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- PDB-6tca: Phosphorylated p38 and MAPKAPK2 complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tca
タイトルPhosphorylated p38 and MAPKAPK2 complex with inhibitor
要素
  • MAP kinase-activated protein kinase 2
  • Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードSIGNALING PROTEIN / MAPK / MAPKAPK / phosphorylated / p38 / MK2
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / CREB phosphorylation / macropinocytosis / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / stress-activated protein kinase signaling cascade ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / CREB phosphorylation / macropinocytosis / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of interleukin-6 production / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / mitogen-activated protein kinase binding / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / positive regulation of macrophage cytokine production / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / CD163 mediating an anti-inflammatory response / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / toll-like receptor signaling pathway / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / Platelet sensitization by LDL / Myogenesis / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / D-glucose import / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / fatty acid oxidation / response to dietary excess / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / MAP kinase kinase activity / inner ear development / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / signal transduction in response to DNA damage / regulation of ossification / MAP kinase activity / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / regulation of cellular response to heat / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / p38MAPK events / positive regulation of brown fat cell differentiation / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / response to cytokine / positive regulation of interleukin-12 production / regulation of mRNA stability / positive regulation of erythrocyte differentiation / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of D-glucose import / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / stem cell differentiation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Regulation of TNFR1 signaling / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / response to insulin / bone development / cellular response to virus / platelet activation / positive regulation of protein import into nucleus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / glucose metabolic process / cell morphogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / chemotaxis / spindle pole / positive regulation of tumor necrosis factor production / osteoblast differentiation / cellular senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / secretory granule lumen / protein phosphatase binding
類似検索 - 分子機能
MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-39G / MAP kinase-activated protein kinase 2 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Sok, P. / Remenyi, A.
資金援助 ハンガリー, 1件
組織認可番号国
European UnioniNEXT: PID 1742, PID 4788 ハンガリー
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: MAP Kinase-Mediated Activation of RSK1 and MK2 Substrate Kinases.
著者: Sok, P. / Gogl, G. / Kumar, G.S. / Alexa, A. / Singh, N. / Kirsch, K. / Sebo, A. / Drahos, L. / Gaspari, Z. / Peti, W. / Remenyi, A.
履歴
登録2019年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: Mitogen-activated protein kinase 14
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
D: Mitogen-activated protein kinase 14
E: MAP kinase-activated protein kinase 2
F: Mitogen-activated protein kinase 14
G: MAP kinase-activated protein kinase 2
H: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,48612
ポリマ－338,7808
非ポリマー1,7064
水00
1
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1213
ポリマ－84,6952
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area32330 Å2
手法PISA
2
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
D: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1213
ポリマ－84,6952
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area32560 Å2
手法PISA
3
E: MAP kinase-activated protein kinase 2
F: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1213
ポリマ－84,6952
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area32280 Å2
手法PISA
4
G: MAP kinase-activated protein kinase 2
H: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1213
ポリマ－84,6952
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area32990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)279.346, 69.286, 221.107
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
MAP kinase-activated protein kinase 2 / MK2


分子量: 42889.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPKAPK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49137, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質
Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / ...MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / MAX-interacting protein 2 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Stress-activated protein kinase 2a / SAPK2a


分子量: 41805.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2, SAPK2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#3: 化合物
ChemComp-39G / N-[5-(dimethylsulfamoyl)-2-methylphenyl]-1-phenyl-5-propyl-1H-pyrazole-4-carboxamide


分子量: 426.532 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 100mM HEPES pH 7.3, 3.5% PEG 8000, 1% MPD, 1% DMSO. 1.0 M(NH4)2SO4 in the reservoir
PH範囲: 7.1-7.5 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→69.56 Å / Num. obs: 37890 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 144336 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.7-3.863.90.8431814446060.8410.4870.9771.599.6
12.82-69.563.30.03832289880.9960.0240.04521.898.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YO8, 2OZA

2yo8
PDB 未公開エントリ

2oza


解像度: 3.7→69.556 Å / SU ML: 0.54 / Data cutoff high absF: 3.7 / Data cutoff low absF: 69.556 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2972 1995 5.28 %random
Rwork0.2514 ---
obs0.2538 37767 98.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 320.1 Å2 / Biso mean: 149.5855 Å2 / Biso min: 81.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.7→69.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21668 0 120 0 21788
Biso mean--123.64 --
残基数----2717
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.7-3.79250.3841410.356253399
3.7925-3.89510.41211410.3439253299
3.8951-4.00970.32751410.3191252599
4.0097-4.13910.31981420.3065252799
4.1391-4.2870.32271410.2962253999
4.287-4.45860.28361420.2663252699
4.4586-4.66150.30841430.263255298
4.6615-4.90720.26581400.2547250998
4.9072-5.21450.26871420.2497253999
5.2145-5.6170.34031410.2751256299
5.617-6.18190.30961440.2752256899
6.1819-7.07570.33051440.2564258199
7.0757-8.91170.29411460.2147262099
8.9117-69.5560.23971470.1844265998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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