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- PDB-6tev: The structure of CYP121 in complex with inhibitor L44 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tev
タイトルThe structure of CYP121 in complex with inhibitor L44
要素Mycocyclosin synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP121 / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mycocyclosin synthase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-N5W / Mycocyclosin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.70001263917 Å
データ登録者Adam, S. / Koehnke, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationKO 4116/3-2 ドイツ
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2021
タイトル: Structure-Activity Relationship and Mode-Of-Action Studies Highlight 1-(4-Biphenylylmethyl)-1H-imidazole-Derived Small Molecules as Potent CYP121 Inhibitors.
著者: Walter, I. / Adam, S. / Gentilini, M.V. / Kany, A.M. / Brengel, C. / Thomann, A. / Sparwasser, T. / Kohnke, J. / Hartmann, R.W.
履歴
登録2019年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycocyclosin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6516
ポリマ－43,3061
非ポリマー1,3455
水7,927440
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16070 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.555, 77.555, 264.188
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1323-

HOH

21A-1324-

HOH

31A-1371-

HOH

41A-1435-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mycocyclosin synthase / Cytochrome P450 121 / Cytochrome P450 MT2


分子量: 43305.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: cyp121, MT2336 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPP6, mycocyclosin synthase
#2: 化合物 ChemComp-N5W / 1-[[4-[4-(trifluoromethyl)phenyl]phenyl]methyl]imidazole


分子量: 302.294 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H13F3N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Calcium acetate, sodium acetate, PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.09 Å / Num. obs: 52925 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 18.4888732536 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Num. unique obs: 7523 / CC1/2: 0.891 / Rpim(I) all: 0.227

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot0.8.9.1精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
pointlessデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N40

1n40


解像度: 1.70001263917→41.5275178694 Å / SU ML: 0.181072114174 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33626287157 / 位相誤差: 17.6547622842
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188569730996 2735 5.17717876883 %
Rwork0.17052265459 50093 -
obs0.171463540513 52828 99.9281201528 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.5468479361 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.70001263917→41.5275178694 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3055 0 52 440 3547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005311781169743180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8350929397984338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481344704692482
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00560698238084564
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.56854540681905
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.70002-1.72930.2932839064071120.2547121270982439X-RAY DIFFRACTION99.222092571
1.7293-1.76080.2873649285551220.2297820727122470X-RAY DIFFRACTION99.9228989977
1.7608-1.79460.2433123387361420.2175034862062424X-RAY DIFFRACTION99.8443579767
1.7946-1.83130.239389216631610.2047591433232424X-RAY DIFFRACTION100
1.8313-1.87110.2196351541881330.1913740132782452X-RAY DIFFRACTION99.922690375
1.8711-1.91460.256083438905990.1875864402282499X-RAY DIFFRACTION99.9615236629
1.9146-1.96250.2166924303551490.1862675342312443X-RAY DIFFRACTION100
1.9625-2.01560.196725623081440.1767362004962461X-RAY DIFFRACTION100
2.0156-2.07490.1946250369771440.1735721845892456X-RAY DIFFRACTION100
2.0749-2.14180.1966648199471290.1693417157942477X-RAY DIFFRACTION100
2.1418-2.21840.2061265100681480.1648295744972478X-RAY DIFFRACTION100
2.2184-2.30720.2071108468021250.1691229909352495X-RAY DIFFRACTION99.9237223494
2.3072-2.41220.2110205348921310.1586723758282514X-RAY DIFFRACTION100
2.4122-2.53930.1739944988021330.155137428632482X-RAY DIFFRACTION100
2.5393-2.69840.2112436045761300.165002052692538X-RAY DIFFRACTION100
2.6984-2.90670.1804189547861540.1611114888162495X-RAY DIFFRACTION100
2.9067-3.19910.1707858109561470.169923791672542X-RAY DIFFRACTION100
3.1991-3.66180.1629072186551360.1640781035212574X-RAY DIFFRACTION100
3.6618-4.61250.1533488924411540.1446420976862605X-RAY DIFFRACTION99.9275624774
4.6125-41.52740.177492760911420.1801520116822825X-RAY DIFFRACTION99.8317631225
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.477226300520.503913194661-0.4964328679721.378168631830.5593804910732.05278429131-0.0225370635710.0223255363045-0.0318786794244-0.07822189386570.0170886950259-0.081745368272-0.1723969199370.1418281147970.01961933403760.118586190619-0.0279616018438-0.007425379156060.08830004020770.008227388184690.1618438200463.9790655739412.62249533095.24399709738
21.03154073932-0.497934440699-1.035248477510.2633820296180.2160306582695.16105329352-0.0198114513559-0.02259102342030.370026672460.1520239055670.133507064535-0.0727256231752-0.921004070298-0.154684311654-0.02442474767070.4624122599250.100078135512-0.06068514742470.196701757191-0.0341462084870.297256231744-16.438221108734.046939075714.8209838883
30.605615161406-0.0889183749491-0.129629185330.63160832496-0.03564319831731.023791340480.00629127134957-0.005755444989360.01870835586180.0194364747612-0.04148287976760.0394261143826-0.358398977787-0.040376094250.04068228932860.2263370500770.00114719386618-0.02640646355130.072894756395-0.006205235114960.149879714043-8.9679357909722.800600962610.2084580534
40.4936566837820.1956463219820.04732947893440.931736883244-0.3481199609450.847792484725-0.066403265934-0.03183331604540.1181298985560.08783967359680.0203314569291-0.0338505146293-0.569544321230.00994328495002-0.006787157283730.291720933392-0.025761250014-0.03800688621160.0685345079406-0.00477067094050.151343188892-6.0523548202623.281526133620.6844691655
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 91 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 127 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 128 through 328 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 329 through 396 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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