PDB-6t7k: Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t7k

タイトル

Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA ligase) from Plasmodium falciparum in complex with NCP-26 and L-Proline

要素

Proline--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / tRNA / Proline / Aminoacyl-tRNA synthetase / Protein biosynthesis / ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Ala-tRNA(Pro) hydrolase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Johansson, C. / Wang, J. / Tye, M. / Payne, N.C. / Mazitschek, R. / Thompson, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.C.T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA ligase) from Plasmodium falciparum in complex with NCP-26 and L-Proline
著者: Johansson, C. / Wang, J. / Tye, M. / Payne, N.C. / Mazitschek, R. / Thompson, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.C.T.

履歴

登録	2019年10月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t7k.cif.gz	227.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t7k.ent.gz	179.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t7k_validation.pdf.gz	765.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t7k_full_validation.pdf.gz	767.7 KB	表示
XML形式データ	6t7k_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	6t7k_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q15S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4olf-d 1nj6-d 1nj5-d 6jwh-d 1nj1-d 4q15-1 5f9y-2 4q15-2 4z32-6 6e2q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (9) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proline--tRNA ligase

ヘテロ分子

60.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.999, 102.999, 126.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Proline--tRNA ligase / Prolyl-tRNA synthetase / ProRS 分子量: 58526.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: proRS, PFL0670c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I5R7, proline-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂
#3: 化合物	ChemComp-MU5 / ~{N}-(2,3-dihydro-1~{H}-inden-2-yl)-3-(piperidin-1-ylcarbonylamino)pyrazine-2-carboxamide 分子量: 365.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.93 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5 20% PEG 1000, 2 mM Pro

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.79→89.2 Å / Num. obs: 73725 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / B_iso Wilson estimate: 34.08 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 1411770 / Scaling rejects: 1406

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.79-1.84	16.6	1.703	90086	5428	0.843	0.43	1.757	1.2	100
8.01-89.2	18.1	0.031	16912	936	0.981	0.008	0.032	68.9	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.73 Å	89.2 Å
Translation	6.73 Å	89.2 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Q15

4q15

解像度: 1.79→51.685 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1935	3612	4.91 %
R_work	0.1707	69998	-
obs	0.1718	73610	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.77 Å² / B_iso mean: 46.4101 Å² / B_iso min: 23.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.79→51.685 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3986	0	119	239	4344
B_iso mean	-	-	51.7	49.69	-
残基数	-	-	-	-	494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	4239
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.184	5714
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	611
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	739
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8	2540

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.79-1.8136	0.283	120	0.2687	2646	99
1.8136-1.8384	0.3046	152	0.2587	2674	100
1.8384-1.8647	0.275	149	0.2414	2625	100
1.8647-1.8925	0.2521	154	0.2298	2636	100
1.8925-1.9221	0.2513	146	0.2183	2677	100
1.9221-1.9536	0.2046	125	0.2038	2672	100
1.9536-1.9873	0.216	125	0.1942	2669	100
1.9873-2.0234	0.211	175	0.189	2638	100
2.0234-2.0623	0.2062	136	0.1834	2675	100
2.0623-2.1044	0.2171	137	0.1759	2679	100
2.1044-2.1502	0.2383	124	0.1815	2688	100
2.1502-2.2002	0.2076	137	0.1735	2662	100
2.2002-2.2552	0.1857	138	0.1715	2662	100
2.2552-2.3162	0.2162	154	0.1734	2650	100
2.3162-2.3844	0.1853	148	0.1751	2681	100
2.3844-2.4613	0.2356	154	0.1838	2673	100
2.4613-2.5493	0.2128	108	0.1766	2737	100
2.5493-2.6514	0.2042	149	0.1877	2657	100
2.6514-2.772	0.2033	122	0.1833	2722	100
2.772-2.9182	0.2143	117	0.1932	2726	100
2.9182-3.101	0.204	142	0.1858	2704	100
3.101-3.3404	0.2215	137	0.1899	2717	100
3.3404-3.6764	0.1878	129	0.1657	2728	100
3.6764-4.2082	0.1688	157	0.15	2722	100
4.2082-5.3011	0.1575	137	0.1336	2779	100
5.3011-51.6	0.1678	140	0.1606	2899	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9216	-0.0031	-0.0369	1.5581	-0.0795	1.8855	-0.1044	0.13	0.0298	-0.1522	0.0575	0.0324	0.0344	0.096	0.0411	0.1792	-0.0256	-0.0118	0.2299	0.0133	0.1961	11.4454	89.1169	8.0953
2	2.8216	-0.6866	0.7733	1.771	-0.9789	2.3716	-0.172	-0.3444	-0.3442	0.1782	-0.0763	-0.4458	0.3312	0.5858	0.2282	0.502	0.2026	0.0719	0.5892	0.0307	0.5372	34.2441	64.5884	15.9693
3	4.5599	-0.5599	0.8466	2.9147	0.0529	5.3356	0.0607	0.473	-0.1952	-0.8814	-0.035	0.2897	0.2683	0.1952	-0.0399	0.5228	-0.0097	-0.0612	0.386	-0.0722	0.2838	7.1389	77.519	-14.5687
4	2	-6.7677	1.9999	2	-0.6519	2	3.426	0.6781	0.1062	-0.7782	-3.7093	-1.2272	-0.1678	-2.0942	0.269	0.3353	0.0384	-0.0299	0.2837	-0.0238	0.3881	9.489	91.8644	5.5268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 250 through 523 )	A	250 - 523
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 524 through 659 )	A	524 - 659
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 660 through 746 )	A	660 - 746
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 1 )	B	1

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