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万見
- PDB-4po6: Crystal structure of the human TYK2 FERM and SH2 domains with an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4po6
タイトルCrystal structure of the human TYK2 FERM and SH2 domains with an IFNAR1 intracellular peptide
要素
  • Interferon alpha/beta receptor 1
  • Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードTRANSFERASE / FERM / SH2 / kinase / receptor / cytokine / intracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


type I interferon receptor activity / type I interferon binding / JAK pathway signal transduction adaptor activity / cellular response to interferon-alpha / positive regulation of cellular respiration / hydrogenase (acceptor) / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / type I interferon-mediated signaling pathway / cytokine binding ...type I interferon receptor activity / type I interferon binding / JAK pathway signal transduction adaptor activity / cellular response to interferon-alpha / positive regulation of cellular respiration / hydrogenase (acceptor) / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / type I interferon-mediated signaling pathway / cytokine binding / Regulation of IFNA/IFNB signaling / nickel cation binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to interferon-beta / Evasion by RSV of host interferon responses / response to virus / cellular response to virus / Interferon alpha/beta signaling / late endosome / response to lipopolysaccharide / Potential therapeutics for SARS / lysosome / receptor complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interferon alpha/beta receptor 1 / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / : / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit ...Interferon alpha/beta receptor 1 / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / : / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon alpha/beta receptor 1 / Hydrogenase-2 large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Wallweber, H.J.A. / Lupardus, P.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of IFN receptor recognition by TYK2
著者: Wallweber, H.J.A. / Tam, C. / Franke, Y. / Starovasnik, M.A. / Lupardus, P.J.
履歴
登録2014年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
B: Interferon alpha/beta receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7395
ポリマ－67,4632
非ポリマー2763
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area23710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.768, 52.422, 70.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細single TYK2/IFNAR1 complex in assymetric unit

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 63598.633 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 23-583 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYK2 / プラスミド: pAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質・ペプチド Interferon alpha/beta receptor 1 / IFN-R-1 / IFN-alpha/beta receptor 1 / Cytokine receptor class-II member 1 / Cytokine receptor ...IFN-R-1 / IFN-alpha/beta receptor 1 / Cytokine receptor class-II member 1 / Cytokine receptor family 2 member 1 / CRF2-1 / Type I interferon receptor 1


分子量: 3864.246 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 475-507 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNAR, IFNAR1 / プラスミド: pAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P17181
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris HCl pH 7.0, 0.2 M MgCl2, and 8-12% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→38.55 Å / Num. obs: 42667 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 37.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SSRLBLU-ICEデータ収集
SOLVE位相決定
BUSTER2.11.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: SAD MODEL

解像度: 1.99→38.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU R Cruickshank DPI: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 2137 5.01 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 42641 95.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4829 Å20 Å2-18.9011 Å2
2--5.551 Å20 Å2
3----0.0681 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.289 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→38.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3955 0 18 167 4140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014093HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.055549HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1397SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes79HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes606HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4093HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.43
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion505SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4570SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3068 136 5.35 %
Rwork0.2729 2406 -
all0.2748 2542 -
obs--95.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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