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- PDB-6t7f: RCR E3 ligase E2-Ubiquitin transthiolation intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t7f
タイトルRCR E3 ligase E2-Ubiquitin transthiolation intermediate
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2
  • Polyubiquitin-C
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
キーワードLIGASE (リガーゼ) / RING-Cys-Relay / RCR / Activity based probe / Ubiquitination (ユビキチン) / threonine E3 ligase.
機能・相同性
機能・相同性情報


RCR-type E3 ubiquitin transferase / regulation of axon guidance / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / branchiomotor neuron axon guidance / central nervous system projection neuron axonogenesis / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Signaling by BMP / protein K6-linked ubiquitination / protein K11-linked ubiquitination / positive regulation of protein targeting to mitochondrion ...RCR-type E3 ubiquitin transferase / regulation of axon guidance / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / branchiomotor neuron axon guidance / central nervous system projection neuron axonogenesis / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Signaling by BMP / protein K6-linked ubiquitination / protein K11-linked ubiquitination / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / neuromuscular process / ユビキチン結合酵素 / regulation of cytoskeleton organization / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / negative regulation of BMP signaling pathway / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / グリコーゲン合成 / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / VLDLR internalisation and degradation / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / positive regulation of protein ubiquitination / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / TCF dependent signaling in response to WNT / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Regulation of NF-kappa B signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of signaling by CBL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Fanconi Anemia Pathway / Hh mutants are degraded by ERAD / Negative regulation of FGFR3 signaling
類似検索 - 分子機能
PHR / PHR domain superfamily / PHR domain / Bacterial SH3 domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / SH3-like domain, bacterial-type / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. ...PHR / PHR domain superfamily / PHR domain / Bacterial SH3 domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / SH3-like domain, bacterial-type / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Ring finger domain / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / 薬指 / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / ユビキチン様タンパク質 / Immunoglobulin E-set / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LWZ / E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2 / Polyubiquitin-C / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Mabbitt, P.D. / Virdee, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UU_12016/8 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for RING-Cys-Relay E3 ligase activity and its role in axon integrity.
著者: Mabbitt, P.D. / Loreto, A. / Dery, M.A. / Fletcher, A.J. / Stanley, M. / Pao, K.C. / Wood, N.T. / Coleman, M.P. / Virdee, S.
履歴
登録2019年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
C: Polyubiquitin-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,22210
ポリマ－54,6123
非ポリマー6117
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, cross-linking, Three way crosslink between MYCBP2, UBE2D3 and Ubiquitin
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area22440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.008, 179.008, 87.276
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2 / Myc-binding protein 2 / Protein associated with Myc


分子量: 29410.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYCBP2, KIAA0916, PAM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O75592, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
#2: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / Ubiquitin carrier protein D3 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 3 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 3 / Ubiquitin-protein ligase D3


分子量: 16895.154 Da / 分子数: 1 / Mutation: C21S, S22R, C107S, C111S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D3, UBC5C, UBCH5C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P61077, ユビキチン結合酵素, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#3: タンパク質 Polyubiquitin-C


分子量: 8305.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chemically modified ubiquitin residues 1-73 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG48

-
非ポリマー , 3種, 48分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-LWZ / 3,3-bis(sulfanyl)-~{N}-(1~{H}-1,2,3-triazol-4-ylmethyl)propanamide


分子量: 218.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N4OS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.85 M sodium citrate, 100 mM sodium chloride, 100 mM Tris-HCl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.2737 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2737 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→48.69 Å / Num. obs: 16676 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 17.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.58→2.69 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1868 / CC1/2: 0.434 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5O6C, 5EGG, 1UBQ

5o6c

5egg

1ubq


解像度: 2.58→48.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 14.324 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.042 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2561 895 5.4 %RANDOM
Rwork0.1951 ---
obs0.1983 15778 98.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 177.19 Å2 / Biso mean: 78.285 Å2 / Biso min: 40.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.62 Å2-1.31 Å20 Å2
2---2.62 Å20 Å2
3---8.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→48.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3657 0 19 41 3717
Biso mean--105.62 62.73 -
残基数----471
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0123789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5141.6555139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7965468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.45621.443194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.10615597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.621527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022939
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 59 -
Rwork0.345 1038 -
all-1097 -
obs--89.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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