PDB-6tbe: LC3A in complex with (3R,4S,5R,6R)-5-hydroxy-6-((4-hydroxy-3-(4-h...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tbe

タイトル

LC3A in complex with (3R,4S,5R,6R)-5-hydroxy-6-((4-hydroxy-3-(4-hydroxy-3-isopentylbenzamido)-8-methyl-2-oxo-2H-chromen-7-yl)oxy)-3-methoxy-2,2-dimethyltetrahydro-2H-pyran-4-yl carbamate

要素

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex / LC3A / autophagy

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to oxygen-glucose deprivation / SMAD protein signal transduction / autophagy of mitochondrion / phosphatidylethanolamine binding / cellular response to nitrogen starvation / response to iron(II) ion / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / p38MAPK cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67008040045 Å

データ登録者

Kramer, J.S. / Pogoryelov, D. / Hartmann, M. / Chaikuad, A. / Proschak, E.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Demonstrating Ligandability of the LC3A and LC3B Adapter Interface.
著者: Hartmann, M. / Huber, J. / Kramer, J.S. / Heering, J. / Pietsch, L. / Stark, H. / Odadzic, D. / Bischoff, I. / Furst, R. / Schroder, M. / Akutsu, M. / Chaikuad, A. / Dotsch, V. / Knapp, S. / ...

履歴

登録	2019年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tbe.cif.gz	78.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tbe.ent.gz	50.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tbe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/6tbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/6tbe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3walS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4a02-d 5nfb-d 5s30-1 6h64-2 3qoc-3 5dpw-5 4tzc-4 6nbn-d 4hr2-1 1akq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.738, 95.738, 34.647
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁
Space group name Hall	I4bw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: -y+1,x+1/2,z+5/4 #7: y+1,-x+1/2,z+5/4 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A / Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A / MAP1 light chain 3-like protein 1 / MAP1A/MAP1B light chain 3 A / MAP1A/MAP1B LC3 A / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha 分子量: 14033.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H492
#2: 化合物	ChemComp-NOV / NOVOBIOCIN / 4-Hydroxy-3-[4-hydroxy-3-(3-methylbut-2-enyl)benzamido]-8-methylcoumarin-7-yl 3-O-carbamoyl-5,5-di-C-methyl-alpha-l-lyxofuranoside / U-6391 分子量: 612.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₁H₃₆N₂O₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammoniumnitrat and 20% w/v PEG 3350 / PH範囲: 6-8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→47.869 Å / Num. obs: 18199 / % possible obs: 98.39 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.9789688009 Å² / CC_1/2: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.04498 / R_pim(I) all: 0.01285 / R_rim(I) all: 0.04686 / Net I/σ(I): 32.19

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.67-1.79	7.305	0.615	2.8	6295	0.874	0.661	97.5
1.79-1.93	7.078	0.316	5.75	5872	0.955	0.341	97.4
1.93-2.11	6.944	0.153	11.31	5424	0.989	0.165	98.2
2.11-2.36	7.331	0.087	20.45	4943	0.997	0.094	98.7
2.36-2.73	7.079	0.057	29.92	4362	0.998	0.061	99.2
2.73-3.34	7.027	0.035	46.4	3672	0.999	0.037	98.4
3.34-4.71	7.19	0.024	68.38	2892	1	0.026	99.7
4.71-47.869	6.997	0.022	71.89	1564	1	0.024	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WAL

3wal

解像度: 1.67008040045→47.869 Å / SU ML: 0.179648712907 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3740483431 / 位相誤差: 22.1261074032

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212197763923	1749	4.98475218742 %	Random selection
R_work	0.186062076115	-	-	-
obs	0.187369648755	18199	98.2911729277 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.9637307029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67008040045→47.869 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	959	0	52	97	1108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0109421031014	1070
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.988272062334	1453
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0552765735278	155
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00512313268387	187
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.0043791132	419

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6701-1.7192	0.27313497662	139	0.277353098105	2691	X-RAY DIFFRACTION	95.9322033898
1.7192-1.7747	0.258937342747	147	0.296741039593	2803	X-RAY DIFFRACTION	98.7282463186
1.7747-1.8382	0.259550537357	143	0.25226813371	2764	X-RAY DIFFRACTION	96.835443038
1.8382-1.9118	0.195572331094	148	0.238547966459	2753	X-RAY DIFFRACTION	98.6734693878
1.9118-1.9988	0.231247200605	148	0.223555994605	2829	X-RAY DIFFRACTION	99.1011984021
1.9988-2.1041	0.224180233141	139	0.204720872269	2728	X-RAY DIFFRACTION	96.8581081081
2.1041-2.236	0.251474119774	147	0.195366612182	2782	X-RAY DIFFRACTION	98.652745032
2.236-2.4086	0.181252954035	149	0.190682464044	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.1257565568
2.4086-2.651	0.249014556534	153	0.200106190444	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.2597577389
2.651-3.0345	0.270804780546	142	0.183771038975	2775	X-RAY DIFFRACTION	97.8202548625
3.0345-3.8229	0.175189586229	150	0.177364595066	2821	X-RAY DIFFRACTION	99.7649429147
3.8229-47.8887	0.188446624891	144	0.149296942735	2796	X-RAY DIFFRACTION	98.8567585743

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.21967787199	-7.38929098193	-5.35987577505	2.06705645244	4.12457205553	7.24621580934	0.218008149036	1.51131092412	-0.180071385476	-0.651498565909	-0.597239546929	0.991530277594	-0.874535262945	-0.631259481312	0.593073935831	0.417281171328	-0.075585488493	-0.148966543483	0.39395112066	0.00588852056994	0.623953187743	-2.33449964192	8.10567251606	-4.5801228465
2	7.20998420953	5.53247368187	2.08057474241	5.76962324042	-0.838865528036	8.59407753932	-0.0142129168625	0.459556810736	-0.289717445505	-0.250604442845	0.0121334413091	0.0356217723494	0.66705997549	-0.229112716971	0.0532285795233	0.27090052895	0.0183812968994	0.0277548893787	0.229442225018	-0.0657881314542	0.234948185198	12.4210660546	5.63350843181	-6.90201034826
3	7.01476636921	-3.57709488118	-7.00702071291	3.25925887025	2.85528327093	7.78286412093	0.0154601815125	0.797526418911	0.138421668333	-0.139506238664	-0.181242358937	0.295127205063	-0.128345349592	-0.493516891921	0.0654984587981	0.178842727472	0.00466212159127	-0.0140000850666	0.186077230945	0.0111261513041	0.199262949857	9.83647768267	13.3003140379	1.57831099039
4	9.84652623102	-0.919599537407	-1.56242356725	3.675077442	1.10552653376	4.11456912246	-0.161792014777	0.0803062910028	0.151553095389	0.212659622144	-0.105097072831	0.800792093297	0.031286989458	-0.634028727135	0.25110314936	0.198359664158	-0.012301602462	0.0583509306454	0.201702019052	-0.0555614897925	0.348072666156	2.29738978052	16.4148283454	5.8541829649
5	6.73614188314	-6.25637708366	5.35821728524	2.32641032612	-1.97972242851	7.68763995832	-0.0941726520419	-0.364755745384	-0.0944150464569	0.0223144992057	0.117068181107	0.29025304537	0.192519809617	-0.479809537856	0.0505940095201	0.261557668684	-0.0609011138701	0.0309666923235	0.231910952752	-0.0208441858625	0.245285019758	7.13537103523	21.8086555073	11.5497281067
6	9.55764435916	-1.95916193454	3.06398548481	2.10022213625	-4.04172212804	3.95896511818	-0.292113855094	-0.11834486301	0.52228117283	0.713255849529	0.266399270729	0.419933669628	-0.719567144057	-0.238348871927	-0.0460507976878	0.379801258908	0.00581426931248	0.135002249831	0.33102855578	-0.0337296566071	0.342274153353	-1.52437004045	22.1488330068	15.2622896679
7	2.03394404927	-2.96579837768	1.20663950824	7.34259484327	6.88636376172	8.49380197128	-0.00975514988627	-0.59545699056	-0.180838549094	0.827433576537	-0.251772432594	0.658165095286	0.827805547094	-0.193392832428	0.201835051724	0.404959173541	0.0241563355147	0.0704555492629	0.29892872012	0.0488987696071	0.230462577703	9.00018533345	10.5912605535	16.6231555694
8	6.39168104145	2.64872282331	3.99351102179	2.31914412142	-0.860642358956	2.31313373821	0.18552550935	-0.462979766065	-0.687455642963	0.528822360083	-0.0184654198737	-0.0532776213418	0.520767042267	0.0655924096848	-0.290770437164	0.361032420279	0.0359191052598	0.0395547807377	0.289120370326	0.0380323649757	0.271231498719	12.9040524848	4.61197916513	6.07077397603
9	9.10686556393	-5.49536735636	-3.00462187166	6.080119401	4.77354230885	9.71036583699	-0.737353243427	-0.899907015326	-0.266136606029	1.02839190662	0.302502779981	0.844556687531	0.809921460145	-0.44464040609	0.409417516551	0.31947781274	-0.0214003936144	0.127249875793	0.32169014822	0.0111549445042	0.369049461967	0.161286774271	11.6820411993	11.6277326472

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 30 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 31 through 41 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 42 through 63 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 64 through 75 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 76 through 86 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 87 through 98 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 99 through 112 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 113 through 122 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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