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Yorodumi- PDB-6gtb: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 variant T205 in complex wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gtb | |||||||||
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Title | 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 variant T205 in complex with FB211 | |||||||||
Components | 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / fragments / soaking / 17b-HSD14 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Estrogen biosynthesis / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / steroid catabolic process / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.619 Å | |||||||||
Authors | Bertoletti, N. / Marchais-Oberwinkler, S. / Heine, A. / Klebe, G. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: X-ray Crystallographic Fragment screening and Hit Optimization Authors: Bertoletti, N. / Braun, F. / Zara, L. / Metz, A. / Heine, A. / Marchais-Oberwinkler, S. / Klebe, G. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gtb.cif.gz | 155.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6gtb.ent.gz | 122.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gtb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/6gtb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/6gtb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6emmC 6gtuC 5js6S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules A
#1: Protein | Mass: 28682.740 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HSD17B14, DHRS10, SDR3, SDR47C1, UNQ502/PRO474 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): plysS References: UniProt: Q9BPX1, Oxidoreductases; Acting on the CH-OH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor |
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#4: Sugar | ChemComp-BGC / |
-Non-polymers , 6 types, 213 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NAD / |
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#3: Chemical | ChemComp-NA / |
#5: Chemical | ChemComp-FBK / |
#6: Chemical | ChemComp-EDO / |
#7: Chemical | ChemComp-DMS / |
#8: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.23 % / Description: 3D crystals, cubic shape |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: HEPES 0.1 M pH 7.00, sodium formate 3.3 M |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 8, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.62→50 Å / Num. obs: 36077 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.6 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 18.94 |
Reflection shell | Resolution: 1.62→1.72 Å / Redundancy: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. unique obs: 5762 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5JS6 Resolution: 1.619→39.899 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 15.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.619→39.899 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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