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- PDB-5f9y: Crystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Cryptosporidium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f9y
タイトルCrystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Cryptosporidium parvum complexed with L-Proline and AMP
要素Aminoacyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / SSGCID / prolyl-tRNA ligase / Cryptosporidium parvum / ATP binding / aminoacylation / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / ProRS
機能・相同性
機能・相同性情報


proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / aminoacyl-tRNA deacylase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / Proline-tRNA ligase, class IIa / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type ...C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / Proline-tRNA ligase, class IIa / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / PROLINE / proline--tRNA ligase / Proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Cryptosporidium parvum complexed with L-Proline and AMP
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Dranow, D.M. / Fox III, D. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aminoacyl-tRNA synthetase
B: Aminoacyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7759
ポリマ－118,6242
非ポリマー1,1507
水63135
1
A: Aminoacyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8404
ポリマ－59,3121
非ポリマー5283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aminoacyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9355
ポリマ－59,3121
非ポリマー6234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area36400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.870, 110.140, 127.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aminoacyl-tRNA synthetase


分子量: 59312.008 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 186-688 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: 1MB.635 / プラスミド: CrpaA.18681.a.B3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7YZ69, UniProt: A0A7G2HJF2*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 42分子

#2: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: CrpaA.18681.a.B3.PW37711 at 21.5 mg/mlprotein was incubated with 3 mM MgCl2, L-proline, and AMPPNP, then mixed 1:1 with Morpheus(c5): 10% (w/v) PEG-20,000, 20% (w/v) PEG MME 550, 0.1 M MOPS/ ...詳細: CrpaA.18681.a.B3.PW37711 at 21.5 mg/mlprotein was incubated with 3 mM MgCl2, L-proline, and AMPPNP, then mixed 1:1 with Morpheus(c5): 10% (w/v) PEG-20,000, 20% (w/v) PEG MME 550, 0.1 M MOPS/ HEPES-Na, pH = 7.5, 0.03 M each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月30日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 32278 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 47.65 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.951 / Net I/σ(I): 19.67 / Num. measured all: 199297
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.8-2.870.8470.5823.5214621233323330.635100
2.87-2.950.9020.4844.214522231723170.528100
2.95-3.040.9320.3665.5313993223422320.499.9
3.04-3.130.9560.2986.6813552216421630.325100
3.13-3.230.9750.2228.7613194210421030.243100
3.23-3.350.9860.16911.1312662202620260.185100
3.35-3.470.990.1313.9512328197419740.142100
3.47-3.610.9940.10716.3711846189418930.11699.9
3.61-3.780.9960.08520.1611321182718260.09399.9
3.78-3.960.9970.07322.5810916175117500.07999.9
3.96-4.170.9980.06425.2910306166116610.07100
4.17-4.430.9980.0530.459826159215920.054100
4.43-4.730.9990.04135.439136148114800.04599.9
4.73-5.110.9990.03936.68522139513950.043100
5.11-5.60.9980.04533.797837128412840.049100
5.6-6.260.9980.04632.887088117411720.05199.8
6.26-7.230.9980.04135.956228104510450.045100
7.23-8.850.9990.0344.5353229059050.033100
8.85-12.520.9990.02354.7340307107090.02699.9
12.52-500.9990.02352.1820474394180.02695.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2219精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HVC

4hvc


解像度: 2.8→46.611 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 1881 6.1 %
Rwork0.2137 28958 -
obs0.2156 30839 95.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.9 Å2 / Biso mean: 50.6131 Å2 / Biso min: 16.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→46.611 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7332 0 69 35 7436
Biso mean--88.28 35.01 -
残基数----955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027605
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51110356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1494521
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.87570.32511250.30912002212788
2.8757-2.96030.33211620.28962058222090
2.9603-3.05590.33751280.26282102223092
3.0559-3.16510.30771250.26372152227793
3.1651-3.29180.30321390.25182182232195
3.2918-3.44150.29881440.24242223236796
3.4415-3.62290.24251560.21832238239498
3.6229-3.84980.23851330.20992287242098
3.8498-4.14690.23811650.19642260242598
4.1469-4.56390.1871440.172316246099
4.5639-5.22360.19391510.16452311246299
5.2236-6.57830.23691510.20612363251499
6.5783-47.1030.21341580.21072464262299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6668-0.5840.56592.0706-0.06623.15890.091-0.22110.30170.22480.125-0.5606-0.14840.3372-0.1510.2056-0.02320.03080.3099-0.06860.370322.718120.66233.5995
23.5335-0.6523-1.06341.7213-0.03462.78810.09050.56490.1812-0.47320.0203-0.43820.13220.2454-0.1610.3754-0.01110.13750.43860.00970.342225.29618.46356.1727
31.2444-0.71830.30851.92130.49954.26330.15140.00920.0503-0.35920.0831-0.2208-0.13-0.0832-0.17720.3399-0.00260.0990.19920.03420.230715.397413.78659.6256
43.02590.2661.15573.3009-0.70373.5536-0.14380.33840.5027-0.4160.2302-0.2098-0.67390.1324-0.19730.3309-0.05320.04040.22910.02420.27148.715126.711414.0332
51.0832-0.09060.0761.2690.39621.8949-0.1182-0.11380.0573-0.01670.1186-0.21160.02240.2120.04960.15560.0283-0.00020.1665-0.01590.272914.610318.872132.0841
61.42390.1285-0.3892.8747-0.93422.5010.1107-0.17560.42530.04690.1096-0.2325-0.60030.2179-0.13730.3046-0.0538-0.00090.2258-0.03810.406312.491933.9934.4157
71.57791.05390.73094.00480.59342.0273-0.03190.12270.8724-0.2550.44070.0585-0.4282-0.2414-0.28470.5837-0.07590.17810.43580.23050.653115.367343.957812.4744
88.4689-1.6372-4.296920.97719.4504-0.59781.61640.6987-3.27711.0212-0.5912-1.3597-1.0073-0.37050.4347-0.02280.16251.05520.19950.410116.847719.602810.0562
92.1116-0.98690.33992.0497-0.66621.77940.10830.3934-0.2959-0.5327-0.08750.0575-0.26770.18750.01320.2005-0.0040.03820.2033-0.06110.24710.8848-6.184911.2207
102.8015-0.0304-0.4552.3214-0.59195.5617-0.064-0.14750.27220.00650.1549-0.68560.16720.7750.11460.19470.03080.03170.3541-0.02610.426633.42365.165523.3849
111.29420.93721.12922.40350.46572.07950.1514-0.1251-0.21320.3225-0.0472-0.28920.41170.3135-0.09890.2530.1065-0.00240.2929-0.05240.306122.634-10.295326.7493
121.85050.24530.53791.89730.34521.05330.05270.0241-0.41930.06580.118-0.20530.18790.226-0.20250.25950.09060.04610.22590.04260.188314.5002-6.872523.1751
132.3027-0.63280.68461.52671.00831.36660.15240.42480.6353-0.4640.33890.314-0.7008-0.1980.28030.4350.09-0.06120.34840.20760.4215-11.0471-1.68848.2525
144.1729-1.16550.14582.952-0.42311.90740.1896-0.0274-0.6412-0.20020.0939-0.04240.47120.2177-0.19580.43660.013-0.0710.207-0.07220.27658.6634-23.279419.1877
1521.9999-6.032.0001-0.23757.91460.3008-1.0237-0.72812.25410.5741-2.62870.93550.4625-1.01390.6927-0.1293-0.16260.54890.01070.317727.3316-6.62425.2925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 179 through 250 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 251 through 301 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 302 through 357 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 358 through 399 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 400 through 542 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 543 through 633 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 634 through 688 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 700 through 700 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 191 through 250 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 251 through 312 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 313 through 424 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 425 through 493 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 494 through 534 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 535 through 688 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 700 through 700 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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