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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t6n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Klebsiella pneumoniae FabG2(NADH-dependent) in complex with NADH at 2.5 A resolution | ||||||
要素 | 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Fatty acid biosynthesis / FabG / (3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase) / NADH / NADPH / complex / FAS-II | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae 30684/NJST258_2 (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Vella, P. / Schnell, R. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: A FabG inhibitor targeting an allosteric binding site inhibits several orthologs from Gram-negative ESKAPE pathogens. 著者: Vella, P. / Rudraraju, R.S. / Lundback, T. / Axelsson, H. / Almqvist, H. / Vallin, M. / Schneider, G. / Schnell, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t6n.cif.gz | 376.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t6n.ent.gz | 311.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6t6n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6t6n_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6t6n_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6t6n_validation.xml.gz | 71.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6t6n_validation.cif.gz | 94.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/6t6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/6t6n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25643.330 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FabG2 from Klebsiella pneumoniae is a homologue of the fatty acid bisynthesis enzyme FabG, however NADH-dependent. It catalyses the reduction of 3-oxo-acyl(C4)-CoA substrate. 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae 30684/NJST258_2 (肺炎桿菌) 遺伝子: KPNJ2_02761 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag, removable by TEV cleavage 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: W8VGR4, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-NAI / #4: 化合物 | ChemComp-MLT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.63 % / 解説: short rods |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20 % PEG3350 0.2 M Na malonate pH 6.0 12.5 mM NADH added to the protein solution prior to drop mixing |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月27日 / 詳細: Toroidal mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→48.96 Å / Num. obs: 92045 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4546 / CC1/2: 0.739 / Rpim(I) all: 0.369 / Rrim(I) all: 0.779 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4JRO 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 8.554 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.224 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 135.51 Å2 / Biso mean: 55.47 Å2 / Biso min: 13.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.564 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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