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- PDB-6ter: Crystal structure of a galactokinase from Bifidobacterium infanti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ter
タイトルCrystal structure of a galactokinase from Bifidobacterium infantis in complex with Galactose
要素Galactokinase
キーワードTRANSFERASE / Gal / complex / galactokinase
機能・相同性
機能・相同性情報


galactokinase / galactokinase activity / galactose metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal ...Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / alpha-D-galactopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Galactokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697 = JCM 1222 = DSM 20088 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Keenan, T. / Parmeggiani, F. / Fontenelle, C.Q. / Malassis, J. / Vendeville, J. / Offen, W.A. / Both, P. / Huang, K. / Marchesi, A. / Heyam, A. ...Keenan, T. / Parmeggiani, F. / Fontenelle, C.Q. / Malassis, J. / Vendeville, J. / Offen, W.A. / Both, P. / Huang, K. / Marchesi, A. / Heyam, A. / Young, C. / Charnock, S. / Davies, G.J. / Linclau, B. / Flitsch, S.L. / Fascione, M.A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M02847X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M028836/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M028941/1 英国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Profiling Substrate Promiscuity of Wild-Type Sugar Kinases for Multi-fluorinated Monosaccharides.
著者: Keenan, T. / Parmeggiani, F. / Malassis, J. / Fontenelle, C.Q. / Vendeville, J.B. / Offen, W. / Both, P. / Huang, K. / Marchesi, A. / Heyam, A. / Young, C. / Charnock, S.J. / Davies, G.J. / ...著者: Keenan, T. / Parmeggiani, F. / Malassis, J. / Fontenelle, C.Q. / Vendeville, J.B. / Offen, W. / Both, P. / Huang, K. / Marchesi, A. / Heyam, A. / Young, C. / Charnock, S.J. / Davies, G.J. / Linclau, B. / Flitsch, S.L. / Fascione, M.A.
履歴
登録2019年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32020年9月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactokinase
B: Galactokinase
C: Galactokinase
D: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,94479
ポリマ－183,2624
非ポリマー7,68275
水13,763764
1
A: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,15230
ポリマ－45,8151
非ポリマー3,33729
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,99523
ポリマ－45,8151
非ポリマー2,17922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,05215
ポリマ－45,8151
非ポリマー1,23714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,74411
ポリマ－45,8151
非ポリマー92910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.320, 164.929, 113.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Galactokinase


分子量: 45815.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Galactokinase with C-terminal His-tag
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697 = JCM 1222 = DSM 20088 (バクテリア)
遺伝子: Blon_2062 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7GUI0

-
糖 , 2種, 6分子

#6: 糖
ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 8種, 833分子

#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.15 - 0.25 M NaCl and 18 - 22 % (w/v) polyethylene glycol 6000)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→82.6 Å / Num. obs: 205822 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 1.68→1.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.553 / Num. unique obs: 10162

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TEP

6tep


解像度: 1.68→82.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 12.609 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 10249 5 %RANDOM
Rwork0.2236 ---
obs0.2278 195339 94.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.67 Å2 / Biso mean: 24.385 Å2 / Biso min: 5.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å2-0 Å2-1.88 Å2
2---1.07 Å20 Å2
3---2.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→82.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12381 0 520 764 13665
Biso mean--38.88 30.49 -
残基数----1668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01313499
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.01712564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8531.64318224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4021.58329127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.57751762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.9122.422673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.146152068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9271592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022743
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.843326062
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 772 -
Rwork0.309 14590 -
all-15362 -
obs--96.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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