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- PDB-6tb6: Crystal structure of formate dehydrogenase FDH2 D222S/Q223R enzym... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tb6
タイトルCrystal structure of formate dehydrogenase FDH2 D222S/Q223R enzyme from Granulicella mallensis MP5ACTX8 in complex with NADP and azide.
要素Formate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / formate dehydrogenase / NAD / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / : / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Formate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Granulicella mallensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Robescu, M.S. / Rubini, R. / Filippini, F. / Bergantino, B. / Cendron, L.
引用ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2020
タイトル: From the Amelioration of a NADP+-dependent Formate Dehydrogenase to the Discovery of a New Enzyme: Round Trip from Theory to Practice
著者: Robescu, M.S. / Rubini, R. / Beneventi, E. / Tavanti, M. / Lonigro, C. / Zito, F. / Filippini, F. / Cendron, L. / Bergantino, E.
履歴
登録2019年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,49410
ポリマ－42,5911
非ポリマー9039
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.903, 60.783, 131.682
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1163-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Formate dehydrogenase / FDH / NAD-dependent formate dehydrogenase


分子量: 42590.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Granulicella mallensis (バクテリア)
遺伝子: AciX8_0868 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8NTI5, formate dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 386分子

#2: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.005 M Cobalt(II) chloride hexahydrate, 0.005 M Cadmium chloride hemi(pentahydrate), 0.005 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.005 M Nickel(II) chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 12 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→45.67 Å / Num. all: 28252 / Num. obs: 207048 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 17.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 7.46 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 30645 / Num. unique obs: 2791

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6T8C

6t8c


解像度: 1.98→35.585 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 2581 4.9 %
Rwork0.1537 --
obs0.1563 52681 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 63.1 Å2 / Biso mean: 24.9831 Å2 / Biso min: 12.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→35.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2911 0 58 380 3349
Biso mean--25.1 32.25 -
残基数----374
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.0181 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2875 138 -
Rwork0.2447 2822 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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