+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tet | ||||||
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Title | The structure of CYP121 in complex with inhibitor L21 | ||||||
Components | Mycocyclosin synthase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / CYP121 / complex / inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information mycocyclosin synthase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.49986889071 Å | ||||||
Authors | Adam, S. / Koehnke, J. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Chemmedchem / Year: 2021 Title: Structure-Activity Relationship and Mode-Of-Action Studies Highlight 1-(4-Biphenylylmethyl)-1H-imidazole-Derived Small Molecules as Potent CYP121 Inhibitors. Authors: Walter, I. / Adam, S. / Gentilini, M.V. / Kany, A.M. / Brengel, C. / Thomann, A. / Sparwasser, T. / Kohnke, J. / Hartmann, R.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6tet.cif.gz | 296.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6tet.ent.gz | 199.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6tet.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/6tet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/6tet | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6te7C 6tevC 1n40S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 43305.863 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Gene: cyp121, MT2336 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P9WPP6, mycocyclosin synthase |
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-Non-polymers , 5 types, 472 molecules
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-N5Z / | #4: Chemical | ChemComp-PGE / | #5: Chemical | ChemComp-HEM / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: calcium acetate, sodium acetate, PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.873 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 10, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→87.82 Å / Num. obs: 76900 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 15.6242287192 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 11.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.58 Å / Num. unique obs: 10983 / CC1/2: 0.876 / Rpim(I) all: 0.231 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1N40 Resolution: 1.49986889071→67.3128637396 Å / SU ML: 0.15185153431 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35542801513 / Phase error: 20.6112656874 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.0487209822 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.49986889071→67.3128637396 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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