PDB-6t8m: Prolyl Hydroxylase (PHD) involved in hypoxia sensing by Dictyoste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t8m

タイトル

Prolyl Hydroxylase (PHD) involved in hypoxia sensing by Dictyostelium discoideum

要素

Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Prolyl Hydroxylase / Oxygen Sensing / 2-oxoglutarate and iron dependent oxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen metabolic process / SCF complex assembly / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / culmination involved in sorocarp development / peptidyl-proline dioxygenase activity / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / L-ascorbic acid binding / ferrous iron binding / cellular response to hypoxia / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / McDonough, M.A. / Liu, T. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Biochemical and biophysical analyses of hypoxia sensing prolyl hydroxylases from Dictyostelium discoideum and Toxoplasma gondii .
著者: Liu, T. / Abboud, M.I. / Chowdhury, R. / Tumber, A. / Hardy, A.P. / Lippl, K. / Lohans, C.T. / Pires, E. / Wickens, J. / McDonough, M.A. / West, C.M. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2019年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年12月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6t8m.ent.gz	223.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	6t8m_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t8m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4j25S 5l9rS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7bft-d 3oru-d 2wfm-2 3gzj-3 2wfm-3 5zdb-1 3gzj-5 6f0w-d 3c5n-2 2cbg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha

B: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha

C: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha

ヘテロ分子

82 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	45.216, 81.781, 379.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-305- NI
2	1	A-647- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha / Prolyl 4-hydrolase 分子量: 26973.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 遺伝子: phyA, p4h1, DDB_G0277759 / プラスミド: pNIC-ZB / 細胞株 (発現宿主): BL21 GOLD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 参照: UniProt: Q86KR9, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q86KR9, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha / Prolyl 4-hydrolase

分子量: 26973.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: phyA, p4h1, DDB_G0277759 / プラスミド: pNIC-ZB / 細胞株 (発現宿主): BL21 GOLD / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3
参照: UniProt: Q86KR9, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 5種, 161分子

#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン分子量: 147.086 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.3 % / 解説: rhombohedron
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 17.5-23% PEG 6000, 0.2M NaCl, 2mM NiCl2, 0-6% glycerol PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97623 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.02→189.535 Å / Num. all: 47025 / Num. obs: 47025 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 39.8 Å² / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.11 / R_sym value: 0.103 / Net I/av σ(I): 5.9 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 429431

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.02-2.13	9.1	1.426	0.5	61814	6792	0.495	1.512	1.426	1.7	100
2.13-2.26	9.2	0.93	0.8	58775	6397	0.319	0.985	0.93	2.6	100
2.26-2.41	9.5	0.652	1.2	56898	5996	0.218	0.688	0.652	3.6	99.9
2.41-2.61	9.1	0.389	1.9	51314	5644	0.133	0.412	0.389	5.3	100
2.61-2.86	9.3	0.246	3.1	48390	5178	0.083	0.26	0.246	7.9	100
2.86-3.19	9.6	0.137	5.4	45311	4742	0.046	0.145	0.137	13.4	99.9
3.19-3.69	9	0.082	8.7	37760	4190	0.028	0.087	0.082	22.1	100
3.69-4.52	8.8	0.054	12.1	31718	3603	0.019	0.057	0.054	33.5	100
4.52-6.39	8.6	0.044	14.3	24196	2817	0.016	0.047	0.044	38.2	99.9
6.39-42.119	8	0.037	13.9	13255	1666	0.014	0.04	0.037	40.7	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4J25, 5L9R

4j25

5l9r

解像度: 2.02→37.92 Å / SU ML: 0.3177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.9968 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2565	2327	4.96 %
R_work	0.2277	44635	-
obs	0.2291	46962	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→37.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5058	0	54	149	5261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	5200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4549	7003
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0429	758
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0023	888
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3887	3107

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.06	0.4054	124	0.4084	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.11	0.3874	144	0.3977	2553	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.11-2.16	0.3434	148	0.3603	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.16-2.21	0.2997	142	0.3507	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.21-2.27	0.3199	138	0.3244	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.27-2.34	0.3328	128	0.3131	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.34-2.41	0.2783	104	0.2998	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.41-2.5	0.3302	130	0.2789	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.5-2.6	0.2898	143	0.2713	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.72	0.2686	139	0.2644	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.86	0.2786	148	0.2682	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.86-3.04	0.2713	147	0.2443	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.04-3.27	0.2636	125	0.2304	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.6	0.2387	166	0.2092	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-4.12	0.2295	124	0.185	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-5.19	0.167	117	0.1549	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.19-37.92	0.258	160	0.2044	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.494941678906	0.23862141811	0.475279403785	0.233911535953	-0.0313252858909	0.992419756649	-0.3175248138	-0.367359466152	-1.06120765911	-0.223428137091	-0.183004990087	0.259904027959	0.728458342242	1.06631144534	0.527894257946	1.01650375737	0.298934221061	0.108926440244	0.629181703635	0.235131518081	0.878968747515	-21.1448483512	-18.5562145437	29.9925067652
2	6.15074209267	-0.459554463813	2.88455881096	5.6824582782	-1.0510976274	5.8972370501	0.167241982341	0.485607575734	-0.069338785417	0.06687645559	0.0138158164171	-0.0502608740464	0.128829280443	0.720696910829	-0.0304031264162	0.981557246464	0.276468405323	0.131667339016	0.277635231199	0.0894093379518	0.580240072949	-21.1100127352	-10.4784047549	20.9590496535
3	3.03369083858	0.196148267424	0.592128453152	0.272904402277	0.998870933534	3.58339863851	-0.219745178087	0.0563770822228	0.195987355401	-0.133859579438	0.0905317871727	0.0152288424121	-0.0107250619867	-0.0612441243476	0.135546737861	1.04295294187	0.0394180948257	0.060657720638	0.33482820677	0.0433655903923	0.398091320122	-29.1579409678	-2.14052702241	16.1411121229
4	3.05880396205	0.429579455457	0.862655158683	0.987320930759	0.189908066972	5.30184203953	-0.132945194123	0.0739365782329	-0.140911831559	-0.716437578923	0.0889768965037	0.0704405668713	0.267367055583	-0.827099536404	0.0176676770746	0.906518703102	-0.041293169118	-0.00648005447754	0.32419545659	0.103136792648	0.399056868714	-35.8455114666	-8.59235694338	17.8985113525
5	1.39044583652	-0.592779689364	-0.264107438895	1.04463715426	-0.383452259256	1.1947912076	-0.192484607619	-0.0975066184897	-0.210582810469	-0.488806877524	0.0298738726495	-0.18510236117	0.709895402777	-0.326481822139	-0.497286899314	1.39570670521	-0.0121637369376	0.000848394343051	0.181944176675	0.197208447257	0.425302804151	-33.0481717229	-11.0768534681	19.6019949075
6	3.27068181894	-1.07889488568	1.59815082637	6.89613878509	-3.30400202919	2.46134616963	0.219505068787	0.489681053125	-0.210874596604	-0.631629151441	-0.102562984695	0.427296542875	1.00280947368	-1.08070689307	-0.223353133765	0.545969853636	-0.0359361445706	-0.0532721274202	0.7607409402	0.0850814177753	0.450279648692	-34.5350242001	-13.6903111757	73.3207026805
7	2.77916370956	-0.157096230359	1.79221438294	1.84403054396	0.314987482195	1.75313673224	0.211433730539	0.658619721457	0.366978716112	-0.202516724742	-0.12378067248	-0.169881989809	0.384938885695	1.36506311573	-0.192200240878	0.318418652504	0.0814893705432	0.082782397868	0.819236697222	0.0525396636714	0.454584443871	-14.0191785709	-4.55465000512	70.0135603019
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 101 through 117 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 118 through 146 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 147 through 192 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 193 through 260 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 261 through 284 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 58 through 73 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 74 through 100 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 101 through 123 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 124 through 146 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 147 through 192 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 193 through 206 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 207 through 224 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 225 through 249 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 250 through 284 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 58 through 146 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 147 through 284 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 58 through 73 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 74 through 100 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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