PDB-6tcs: Crystal structure of the omalizumab scFv

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tcs

タイトル

Crystal structure of the omalizumab scFv

要素

Omalizumab scFv

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / Antibody / immunoglobulin

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Engineering the Fab fragment of the anti-IgE omalizumab to prevent Fab crystallization and permit IgE-Fc complex crystallization.
著者: Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Heads, J.T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M.

履歴

登録	2019年11月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tcs.cif.gz	106.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tcs.ent.gz	79.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tcs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tcs_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tcs_full_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示
XML形式データ	6tcs_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	6tcs_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/6tcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/6tcs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tcmSC 6tcnC 6tcoC 6tcpC 6tcqC 6tcrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nou-d 1a7r-d 1i8k-d 3auv-4 1a7q-d 1tvd-d 3et9-d 43ca-4 1wt5-2 1h8n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Omalizumab scFv

ヘテロ分子

29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.909, 73.909, 117.763
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1375- HOH

#1: 抗体	Omalizumab scFv 分子量: 29596.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Omalizumab scFv / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.79 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH5.6, 15% PEG 4000 and 0.2M ammonium sulphate. Crystals were cryoprotected with 0.1M tri-sodium citrate pH5.6, 30% PEG 4000 and 0.2M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→64.01 Å / Num. obs: 17055 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 24.6 Å² / CC_1/2: 0.974 / R_merge(I) obs: 0.259 / R_pim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 2.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1655 / CC_1/2: 0.597 / R_pim(I) all: 1.064 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TCM

6tcm

解像度: 2.3→56.237 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2062	843	4.99 %
R_work	0.178	-	-
obs	0.1794	16902	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.85 Å² / B_iso mean: 33.9248 Å² / B_iso min: 11.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→56.237 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1739	0	14	78	1831
B_iso mean	-	-	53.2	38.72	-
残基数	-	-	-	-	232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1816
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.683	2478
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	269
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	315
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.236	1057

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.3002-2.4443	0.2811	136	0.2175	2616	98
2.4443-2.633	0.2302	137	0.2066	2639	99
2.633-2.898	0.2195	141	0.1869	2652	99
2.898-3.3173	0.2002	134	0.1781	2676	99
3.3173-4.1792	0.2222	139	0.1834	2651	98
4.1792-56.237	0.1677	156	0.1514	2825	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6233	0.3579	1.6159	0.5847	-0.3379	1.7982	-0.1296	-0.5769	-0.2	0.2355	0.1062	0.2252	0.1042	-0.2595	0.0083	0.1974	0.0763	0.0313	0.3611	-0.0722	0.1518	-50.8253	28.9737	-2.4157
2	2.4904	-1.0849	-0.0184	1.0773	0.2566	1.7547	-0.052	-0.0658	0.2854	0.052	-0.0722	-0.0209	-0.1215	0.1117	0.0985	0.1271	0.035	-0.0122	0.1653	-0.0201	0.174	-42.89	30.7514	-9.0202
3	0.7852	0.1868	-0.9451	0.7694	0.2633	1.4638	-0.0768	0.24	-0.0793	-0.1836	-0.0219	0.0663	0.2432	-0.3045	0.0073	0.2081	-0.031	0.0024	0.1945	-0.0286	0.1963	-46.1291	15.302	-17.4898
4	1.4863	0.0432	0.0232	2.3644	-0.1745	1.5914	-0.086	-0.0702	-0.1077	0.1577	0.1066	0.0571	0.3292	0.2648	0.005	0.2083	0.0385	0.0481	0.1461	0.0089	0.1526	-33.4398	13.7006	-15.6985

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 18 )	A	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 105 )	A	19 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 106 through 1012 )	A	106 - 1012
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1013 through 1121 )	A	1013 - 1121

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)