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Yorodumi- PDB-6tgv: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaBC in complex wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tgv | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaBC in complex with CTP and FMN | ||||||
Components | Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC | ||||||
Keywords | LIGASE / CoaBC / bifunctional Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate-cysteine ligase / phosphopantothenate-cysteine ligase / Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenoylcysteine synthetase | ||||||
Function / homology | Function and homology information pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycolicibacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Mendes, V. / Blaszczyk, M. / Bryant, O. / Cory-Wright, J. / Blundell, T.L. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Inhibiting Mycobacterium tuberculosis CoaBC by targeting an allosteric site. Authors: Mendes, V. / Green, S.R. / Evans, J.C. / Hess, J. / Blaszczyk, M. / Spry, C. / Bryant, O. / Cory-Wright, J. / Chan, D.S. / Torres, P.H.M. / Wang, Z. / Nahiyaan, N. / O'Neill, S. / Damerow, S. ...Authors: Mendes, V. / Green, S.R. / Evans, J.C. / Hess, J. / Blaszczyk, M. / Spry, C. / Bryant, O. / Cory-Wright, J. / Chan, D.S. / Torres, P.H.M. / Wang, Z. / Nahiyaan, N. / O'Neill, S. / Damerow, S. / Post, J. / Bayliss, T. / Lynch, S.L. / Coyne, A.G. / Ray, P.C. / Abell, C. / Rhee, K.Y. / Boshoff, H.I.M. / Barry, C.E. / Mizrahi, V. / Wyatt, P.G. / Blundell, T.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6tgv.cif.gz | 557.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6tgv.ent.gz | 462.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6tgv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6tgv_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6tgv_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | 6tgv_validation.xml.gz | 55.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6tgv_validation.cif.gz | 74.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tgv | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 43293.234 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (bacteria) Strain: ATCC 700084 / mc(2)155 / Gene: coaBC, MSMEG_3054, MSMEI_2978 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0QWT2, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) |
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-Non-polymers , 5 types, 45 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CTP / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-MG / | #5: Chemical | ChemComp-FMN / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.96 Å3/Da / Density % sol: 68.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M BisTris pH 6.5 (5.5-6.5) 0.8 M 1,6-haxanediol (0.7-1.2M) 10 mM Cobalt chloride 10 mM Magnesium chloride 3 mM CTP PH range: 5.5-6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9762 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 21, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.499→81.8 Å / Num. obs: 94420 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 15 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 14.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→62.669 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.87
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 226.74 Å2 / Biso mean: 109.3468 Å2 / Biso min: 44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→62.669 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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