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- PDB-6t6n: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae FabG2(NADH-dependent) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t6n
タイトルCrystal structure of Klebsiella pneumoniae FabG2(NADH-dependent) in complex with NADH at 2.5 A resolution
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Fatty acid biosynthesis / FabG / (3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase) / NADH / NADPH / complex / FAS-II
機能・相同性
機能・相同性情報


monocarboxylic acid metabolic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / lipid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae 30684/NJST258_2 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Vella, P. / Schnell, R. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Vinnova スウェーデン
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: A FabG inhibitor targeting an allosteric binding site inhibits several orthologs from Gram-negative ESKAPE pathogens.
著者: Vella, P. / Rudraraju, R.S. / Lundback, T. / Axelsson, H. / Almqvist, H. / Vallin, M. / Schneider, G. / Schnell, R.
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
G: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
H: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,35436
ポリマ－205,1478
非ポリマー7,20728
水5,224290
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,06417
ポリマ－102,5734
非ポリマー3,49113
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19620 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area30590 Å2
手法PISA
2
E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子

E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,97216
ポリマ－102,5734
非ポリマー3,39912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
Buried area18920 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area30720 Å2
手法PISA
3
G: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
H: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子

G: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
H: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,60822
ポリマ－102,5734
非ポリマー4,03518
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area20840 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area30910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.109, 255.316, 262.312
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase


分子量: 25643.330 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FabG2 from Klebsiella pneumoniae is a homologue of the fatty acid bisynthesis enzyme FabG, however NADH-dependent. It catalyses the reduction of 3-oxo-acyl(C4)-CoA substrate.
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae 30684/NJST258_2 (肺炎桿菌)
遺伝子: KPNJ2_02761 / プラスミド: pNIC28-Bsa4
詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag, removable by TEV cleavage
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: W8VGR4, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.63 % / 解説: short rods
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20 % PEG3350 0.2 M Na malonate pH 6.0 12.5 mM NADH added to the protein solution prior to drop mixing

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月27日 / 詳細: Toroidal mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.96 Å / Num. obs: 92045 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4546 / CC1/2: 0.739 / Rpim(I) all: 0.369 / Rrim(I) all: 0.779 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JRO

4jro


解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 8.554 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.224
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2106 4508 4.9 %RANDOM
Rwork0.1917 ---
obs0.1927 87489 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.51 Å2 / Biso mean: 55.47 Å2 / Biso min: 13.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å2-0 Å20 Å2
2--0.74 Å2-0 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14288 0 475 290 15053
Biso mean--54.02 41.77 -
残基数----1952
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01915080
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4781.98120433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.938333535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.48551980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.66724.245596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.841152466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.60515111
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.22377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023392
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 322 -
Rwork0.319 6435 -
all-6757 -
obs--99.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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