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- PDB-6tct: MakD from the mak operon of Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tct
タイトルMakD from the mak operon of Vibrio cholerae
要素MakD
キーワードUNKNOWN FUNCTION / cytotoxin / putative chaperone
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Persson, K. / Nagampalli, R. / Heidler, T. / Wai, S.N.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-05009 スウェーデン
Swedish Research Council2018-02914 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MakD from the mak operon of Vibrio cholerae
著者: Persson, K. / Nagampalli, R. / Heidler, T. / Wai, S.N.
履歴
登録2019年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: MakD
D: MakD
A: MakD
C: MakD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9954
ポリマ－55,9954
非ポリマー00
水4,738263
1
B: MakD
D: MakD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9972
ポリマ－27,9972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
2
A: MakD
C: MakD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9972
ポリマ－27,9972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.327, 70.886, 185.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...
21(chain B and (resid 2 through 35 or resid 37...
31(chain C and (resid 2 through 35 or resid 37 through 126))
41(chain D and (resid 2 through 35 or resid 37 through 126))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLYGLY(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...AC2 - 352 - 35
12TRPTRPVALVAL(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...AC37 - 12537 - 125
13LYSLYSGLNGLN(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...AC2 - 1262 - 126
14LYSLYSGLNGLN(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...AC2 - 1262 - 126
15LYSLYSGLNGLN(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...AC2 - 1262 - 126
16LYSLYSGLNGLN(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...AC2 - 1262 - 126
17LYSLYSGLNGLN(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...AC2 - 1262 - 126
18LYSLYSGLNGLN(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...AC2 - 1262 - 126
19LYSLYSGLNGLN(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...AC2 - 1262 - 126
110LYSLYSGLNGLN(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...AC2 - 1262 - 126
111LYSLYSGLNGLN(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...AC2 - 1262 - 126
112LYSLYSGLNGLN(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...AC2 - 1262 - 126
113LYSLYSGLNGLN(chain A and (resid 2 through 35 or resid 37...AC2 - 1262 - 126
21LYSLYSGLYGLY(chain B and (resid 2 through 35 or resid 37...BA2 - 352 - 35
22TRPTRPVALVAL(chain B and (resid 2 through 35 or resid 37...BA37 - 12537 - 125
23LYSLYSGLNGLN(chain B and (resid 2 through 35 or resid 37...BA2 - 1262 - 126
24LYSLYSGLNGLN(chain B and (resid 2 through 35 or resid 37...BA2 - 1262 - 126
25LYSLYSGLNGLN(chain B and (resid 2 through 35 or resid 37...BA2 - 1262 - 126
26LYSLYSGLNGLN(chain B and (resid 2 through 35 or resid 37...BA2 - 1262 - 126
27LYSLYSGLNGLN(chain B and (resid 2 through 35 or resid 37...BA2 - 1262 - 126
28LYSLYSGLNGLN(chain B and (resid 2 through 35 or resid 37...BA2 - 1262 - 126
29LYSLYSGLNGLN(chain B and (resid 2 through 35 or resid 37...BA2 - 1262 - 126
210LYSLYSGLNGLN(chain B and (resid 2 through 35 or resid 37...BA2 - 1262 - 126
211LYSLYSGLNGLN(chain B and (resid 2 through 35 or resid 37...BA2 - 1262 - 126
212LYSLYSGLNGLN(chain B and (resid 2 through 35 or resid 37...BA2 - 1262 - 126
31LYSLYSGLYGLY(chain C and (resid 2 through 35 or resid 37 through 126))CD2 - 352 - 35
32TRPTRPGLNGLN(chain C and (resid 2 through 35 or resid 37 through 126))CD37 - 12637 - 126
41LYSLYSGLYGLY(chain D and (resid 2 through 35 or resid 37 through 126))DB2 - 352 - 35
42TRPTRPGLNGLN(chain D and (resid 2 through 35 or resid 37 through 126))DB37 - 12637 - 126

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要素

#1: タンパク質
MakD


分子量: 13998.710 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
遺伝子: VC_A0880 / プラスミド: pETHis1a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KL67
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0 60% polypropylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→46.63 Å / Num. obs: 37693 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 495423 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.02-2.0913.91.8145009636050.5960.5041.8841.6100
7.82-46.6311.20.0785757650.9980.0210.07424.899.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.02→38.84 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 1415 3.76 %
Rwork0.1872 36187 -
obs0.189 37602 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155.05 Å2 / Biso mean: 52.1211 Å2 / Biso min: 23.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→38.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3886 0 0 263 4149
Biso mean---52.2 -
残基数----500
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1480X-RAY DIFFRACTION10.195TORSIONAL
12B1480X-RAY DIFFRACTION10.195TORSIONAL
13C1480X-RAY DIFFRACTION10.195TORSIONAL
14D1480X-RAY DIFFRACTION10.195TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.02-2.090.32861370.277235233660100
2.09-2.180.33211400.255835653705100
2.18-2.270.29281390.23235583697100
2.27-2.390.27611400.226635833723100
2.39-2.540.25311400.215535853725100
2.54-2.740.281410.212336023743100
2.74-3.020.27271410.214536073748100
3.02-3.450.23211420.179936343776100
3.45-4.350.18491440.156836833827100
4.35-38.840.21591510.16443847399899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.52243.33870.64936.3645-0.06233.64960.2193-0.5129-0.62330.2213-0.3752-1.2698-0.02160.40730.08890.2973-0.06090.02030.41430.07290.5082-1.435539.811430.6579
23.64311.30461.26214.02710.10453.5196-0.37620.12260.0316-0.98480.2220.2047-0.3668-0.07820.11550.4312-0.0717-0.0170.2522-0.00120.2384-0.376-2.975217.567
32.0715-0.09841.95332.2054-0.64144.25890.0657-0.0887-0.106-0.51330.0814-0.1945-0.0454-0.3349-0.13240.5296-0.05920.18380.35670.01920.3885-19.247630.011416.0539
43.69951.74571.64285.92691.29774.01850.0626-0.282-0.24370.1018-0.0382-0.5971-0.049-0.10850.01830.1816-0.05270.04380.28210.050.311317.23745.0733.3367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:126)A2 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 2:126)B2 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 2:126)C2 - 126
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 2:126)D2 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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