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- PDB-3nwj: Crystal structure of shikimate kinase from Arabidopsis thaliana (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nwj
タイトルCrystal structure of shikimate kinase from Arabidopsis thaliana (AtSK2)
要素AtSK2
キーワードTRANSFERASE / P loop / shikimate / nucleoside monophosphate kinase / shikimate kinase / ATP binding / chloroplast
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate kinase / shikimate kinase activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / chloroplast / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Shikimate kinase, conserved site / Shikimate kinase signature. / Shikimate kinase/Threonine synthase-like 1 / Shikimate kinase/gluconokinase / Shikimate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Shikimate kinase 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Fucile, G. / Garcia, C. / Petit, P. / Christendat, D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Structural and biochemical investigation of two Arabidopsis shikimate kinases: The heat-inducible isoform is thermostable.
著者: Fucile, G. / Garcia, C. / Carlsson, J. / Sunnerhagen, M. / Christendat, D.
履歴
登録2010年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AtSK2
B: AtSK2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3172
ポリマ－55,3172
非ポリマー00
水79344
1
A: AtSK2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6591
ポリマ－27,6591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AtSK2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6591
ポリマ－27,6591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.378, 62.249, 40.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 AtSK2 / Putative shikimate kinase / At4g39540


分子量: 27658.516 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 55-300 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Col-0 / 遺伝子: At4g39540, At4g39540/F23K16_170 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8GY88, shikimate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% polyethylene glycol 3350, 0.2 M potassium fluoride, 3% 2-methyl-2,4-pentanediol, 1 mM magnesium chloride, 1 mM adenosine triphosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→19 Å / Num. obs: 16917 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2SHK

2shk


解像度: 2.35→19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 16.343 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.437 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2457 881 5.2 %RANDOM
Rwork0.19144 ---
obs0.19433 16021 87.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.974 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2--1.31 Å20 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3038 0 0 44 3082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223092
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.721.9634164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0865382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.65123.651126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.04115576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9491518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8921.51906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70723058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.91731186
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7424.51106
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 66 -
Rwork0.214 1198 -
obs--90.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29220.82250.11673.1265-0.27631.8034-0.0450.15930.2943-0.0891-0.02130.0375-0.27140.30130.06620.0616-0.0429-0.01420.21440.00710.044327.165-27.321-17.228
211.88880021.3172013.9076-0.6140.0908-0.65280.03610.0891-0.47260.1977-0.27170.52490.31470.12530.15470.3567-0.06740.151128.517-42.938-22.227
32.0040.3978-0.44082.38110.36654.6077-0.0239-0.1429-0.26530.1364-0.05480.00090.09220.16480.07870.0434-0.0125-0.01880.1923-0.02770.074632.783-35.651-11.38
42.8053-0.3867-2.10171.066-0.05046.9361-0.14930.00480.09860.3946-0.0053-0.0154-0.31530.36310.15460.2171-0.1254-0.01720.22110.01260.013437.131-21.819-4.904
53.8074-0.3234-0.03241.13570.44590.5521-0.00270.13060.2824-0.1188-0.06360.1423-0.0156-0.00750.06630.1262-0.0253-0.01110.03870.01090.09011.621-40.867-20.824
626.3982-7.82441.59574.4512-2.32162.19520.3546-0.66460.1103-0.172-0.2742-0.1084-0.09880.2477-0.08040.2261-0.02950.04980.2281-0.00010.125110.008-44.296-7.476
71.71740.3088-0.06051.93671.15263.9123-0.044-0.0758-0.16640.02420.0317-0.14230.25610.25150.01230.1022-0.0357-0.01590.11730.04540.09795.155-51.319-17.976
82.0792-0.7227-1.69052.33121.75516.0310.04870.1197-0.0164-0.088-0.15270.21610.1742-0.37310.10410.0948-0.0547-0.02820.08130.00470.0853-4.91-53.321-30.554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A83 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2A151 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3A164 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4A249 - 291
5X-RAY DIFFRACTION5B83 - 150
6X-RAY DIFFRACTION6B151 - 163
7X-RAY DIFFRACTION7B164 - 248
8X-RAY DIFFRACTION8B249 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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