PDB-6te7: The structure of CYP121 in complex with inhibitor S2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6te7

タイトル

The structure of CYP121 in complex with inhibitor S2

要素

Mycocyclosin synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CYP121 / complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

mycocyclosin synthase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.50001818022 Å

データ登録者

Adam, S. / Koehnke, J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2021
タイトル: Structure-Activity Relationship and Mode-Of-Action Studies Highlight 1-(4-Biphenylylmethyl)-1H-imidazole-Derived Small Molecules as Potent CYP121 Inhibitors.
著者: Walter, I. / Adam, S. / Gentilini, M.V. / Kany, A.M. / Brengel, C. / Thomann, A. / Sparwasser, T. / Kohnke, J. / Hartmann, R.W.

履歴

登録	2019年11月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6te7.cif.gz	291.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6te7.ent.gz	196.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6te7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6te7_validation.pdf.gz	737.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6te7_full_validation.pdf.gz	738.3 KB	表示
XML形式データ	6te7_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	6te7_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/6te7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/6te7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tetC 6tevC 1n40S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rqe-d 5opa-d 6tev-d 4g2g-d 6rqd-d 6rq8-d 6geo-d 6j83-d 5ibj-d 5o4l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mycocyclosin synthase

ヘテロ分子

44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.487, 77.487, 263.746
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1366- HOH
2	1	A-1377- HOH
3	1	A-1442- HOH
4	1	A-1508- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Mycocyclosin synthase / Cytochrome P450 121 / Cytochrome P450 MT2 分子量: 43305.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: cyp121, MT2336 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPP6, mycocyclosin synthase

-
非ポリマー , 5種, 514分子

#2: 化合物	ChemComp-N55 / 2-chloranyl-4-[4-[(1~{R})-1-imidazol-1-ylprop-2-enyl]phenyl]phenol 分子量: 310.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₅ClN₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: calcium acetate, sodium acetate, PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→47.03 Å / Num. obs: 75979 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 15.0043979259 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_rim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.686 / Num. unique obs: 10867 / CC_1/2: 0.746 / R_rim(I) all: 0.339

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot	0.8.9.1	精密化
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
pointless		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1N40

1n40

解像度: 1.50001818022→41.4706717953 Å / SU ML: 0.133294973417 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33590715916 / 位相誤差: 17.5294066846
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184044131729	3801	5.01028155647 %
R_work	0.164570437032	72063	-
obs	0.165558768708	75864	99.7593593436 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.7222416225 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.50001818022→41.4706717953 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3055	0	36	510	3601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0110566741084	3215
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.19322659104	4397
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0617931935345	484
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00908713832277	568
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.0580086904	1917

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.50002-1.519	0.263464807942	126	0.250118023667	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.6067214873
1.519-1.539	0.284195144449	117	0.246829296154	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.5573589082
1.539-1.5601	0.226583304252	143	0.228931392932	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.5678790061
1.5601-1.5824	0.246517420513	153	0.223858045361	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.5660036166
1.5824-1.606	0.242755726942	147	0.217468718597	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.6726082212
1.606-1.6311	0.21281968779	134	0.21608792446	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.4204998189
1.6311-1.6578	0.225894598501	135	0.208588103507	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.8552298227
1.6578-1.6864	0.217813716394	138	0.200354976399	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.7490139835
1.6864-1.7171	0.266710989733	153	0.193240771888	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.3833877403
1.7171-1.7501	0.21074727482	131	0.19452810313	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.8558038933
1.7501-1.7858	0.219585428261	124	0.182166217132	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.8201438849
1.7858-1.8247	0.206893708203	139	0.181786286231	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.9275887038
1.8247-1.8671	0.206506177858	139	0.182569653987	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.7858672377
1.8671-1.9138	0.207412282323	118	0.171079156699	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.9640417116
1.9138-1.9655	0.164092714655	143	0.165249182072	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.8924731183
1.9655-2.0234	0.177936032334	140	0.162837185432	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0234-2.0887	0.163378667044	121	0.161588780216	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.7142857143
2.0887-2.1633	0.180264094028	162	0.154092278037	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.8575498575
2.1633-2.2499	0.185471239979	134	0.146799654263	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.8212370397
2.2499-2.3523	0.164340490368	149	0.139984648447	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3523-2.4763	0.167674113572	164	0.141527723737	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.9645641389
2.4763-2.6315	0.153326169806	145	0.146263580166	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.9297259311
2.6315-2.8346	0.186194896204	135	0.14612915681	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.8244382022
2.8346-3.1198	0.186266252461	162	0.161633272029	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.5481404241
3.1198-3.571	0.172909341829	140	0.150313819962	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.8280605227
3.571-4.4982	0.165163006464	152	0.137207445015	2804	X-RAY DIFFRACTION	99.8986143968
4.4982-41.469	0.170852909772	157	0.179831545855	3007	X-RAY DIFFRACTION	99.4968553459

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.993709707513	0.380987981097	-0.0488002742059	0.668271491439	0.209642041313	1.30648871409	-0.00581303119553	-0.03214495428	0.0391831162983	-0.0305344529276	0.0162556897367	-0.0473463612445	-0.139078795786	0.0784869873016	-0.00298799844091	0.0962274885062	-0.0106591000434	0.00517473400108	0.0731948656534	0.00206556359686	0.118444286108	3.77249690081	12.6394020634	5.21282072135
2	0.627346882456	-0.211577724693	0.206483162545	0.438537834454	-0.254669177992	1.33793624159	-0.053873328313	-0.0190149014696	0.144137924817	0.0265014214061	0.0211442455293	-0.0147199143021	-0.426835716418	-0.143367515316	0.0235909804528	0.186413693709	0.0306354839627	-0.00849445186861	0.0895941930501	-0.000259195310485	0.135482588319	-17.8060658915	25.9875385803	14.4327020086
3	0.723418717985	-0.143419709063	0.31674283833	0.922459839501	-0.755879226471	1.07292657204	-0.0234121962814	0.0834562312718	0.0733443549022	-0.136679235178	-0.0191933315198	0.102080869589	-0.182277756493	-0.0697046392612	0.0518249233909	0.166807838199	0.0384190338438	-0.012401144881	0.0946707807319	-0.00993289334756	0.120154209185	-18.7298898527	24.828743415	1.94113951324
4	0.717579136175	-0.00514081519572	-0.517921551282	0.288310228073	-0.214807557791	1.29689266095	0.0646861222007	-0.0656575279225	0.0919897497572	0.041058605689	-0.0251065531019	-0.0549596956627	-0.375628912461	0.139705347674	-0.0391842413149	0.182255015092	-0.0529795000339	-0.0106195003512	0.0775840125903	-0.00350550837978	0.114283106562	-0.0809363346591	22.9737589337	18.0061501023

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 91 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 92 through 175 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 176 through 250 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 251 through 396 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 514分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 514分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 514分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)