: 1.844→50.948 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2017 3852 5.09 %
Rwork0.176 71900 -
obs0.1773 75752 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.85 Å2 / Biso mean: 37.5354 Å2 / Biso min: 15.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.844→50.948 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6282 0 188 618 7088
Biso mean--42.99 40.73 -
残基数----880
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3621X-RAY DIFFRACTION10.417TORSIONAL
12B3621X-RAY DIFFRACTION10.417TORSIONAL
13C3621X-RAY DIFFRACTION10.417TORSIONAL
14D3621X-RAY DIFFRACTION10.417TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8444-1.86690.2991040.2535226788
1.8669-1.89050.281490.2299235694
1.8905-1.91540.23941760.2218243897
1.9154-1.94170.2307960.2085257199
1.9417-1.96940.25141370.20822569100
1.9694-1.99880.24371150.18572549100
1.9988-2.030.25471290.1882571100
2.03-2.06330.22611230.18242582100
2.0633-2.09890.23131450.18482538100
2.0989-2.13710.24211180.18362616100
2.1371-2.17820.23211390.18612540100
2.1782-2.22260.2421570.17892545100
2.2226-2.27090.22191290.18172593100
2.2709-2.32380.22691420.17582579100
2.3238-2.38190.25011200.18482555100
2.3819-2.44630.23471530.19272560100
2.4463-2.51830.25061440.19542582100
2.5183-2.59950.24371590.18812545100
2.5995-2.69250.22931430.19192578100
2.6925-2.80020.2431300.19322618100
2.8002-2.92770.22671440.18482596100
2.9277-3.0820.18351150.19112614100
3.082-3.27510.19871650.17962584100
3.2751-3.52790.22111340.16872611100
3.5279-3.88280.18541430.1462640100
3.8828-4.44440.14591290.13972639100
4.4444-5.59830.13541430.15382687100
5.5983-50.9480.17131710.18572777100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4950.27920.35982.3729-1.37881.8038-0.121-0.05680.10470.10440.24470.1887-0.0516-0.1213-0.11140.1662-0.0316-0.01480.28780.02740.22146.8268-18.5316-5.9437
21.981-1.9932.36762.634-2.91863.2941-0.4248-0.4523-0.04810.53890.57740.7389-0.2302-0.3507-0.19010.21550.0390.02370.37940.07090.3112-1.1473-9.4645-0.5503
32.3701-0.65820.15283.76190.25930.8492-0.04220.087-0.0425-0.12760.07590.2731-0.0076-0.127-0.03480.2018-0.0272-0.02860.28550.02270.20465.9163-14.4292-9.7428
44.63792.3149-0.04586.56911.40654.2752-0.424-0.1518-1.3318-0.45510.1528-0.54361.3802-0.03110.35510.5503-0.02660.09660.2984-0.05160.52719.2545-37.6319-12.0637
50.9834-1.37830.70881.9236-0.96650.52280.10630.29880.2939-0.0747-0.4525-1.2249-0.02870.23510.33380.2243-0.01570.02340.33780.02940.346820.2243-12.1061-10.7551
63.049-0.92482.80391.2424-1.56014.4409-0.02280.22110.2305-0.2471-0.0569-0.12060.17530.11570.00840.22010.00240.00240.22130.01830.185217.0657-6.6162-2.4562
73.90450.16833.18223.6747-3.99519.813-0.05870.2280.0762-0.11590.0851-0.2586-0.0740.35730.00180.2020.0047-0.00720.2175-0.00030.192923.2444-7.30934.9936
81.3820.5938-0.40351.2287-0.02020.4074-0.0277-0.4031-0.11550.27790.06290.11680.2151-0.2635-0.18440.2161-0.0192-0.00570.29050.04960.210813.8158-6.47366.7251
95.7051.57820.3931.74980.64820.82940.1574-0.5159-0.07820.516-0.03510.438-0.1079-0.4603-0.14930.3407-0.01940.04430.4780.00140.37811.6631-1.81169.1232
107.53853.6559-2.04832.1631-2.3286.07840.1194-0.54010.25530.3442-0.10940.0794-0.3773-0.0539-0.05240.30460.0754-0.01810.3335-0.06860.35665.0216-0.27222.5367
110.11810.28860.08491.7716-0.93931.853-0.10120.14860.0055-0.0670.25850.20050.0414-0.1192-0.12540.16270.0405-0.00970.19340.03440.23912.6604-39.0483.4548
122.88130.6740.52671.3106-0.08991.6618-0.048-0.389-0.04660.11620.0217-0.0556-0.1193-0.11420.00170.22570.0436-0.01810.25750.03840.2482-1.9946-42.47357.5276
131.0491-0.63440.7120.5092-0.75072.327-0.11130.13710.00560.01290.0944-1.1287-0.18210.2790.01950.2315-0.04160.00570.37420.01850.430721.9485-30.61883.3576
146.81733.1866-0.63144.2068-0.49233.8008-0.45570.4084-0.5788-0.2460.2848-1.1217-0.35930.45840.20640.33530.02460.02660.50320.04980.44122.8241-36.4596-1.5699
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170.3278-0.2870.64051.2923-1.24551.5649-0.1944-0.2417-0.04810.23820.3012-0.254-0.1044-0.2277-0.13220.31240.05590.04480.26180.03780.3252-4.6186-43.8069-9.9614
183.3147-2.14610.67875.0192-1.61894.90910.29150.3012-0.5327-0.65190.10750.16650.64880.2135-0.22920.4731-0.0048-0.10810.2906-0.04930.4317-6.3037-51.3576-12.5898
195.4544-0.99910.01211.8837-2.27356.5850.0752-0.0161-0.8586-0.4376-0.08380.24370.4321-0.0791-0.01440.2745-0.0274-0.0380.23630.00220.3588-11.4939-52.7008-1.4007
203.9724-1.6023-0.13294.2252-0.35142.65920.12440.55460.82520.0470.10030.4876-0.4062-0.7205-0.13590.32540.09370.08390.34910.10410.4549-17.1075-15.0076-30.1811
212.04790.3993-0.29661.9776-0.58323.0242-0.04920.012-0.1628-0.04660.0456-0.1833-0.23210.20820.05560.2616-0.04870.04130.21580.00710.25089.618-25.3028-32.5666
224.05030.5127-1.61410.1658-0.01031.29920.0680.19970.5133-0.4103-0.00140.1787-0.681-0.2515-0.12710.46170.0498-0.00190.1990.04650.2681-10.6219-13.7799-33.768
233.38170.0834-0.11771.56670.2271.86230.1642-0.0170.221-0.1013-0.0391-0.1086-0.37890.1215-0.08750.2758-0.02440.04140.1573-0.00180.1741-3.3342-21.584-27.4205
245.37130.92411.08916.52991.89977.919-0.0167-0.3932-0.65080.2512-0.285-1.64620.19881.35620.43090.36110.0302-0.05610.48770.13760.527217.0889-34.8892-25.7668
257.91111.5957-2.05270.3533-0.31651.847-0.35380.1878-0.6368-0.15660.0795-0.20590.14970.060.25150.2508-0.02470.02610.166-0.00110.2505-7.1417-34.4763-26.3911
262.25980.0355-1.45392.73531.59557.5991-0.08150.2919-0.1608-0.24150.1379-0.0690.01840.05320.02090.1265-0.03340.00190.1867-0.0240.175-12.7997-31.392-34.5725
275.3383-1.3922-1.09396.13241.42636.11340.05930.49920.1031-0.44510.0521-0.1823-0.34080.0841-0.05790.2209-0.06340.00920.25670.00690.1421-13.4792-33.3856-41.8914
281.98983.3830.97095.87981.69690.5633-0.28740.28860.3246-0.72330.40310.2666-0.24690.1253-0.06760.4025-0.0582-0.04820.3860.03910.2765-18.1532-26.7043-46.0373
292.18613.5306-2.62548.5068-1.04956.9286-0.06240.3368-0.1462-0.46170.43780.96840.0971-0.7337-0.30760.35240.0628-0.09330.4060.14830.4274-19.3253-19.6078-38.9214
301.6360.5367-0.78071.5520.56152.23010.1739-0.0260.14530.0253-0.05760.1429-0.0921-0.0586-0.07050.18180.0310.03520.1750.00250.20719.7754-17.0545-41.8447
311.9610.7919-0.50532.69220.17811.5275-0.07140.0111-0.2436-0.1310.0196-0.09190.133-0.07410.0650.20780.0250.03250.2137-0.01160.208720.5857-19.6322-43.7751
323.3340.4048-2.05863.09670.40384.03040.0009-0.1171-0.2698-0.15090.1041-0.51890.20140.5234-0.02460.18440.05170.02530.2854-0.02650.327437.0412-17.6303-45.8391
332.25591.3577-0.45541.2208-0.71660.5781-0.1245-1.0487-0.87061.122-0.0209-0.79491.28451.0987-0.01330.86190.2946-0.13390.82260.0970.536736.1484-19.7985-25.473
340.8626-0.04661.68286.7326-0.0127.09840.0269-0.98920.34450.7980.5342-0.1505-0.1640.596-0.51010.33860.0437-0.03160.4808-0.04680.37530.9427-9.9648-27.1956
352.5229-1.2696-2.24664.1484-0.23935.73-0.0426-0.66490.016-0.04640.1399-0.7713-0.30430.6659-0.01330.2388-0.0699-0.02410.301-0.06440.362233.6139-3.0758-37.3412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 184 through 215 )A184 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 216 through 227 )A216 - 227
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 228 through 284 )A228 - 284
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 285 through 303 )A285 - 303
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 304 through 319 )A304 - 319
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 320 through 342 )A320 - 342
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 343 through 354 )A343 - 354
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 355 through 381 )A355 - 381
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 382 through 393 )A382 - 393
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 394 through 412 )A394 - 412
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 184 through 215 )B184 - 215
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 216 through 281 )B216 - 281
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 282 through 294 )B282 - 294
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 295 through 309 )B295 - 309
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 310 through 333 )B310 - 333
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 334 through 354 )B334 - 354
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 355 through 371 )B355 - 371
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 372 through 393 )B372 - 393
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 394 through 412 )B394 - 412
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 184 through 196 )C184 - 196
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 197 through 215 )C197 - 215
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 216 through 236 )C216 - 236
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 237 through 284 )C237 - 284
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 285 through 303 )C285 - 303
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 304 through 319 )C304 - 319
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 320 through 342 )C320 - 342
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 343 through 381 )C343 - 381
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 382 through 393 )C382 - 393
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 394 through 412 )C394 - 412
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 184 through 215 )D184 - 215
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 216 through 309 )D216 - 309
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 310 through 333 )D310 - 333
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 334 through 354 )D334 - 354
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 355 through 393 )D355 - 393
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 394 through 412 )D394 - 412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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