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万見
- PDB-6tbr: Glycosylated AA13 Lytic polysaccharide monooxygenase from Aspergi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tbr
タイトルGlycosylated AA13 Lytic polysaccharide monooxygenase from Aspergillus oryzae in P1 space group
要素AoAA13
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta-sandwich fold / glycosylated / P1
機能・相同性: / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / metal ion binding / membrane / Inactive AA13 family lytic polysaccharide monooxygenase
機能・相同性情報
生物種Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Frandsen, K.E.H. / Muderspach, S.J. / Tandrup, T. / Poulsen, J.C.N. / Lo Leggio, L.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0027704 デンマーク
Danish Council for Independent Research8021-00273B デンマーク
European Communitys Seventh Framework ProgrammeN283570 デンマーク
引用ジャーナル: Amylase / 年: 2019
タイトル: Further structural studies of the lytic polysaccharide monooxygenase AoAA13 belonging to the starch-active AA13 family
著者: Muderspach, S.J. / Tandrup, T. / Frandsen, K.E.H. / Santoni, G. / Poulsen, J.C.N. / Lo Leggio, L.
履歴
登録2019年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AoAA13
B: AoAA13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,16714
ポリマ－51,3822
非ポリマー78512
水9,602533
1
A: AoAA13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0847
ポリマ－25,6911
非ポリマー3926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AoAA13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0847
ポリマ－25,6911
非ポリマー3926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.060, 49.760, 57.100
Angle α, β, γ (deg.)109.370, 90.070, 95.460
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 AoAA13


分子量: 25691.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 遺伝子: AO090701000246 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: Q2U8Y3
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.01 M ZnCl2, 14% PEG6000, 0.1 M MES pH 6.0, 30% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→53.84 Å / Num. obs: 48576 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 1.68 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 2.87
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.04 / Num. unique obs: 3521 / CC1/2: 0.877 / Rrim(I) all: 0.455

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.7→53.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 2.745 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.133
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2464 2489 5.1 %RANDOM
Rwork0.1917 ---
obs0.1945 46088 92.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 51.89 Å2 / Biso mean: 17.756 Å2 / Biso min: 2.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å2-0.09 Å2-0.41 Å2
2--1.53 Å20.97 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→53.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3598 0 12 551 4161
Biso mean--19.86 27.87 -
残基数----466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8531.9395242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9333.0027564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1585490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10325.263190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.96115566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.4471516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02889
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 166 -
Rwork0.233 3345 -
all-3511 -
obs--91.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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